SAXSdb — 9dpy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bone morphogenetic protein 10

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 320–424 链 B； UniProt 320–424	突变：N357F, Y358F, A374T, Y409L, F411Y	PO4 PHOSPHATE ION × 13 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；25% (v/v) 1,2-propanediol, 100 mM sodium phosphate dibasic/potassium phosphate monobasic pH 6.2, 10% (v/v) glycerol	分辨率 1.77 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9DPY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6SF1 Bone morphogenetic protein 10 (BMP10) complexed with extracellular domain of activin receptor-like kinase 1 (ALK1). 提交 2019-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 317–424（108 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17% PEG 3350, 0.175 M NH4I, 0.1 M HEPES pH 7.8	分辨率 2.80 Å R-free 0.279
6SF3 Bone morphogenetic protein 10 (BMP10) in complex with extracellular domain of activin receptor-like kinase 1 (ALK1) at 2.3 Angstrom 提交 2019-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 317–424（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.07 M Amino acids (0.014 M DL-Glutamic acids monohydrate; 0.014 M DL-Alanine; 0.014 M Glycine; 0.014 M DL-Lysine monohydrochloride; 0.014 M DL-Serine), 0.07 M Buffer System 3 (0.07 M Tris(base)/BICINE), 35% Precipitant Mix 4 (9% v/v MPD, 9% w/v PEG 1000, 9% w/ PEG3350)	分辨率 2.30 Å R-free 0.243
7POI Prodomain bound BMP10 crystal form 1 提交 2021-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 317–424（108 aa）链 B 317–424（108 aa）链 C 22–316（295 aa）链 D 22–316（295 aa）	未记录	TAR D(-)-TARTARIC ACID × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；294.15 K；19% PEG 3350 0.15 M Ammonium tartrate dibasic 0.02 M Sodium cacodylate trihydrate	分辨率 2.90 Å R-free 0.268
7POJ Prodomain bound BMP10 crystal form 2 提交 2021-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 317–424（108 aa）链 B 317–424（108 aa）链 C 22–316（295 aa）链 D 22–316（295 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；294.15 K；20% PEG3350 0.2 M ammonium tartrate dibasic	分辨率 3.50 Å R-free 0.300
7PPA High resolution structure of bone morphogenetic protein receptor type II (BMPRII) extracellular domain in complex with BMP10 提交 2021-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 317–424（108 aa）链 B 317–424（108 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；294.15 K；14% PEG 3350 0.19 M Ammonium citrate dibasic 0.02 M Sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 1.48 Å R-free 0.207
7PPB 2.4 angstrom crystal structure of bone morphogenetic protein receptor type II (BMPRII) extracellular domain in complex with BMP10 提交 2021-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 317–424（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294.15 K；14% PEG 3350 0.14 M KCl	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
7PPC Ternary signalling complex of BMP10 bound to ALK1 and BMPRII 提交 2021-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 317–424（108 aa）链 B 317–424（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294.15 K；20% PEG 3350 0.2 M Calcium acetate hydrate	分辨率 3.60 Å R-free 0.282
7PPC Ternary signalling complex of BMP10 bound to ALK1 and BMPRII 提交 2021-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 317–424（108 aa）链 D 317–424（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294.15 K；20% PEG 3350 0.2 M Calcium acetate hydrate	分辨率 3.60 Å R-free 0.282

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BMP10_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–108； UniProt 320–424 作者链 B； PDB构建体 4–108； UniProt 320–424

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dpy
沉积日期 deposition_date	2024-09-23
最后修订 last_revision	2025-03-05
结构标题 title	BMP-10 with BMP-9 Crystal Contacts
关键词 keywords	SIGNALING PROTEIN, BMP, bone morphogenetic protein, TGF-beta family; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.34 Å
零角强度 I(0) i0	12294600.00
分子量 molecular_weight	25006.0 kDa
排除体积 excluded_volume	30780 Å³
包络体积 envelope_volume	38015 Å³
水化壳体积 shell_volume	16707 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.2 Å
壳层 Rg shell_rg	25.53 Å
包络 Rg envelope_rg	20.74 Å
形状 Rg shape_rg	20.39 Å
总 Rg total_rg	20.97 Å
总原子数 total_atoms	3394
残基数 n_residues	210
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.1 Å
Rg (实空间) rg_real	20.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2290e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12290000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5601
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.614
峰度 Kurtosis kurtosis	0.186
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1818000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.616; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.193; Positv: 1.000; Valcen: 0.849; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Bone morphogenetic protein 10
分子量 formula_weight	12163.1 kDa
突变 mutation	N357F, Y358F, A374T, Y409L, F411Y
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3538

GDDGNYCKRTPLYIDFKEIGWDSWIIAPPGYEAYECRGVCFFPLAEHLTPTKHAIIQTLVHLKNSQKASKACCVPTKLEPISILYLDKGVVTLKYKYEGMAVSECGCR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	144

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.752 Å
晶胞边长 b length_b	123.038 Å
晶胞边长 c length_c	120.558 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.770 Å
最低分辨率 resolution_low	61.520 Å
R 因子 r_factor	0.2165
R_work r_work	0.2141
R_free r_free	0.2512

fit	/app/data/saxs_computation/dp/9dpy/9dpy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dp/9dpy/9dpy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dp/9dpy/9dpy.dat

BMP-10 with BMP-9 Crystal Contacts

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bone morphogenetic protein 10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction