SAXSdb — 9dpz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein-arginine deiminase type-4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	(2S)-2-amino-2-{1-[7-(4-bromophenyl)-5,6-dimethyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl]piperidin-4-yl}-1-(pyrrolidin-1-yl)ethan-1-one × 1 ;[(3S,4R)-3-amino-4-hydroxypiperidin-1-yl]{2-[1-(cyclopropylmethyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-2-yl]-7-methoxy-1-methyl-1H-benzimidazol-5-yl}methanone ; × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PADI4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–671； UniProt 1–663

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dpz
沉积日期 deposition_date	2024-09-23
最后修订 last_revision	2025-05-28
结构标题 title	Potent inhibition of the protein arginine deiminases (PAD1-4) by targeting a Ca2+ dependent allosteric binding site
关键词 keywords	inhibitor, allosteric, HYDROLASE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9dpz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9dpz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9dpz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.32 Å
Rg（电子密度）	33.84 Å
总 Rg	34.10 Å
原子数	4600
残基数	596
排除体积	82131 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9dpz__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein-arginine deiminase type-4
分子量 formula_weight	74965.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.3.15
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4627

GPLGSPEFMAQGTLIRVTPEQPTHAVCVLGTLTQLDICSSAPEDCTSFSINASPGVVVDIAHSPPAKKKSTGSSTWPLDPGVEVTLTMKAASGSTGDQKVQISYYGPKTPPVKALLYLTAVEISLCADITRTGKVKPTRAVKDQRTWTWGPCGQGAILLVNCDRDNLESSAMDCEDDEVLDSEDLQDMSLMTLSTKTPKDFFTNHTLVLHVARSEMDKVRVFQATRGKLSSKCSVVLGPKWPSHYLMVPGGKHNMDFYVEALAFPDTDFPGLITLTISLLDTSNLELPEAVVFQDSVVFRVAPWIMTPNTQPPQEVYACSIFENEDFLKSVTTLAMKAKCKLTICPEEENMDDQWMQDEMEIGYIQAPHKTLPVVFDSPRNRGLKEFPIKRVMGPDFGYVTRGPQTGGISGLDSFGNLEVSPPVTVRGKEYPLGRILFGDSCYPSNDSRQMHQALQDFLSAQQVQAPVKLYSDWLSVGHVDEFLSFVPAPDRKGFRLLLASPRSCYKLFQEQQNEGHGEALLFEGIKKKKQQKIKNILSNKTLREHNSFVERCIDWNRELLKRELGLAESDIIDIPQLFKLKEFSKAEAFFPNMVNMLVLGKHLGIPKPFGPVINGRCCLEEKVCSLLEPLGLQCTFINDFFTYHIRHGEVHCGTNVRRKPFSFKWWNMVP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Insect cell expression vector pTIE1

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(2S)-2-amino-2-{1-[7-(4-bromophenyl)-5,6-dimethyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl]piperidin-4-yl}-1-(pyrrolidin-1-yl)ethan-1-one
分子量 formula_weight	511.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;[(3S,4R)-3-amino-4-hydroxypiperidin-1-yl]{2-[1-(cyclopropylmethyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-2-yl]-7-methoxy-1-methyl-1H-benzimidazol-5-yl}methanone ;
分子量 formula_weight	474.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	27

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晶胞边长 a length_a	147.339 Å
晶胞边长 b length_b	60.421 Å
晶胞边长 c length_c	113.160 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	123.36 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.410 Å
最低分辨率 resolution_low	47.260 Å
R 因子 r_factor	0.1921
R_work r_work	0.1900
R_free r_free	0.2341

Potent inhibition of the protein arginine deiminases (PAD1-4) by targeting a Ca2+ dependent allosteric binding site

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein-arginine deiminase type-4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9dpz__assembly_1__model_1

9dpz__assembly_1__model_1 | I(q)

9dpz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

Potent inhibition of the protein arginine deiminases (PAD1-4) by targeting a Ca2+ dependent allosteric binding site

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein-arginine deiminase type-4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9dpz__assembly_1__model_1

9dpz__assembly_1__model_1 | I(q)

9dpz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)