9dxx

Crystal structure of the A/Puerto Rico/8/1934 (H1N1) influenza virus hemagglutinin in complex with D-peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 130.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dxx
沉积日期 deposition_date	2024-10-12
结构标题 title	Crystal structure of the A/Puerto Rico/8/1934 (H1N1) influenza virus hemagglutinin in complex with D-peptide
关键词 keywords	hemagglutinin, D-peptide, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.51 Å
零角强度 I(0) i0	118255000.00
分子量 molecular_weight	57493.0 kDa
排除体积 excluded_volume	55206 Å³
包络体积 envelope_volume	103040 Å³
水化壳体积 shell_volume	26994 Å³
包络直径 envelope_diameter	136.0 Å
壳层 Rg shell_rg	36.45 Å
包络 Rg envelope_rg	37.30 Å
形状 Rg shape_rg	37.50 Å
总 Rg total_rg	37.46 Å
总原子数 total_atoms	4334
残基数 n_residues	492
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.7 Å
Rg (实空间) rg_real	37.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1830e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0770e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	118200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6694
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	24.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.646
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.398
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6258000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.357; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.103; Smooth: 0.525

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA1 chain
分子量 formula_weight	36804.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4524

PGDTICIGYHANNSTDTVDTVLEKNVTVTHSVNLLEDSHNGKLCRLKGIAPLQLGKCNIAGWLLGNPECDPLLPVRSWSYIVETPNSENGICYPGDFIDYEELREQLSSVSSFERFEIFPKESSWPNHNTNGVTAACSHEGKSSFYRNLLWLTEKEGSYPKLKNSYVNKKGKEVLVLWGIHHPPNSKEQQNLYQNENAYVSVVTSNYNRRFTPEIAERPKVRDQAGRMNYYWTLLKPGDTIIFEANGNLIAPMYAFALSRGFGSGIITSNASMHECNTKCQTPLGAINSSLPYQNIHPVTIGECPKYVRSAKLRMVTGLRNIPSIQSR

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	211044
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA2 chain
分子量 formula_weight	20138.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GLFGAIAGFIEGGWTGMIDGWYGYHHQNEQGSGYAADQKSTQNAINGITNKVNTVIEKMNIQFTAVGKEFNKLEKRMENLNKKVDDGFLDIWTYNAELLVLLENERTLDFHDSNVKNLYEKVKSQLKNNAKEIGNGCFEFYHKCDNECMESVRNGTYDYPKYSEESKLNREKVDGV

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	211044
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	D-peptide
分子量 formula_weight	3465.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(D)
链编号 strand_id	E

PXRFCPSILKKCRRDSDCPGXCICKGNGYCG

Entity 4 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1203.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL
分子量 formula_weight	164.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	187

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	107.693 Å
晶胞边长 b length_b	107.693 Å
晶胞边长 c length_c	387.162 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	2.370 Å
最低分辨率 resolution_low	43.020 Å
R 因子 r_factor	0.1970
R_work r_work	0.1948
R_free r_free	0.2390

fit	/app/data/saxs_computation/dx/9dxx/9dxx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dx/9dxx/9dxx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dx/9dxx/9dxx.dat

Crystal structure of the A/Puerto Rico/8/1934 (H1N1) influenza virus hemagglutinin in complex with D-peptide

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 branched

Entity 5 branched

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)