9dy7

Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with L-ethionine and Na+

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 109.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dy7
沉积日期 deposition_date	2024-10-13
最后修订 last_revision	2025-04-16
结构标题 title	Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with L-ethionine and Na+
关键词 keywords	;pyridoxal-5'-phosphate, aminotransferase fold, cation activation, inhibitor complex, LYASE ;; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.48 Å
零角强度 I(0) i0	644616000.00
分子量 molecular_weight	211110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	265370 Å³
包络体积 envelope_volume	311830 Å³
水化壳体积 shell_volume	66480 Å³
包络直径 envelope_diameter	116.1 Å
壳层 Rg shell_rg	45.92 Å
包络 Rg envelope_rg	36.76 Å
形状 Rg shape_rg	36.49 Å
总 Rg total_rg	36.94 Å
总原子数 total_atoms	14855
残基数 n_residues	1862
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.5 Å
Rg (实空间) rg_real	36.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.4460e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.8930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	644700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8732
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.176
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.533
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	255200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.976; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.431

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Tryptophanase (with internal aldimine)
分子量 formula_weight	52655.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.99.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	16300

AKRIVEPFRIKMVEKIRVPSREEREAALKEAGYNPFLLPSSAVYIDLLTDSGTNAMSDHQWAAMITGDEAYAGSRNYYDLKDKAKELFNYDYIIPAHQGRGAENILFPVLLKYKQKEGKAKNPVFISNFHFDTTAAHVELNGCKAINIVTEKAFDSETYDDWKGDFDIKKLKENIAQHGADNIVAIVSTVTCNSAGGQPVSMSNLKEVYEIAKQHGIFVVMDSARFCENAYFIKARDPKYKNATIKEVIFDMYKYADALTMSAKKDPLLNIGGLVAIRDNEEIFTLARQRCVPMEGFVTYGGLAGRDMAAMVQGLEEGTEEEYLHYRIGQVKYLGDRLREAGIPIQYPTGGHAVFVDCKKLVPQIPGDQFPAQAVINALYLESGVRAVEIGSFLLGRDPATGEQKHADMEFMRLTIARRVYTNDHMDYIADALIGLKEKFATLKGLEFEYEPPVLRHFTARLKPIE

来源 Source

来源生物 organism	Proteus vulgaris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	585
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Tryptophanase
分子量 formula_weight	52427.8 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.99.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

来源 Source

来源生物 organism	Proteus vulgaris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	585
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-AMINO-4-ETHYL SULFANYL BUTYRIC ACID
分子量 formula_weight	163.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 non-polymer

描述 description	(2E)-4-(ethylsulfanyl)-2-{[(Z)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4(1H)-ylidene}methyl]imino}butanoic acid
分子量 formula_weight	392.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	(E)-S-ethyl-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-homocysteine
分子量 formula_weight	392.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1210

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	111.330 Å
晶胞边长 b length_b	113.676 Å
晶胞边长 c length_c	149.414 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.870 Å
最低分辨率 resolution_low	52.160 Å
R 因子 r_factor	0.1561
R_work r_work	0.1557
R_free r_free	0.1854

fit	/app/data/saxs_computation/dy/9dy7/9dy7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dy/9dy7/9dy7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dy/9dy7/9dy7.dat

Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with L-ethionine and Na+

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)