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9ef9

Cryo-EM structure of Drosophila melanogaster insulin receptor (dmIR) bound with three DILP5, asymmetric conformation

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 172.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Insulin-like receptor

Drosophila melanogaster

UniProt P09208

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–2144 链 B； UniProt 1–2144 未记录 DILP5 A-chain × 3 （Q7KUD5） DILP5 B-chain × 3 （Q7KUD5） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9EF9 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8CLS Drosophila melanogaster insulin receptor ectodomain in complex with DILP5 提交 2023-02-17 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 264–1310（1047 aa）
链 B 264–1310（1047 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
9EF1 Cryo-EM structure of Drosophila melanogaster insulin receptor (dmIR) bound with one DILP1, asymmetric conformation 提交 2024-11-19 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–2144（2144 aa）
链 B 1–2144（2144 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
9EF4 Cryo-EM structure of Drosophila melanogaster insulin receptor (dmIR) bound with two DILP1, symmetric conformation 提交 2024-11-19 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–2144（2144 aa）
链 B 1–2144（2144 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
9EF5 Cryo-EM structure of Drosophila melanogaster insulin receptor (dmIR) bound with one DILP2, asymmetric conformation 提交 2024-11-19 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–2144（2144 aa）
链 B 1–2144（2144 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9HKT Drosophila melanogaster insulin receptor ectodomain in complex with one DILP2 molecule 提交 2024-12-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 264–1310（1047 aa）
链 B 264–1310（1047 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM Hepes pH 7.5, 200mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9HNI Drosophila melanogaster insulin receptor ectodomain in complex with two DILP2 molecules 提交 2024-12-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 264–1310（1047 aa）
链 B 264–1310（1047 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM Hepes pH 7.5, 200mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.25 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INSR_DROME
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–2144； UniProt 1–2144 作者链 B； PDB构建体 1–2144； UniProt 1–2144

DILP5 A-chain

物种未注明

UniProt Q7KUD5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 84–108 链 D； UniProt 24–51 链 E； UniProt 84–108 链 F； UniProt 24–51 链 G； UniProt 84–108 链 H； UniProt 24–51 未记录 Insulin-like receptor × 2 （P09208） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9EF9 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2WFU Crystal structure of DILP5 variant DB 提交 2009-04-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 87–108（22 aa） 片段：RESIDUES 87-108
链 B 24–47（24 aa） 片段：RESIDUES 24-47
突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 20% PEG4000
分辨率 1.85 Å R-free 0.256
2WFV Crystal structure of DILP5 variant C4 提交 2009-04-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 84–108（25 aa） 片段：RESIDUES 84-108
链 B 24–46（23 aa） 片段：RESIDUES 24-46
突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 20% PEG4000
分辨率 1.85 Å R-free 0.232
6FEY Crystal structure of Drosophila neural ectodermal development factor Imp-L2 with Drosophila DILP5 insulin 提交 2018-01-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 84–108（25 aa）
链 H 24–51（28 aa）
链 I 84–108（25 aa）
链 J 24–51（28 aa）
突变：K95N 突变：K95N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；Cp 10 mg/ml, 8-10% w/v PEG 4k or 6K, 20 mM MgCl2, 0.1 M HEPES pH 6.8-7.5
分辨率 3.48 Å R-free 0.345
6FEY Crystal structure of Drosophila neural ectodermal development factor Imp-L2 with Drosophila DILP5 insulin 提交 2018-01-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 84–108（25 aa）
链 F 24–51（28 aa）
链 K 84–108（25 aa）
链 L 24–51（28 aa）
突变：K95N 突变：K95N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；Cp 10 mg/ml, 8-10% w/v PEG 4k or 6K, 20 mM MgCl2, 0.1 M HEPES pH 6.8-7.5
分辨率 3.48 Å R-free 0.345
8CLS Drosophila melanogaster insulin receptor ectodomain in complex with DILP5 提交 2023-02-17 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 C 84–108（25 aa）
链 D 24–51（28 aa）
链 E 84–108（25 aa）
链 F 24–51（28 aa）
链 G 84–108（25 aa）
链 H 24–51（28 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INSL5_DROME
Isoform —
PDB实体 2, 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–25； UniProt 84–108 作者链 E； PDB构建体 1–25； UniProt 84–108 作者链 G； PDB构建体 1–25； UniProt 84–108 作者链 D； PDB构建体 1–28； UniProt 24–51 作者链 F； PDB构建体 1–28； UniProt 24–51 作者链 H； PDB构建体 1–28； UniProt 24–51

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ef9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ef9
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ef9
沉积日期 deposition_date2024-11-19
结构标题 titleCryo-EM structure of Drosophila melanogaster insulin receptor (dmIR) bound with three DILP5, asymmetric conformation
关键词 keywordsInsulin receptor, DILP, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier51.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron51.35 Å
零角强度 I(0) i0684685000.00
分子量 molecular_weight212130.0 kDa
排除体积 excluded_volume263560 ų
包络体积 envelope_volume409000 ų
水化壳体积 shell_volume69098 ų
包络直径 envelope_diameter174.7 Å
壳层 Rg shell_rg52.73 Å
包络 Rg envelope_rg49.55 Å
形状 Rg shape_rg51.33 Å
总 Rg total_rg51.46 Å
总原子数 total_atoms29322
残基数 n_residues1851
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax172.2 Å
Rg (实空间) rg_real51.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.67 Å
I(0) (实空间) i0_real6.8470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3700e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal51.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal684700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8274
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary61.1 Å
偏度 Skewness skewness0.228
峰度 Kurtosis kurtosis-0.582
角度范围 angular_range— – 0.1550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha33850000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)