9ekd

Structure of a C1r Zymogen Fragment Bound to SALO

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 148.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ekd
沉积日期 deposition_date	2024-12-02
结构标题 title	Structure of a C1r Zymogen Fragment Bound to SALO
关键词 keywords	complement system, C1r, zymogen, inhibitor, IMMUNE SYSTEM, HYDROLASE; IMMUNE SYSTEM,HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.70 Å
零角强度 I(0) i0	192276000.00
分子量 molecular_weight	108890.0 kDa
排除体积 excluded_volume	134760 Å³
包络体积 envelope_volume	191800 Å³
水化壳体积 shell_volume	42871 Å³
包络直径 envelope_diameter	152.4 Å
壳层 Rg shell_rg	41.50 Å
包络 Rg envelope_rg	42.20 Å
形状 Rg shape_rg	41.67 Å
总 Rg total_rg	41.78 Å
总原子数 total_atoms	7644
残基数 n_residues	951
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	148.4 Å
Rg (实空间) rg_real	41.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	192200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8255
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.564
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.107
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15070000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.750; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.857; Smooth: 0.620

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Salivary anti-complement protein
分子量 formula_weight	12205.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7644

SEDCENIFHDNAYLLKLDCEAGRVDPVEYDDISDEEIYEITVDVGVSSEDQEKVAKIIRECIAQVSTQDCTKFSEIYDCYMKKKICNYYPENMGSGHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Lutzomyia longipalpis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7200
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Complement C1r subcomponent
分子量 formula_weight	46617.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.41
突变 mutation	S654A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

KCPQPKTLDEFTIIQNLQPQYQFRDYFIATCKQGYQLIEGNQVLHSFTAVCQDDGTWHRAMPRCKIKDCGQPRNLPNGDFRYTTTMGVNTYKARIQYYCHEPYYKMQTRAGSRESEQGVYTCTAQGIWKNEQKGEKIPRCLPVCGKPVNPVEQRQRIIGGQKAKMGNFPWQVFTNIHGRGGGALLGDRWILTAAHTLYPKEHEAQSNASLDVFLGHTNVEELMKLGNHPIRRVSVHPDYRQDESYNFEGDIALLELENSVTLGPNLLPICLPDNDTFYDLGLMGYVSGFGVMEEKIAHDLRFVRLPVANPQACENWLRGKNRMDVFSQNMFCAGHPSLKQDACQGDAGGVFAVRDPNTDRWVATGIVSWGIGCSRGYGFYTKVLNYVDWIKKEMEEEDGSGHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	117.831 Å
晶胞边长 b length_b	117.831 Å
晶胞边长 c length_c	190.582 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.280 Å
最低分辨率 resolution_low	49.290 Å
R 因子 r_factor	0.2459
R_work r_work	0.2422
R_free r_free	0.2865

fit	/app/data/saxs_computation/ek/9ekd/9ekd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ek/9ekd/9ekd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ek/9ekd/9ekd.dat

Structure of a C1r Zymogen Fragment Bound to SALO

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)