9eu5

SSX structure of Autotaxin at room temperature

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 105.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9eu5
沉积日期 deposition_date	2024-03-27
结构标题 title	SSX structure of Autotaxin at room temperature
关键词 keywords	autotaxin, LPA, SSX, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.60 Å
零角强度 I(0) i0	154443000.00
分子量 molecular_weight	94109.0 kDa
排除体积 excluded_volume	114990 Å³
包络体积 envelope_volume	139020 Å³
水化壳体积 shell_volume	39125 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.2 Å
壳层 Rg shell_rg	36.57 Å
包络 Rg envelope_rg	29.92 Å
形状 Rg shape_rg	29.55 Å
总 Rg total_rg	30.33 Å
总原子数 total_atoms	6458
残基数 n_residues	785
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.1 Å
Rg (实空间) rg_real	30.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6180e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	154400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8659
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.445
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.156
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22420000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.779; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.949

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

描述 description	Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2
分子量 formula_weight	98768.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.4.39
突变 mutation	N410A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6688

MARQGCLGSFQVISLFTFAISVNICLGFTASRIKRAEWDEGPPTVLSDSPWTNTSGSCKGRCFELQEAGPPDCRCDNLCKSYSSCCHDFDELCLKTARGWECTKDRCGEVRNEENACHCSEDCLSRGDCCTNYQVVCKGESHWVDDDCEEIKVPECPAGFVRPPLIIFSVDGFRASYMKKGSKVMPNIEKLRSCGTHAPYMRPVYPTKTFPNLYTLATGLYPESHGIVGNSMYDPVFDASFHLRGREKFNHRWWGGQPLWITATKQGVRAGTFFWSVSIPHERRILTILQWLSLPDNERPSVYAFYSEQPDFSGHKYGPFGPEMTNPLREIDKTVGQLMDGLKQLRLHRCVNVIFVGDHGMEDVTCDRTEFLSNYLTNVDDITLVPGTLGRIRAKSINNSKYDPKTIIAALTCKKPDQHFKPYMKQHLPKRLHYANNRRIEDIHLLVDRRWHVARKPLDVYKKPSGKCFFQGDHGFDNKVNSMQTVFVGYGPTFKYRTKVPPFENIELYNVMCDLLGLKPAPNNGTHGSLNHLLRTNTFRPTMPDEVSRPNYPGIMYLQSEFDLGCTCDDKVEPKNKLEELNKRLHTKGSAKERHLLYGRPAVLYRTSYDILYHTDFESGYSEIFLMPLWTSYTISKQAEVSSIPEHLTNCVRPDVRVSPGFSQNCLAYKNDKQMSYGFLFPPYLSSSPEAKYDAFLVTNMVPMYPAFKRVWAYFQRVLVKKYASERNGVNVISGPIFDYNYDGLRDTEDEIKQYVEGSSIPVPTHYYSIITSCLDFTQPADKCDGPLSVSSFILPHRPDNDESCASSEDESKWVEELMKMHTARVRDIEHLTGLDFYRKTSRSYSEILTLKTYLHTYESEI

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 branched

描述 description	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	627.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	7alpha-hydroxycholesterol
分子量 formula_weight	402.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 7 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

Entity 8 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	203

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.510 Å
晶胞边长 b length_b	61.190 Å
晶胞边长 c length_c	65.010 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	102.57 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.13 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	93.67 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	62.450 Å
R 因子 r_factor	0.2273
R_work r_work	0.2245
R_free r_free	0.2809

fit	/app/data/saxs_computation/eu/9eu5/9eu5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eu/9eu5/9eu5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eu/9eu5/9eu5.dat