9evm

;High pH (8.0) nitrite-bound MSOX movie series dataset 30 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [20.7 MGy] ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 86.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9evm
沉积日期 deposition_date	2024-03-30
结构标题 title	;High pH (8.0) nitrite-bound MSOX movie series dataset 30 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [20.7 MGy] ;
关键词 keywords	electron transfer, Nitrite binding, nitrite reductase, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.13 Å
零角强度 I(0) i0	24553300.00
分子量 molecular_weight	37202.0 kDa
排除体积 excluded_volume	46277 Å³
包络体积 envelope_volume	56612 Å³
水化壳体积 shell_volume	22410 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.8 Å
壳层 Rg shell_rg	27.77 Å
包络 Rg envelope_rg	22.32 Å
形状 Rg shape_rg	21.09 Å
总 Rg total_rg	22.10 Å
总原子数 total_atoms	5152
残基数 n_residues	334
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.1 Å
Rg (实空间) rg_real	22.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24550000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7848
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.470
峰度 Kurtosis kurtosis	0.087
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6409000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.500; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.708; Smooth: 0.992

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Copper-containing nitrite reductase
分子量 formula_weight	39758.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.7.2.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5908

MLPMFTRRAALISAAATALMLATPALAADDLKLPRQKVELVAPPFVHAHEQATKQGPKIVEFKLTIEEKKVVIDEKGTTFQAMTFNGSMPGPLMVVHEGDYVETTLVNPATNTMPHNIDFHSATGALGGGALTLINPGEQVVLRWKATKTGVFVYHCAPGGPMIPWHVVSGMNGAVMVLPRDGLNDGKGHALKYDKVYYVGEQDMYVPRDEKGNFKSYDSPGEAFTDTEEMMKKLIPSHVVFNGKVGALTGKNALTANVGENVLIVHSQANRDSRPHLIGGHGDYVWETGKFGNAPEVGLETWFIRGGSAGAAMYKFMQPGIYAYVTHNLIEAADLGATAHFKVEGKWNDDLMTQVKAPAEIPANTN

来源 Source

来源生物 organism	Bradyrhizobium sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	376
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 branched

描述 description	beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	NITRITE ION
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	301

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	104.560 Å
晶胞边长 b length_b	104.560 Å
晶胞边长 c length_c	64.660 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 63
空间群编号 int_tables_number	173
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	30.002 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1516
R_free r_free	0.1833

fit	/app/data/saxs_computation/ev/9evm/9evm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ev/9evm/9evm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ev/9evm/9evm.dat