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9ezn

Canonical class 1 structure of the human cortactin SH3 domain in complex with WIP-derived peptide

Method: SOLUTION NMR Dmax: 37.5 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cDNA FLJ34459 fis, clone HLUNG2002916, highly similar to SRC SUBSTRATE CORTACTIN

Homo sapiens

UniProt B3KRK4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 178–234 未记录 WAS/WASL-interacting protein family member 1 × 1 （O43516） SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.055；压力 1 NMR样品组成：0.7 mM Human WIP (165-183), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O NMR样品组成：0.7 mM Human WIP (165-183), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成：1.1 mM Human WIP (165-183), 0.22 mM [U-99% 15N; U-80% 2H] Human cortactin SH3 domain (494-550), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 1 mM dithiothreitol, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O NMR样品组成：1.1 mM Human WIP (165-183), 0.22 mM [U-99% 15N; U-80% 2H] Human cortactin SH3 domain (494-550), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 1 mM dithiothreitol, 0.02 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成：1.1 mM Human WIP (165-183), 0.22 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Human cortactin SH3 domain (494-550), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 1 mM dithiothreitol, 0.02 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9EZN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9EZO Canonical class 2 structure of the human cortactin SH3 domain in complex with WIP-derived peptide 提交 2024-04-13 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 178–234（57 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.055；压力 1
NMR样品组成 0.7 mM Human WIP (165-183), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 0.7 mM Human WIP (165-183), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.22 mM [U-99% 15N; U-80% 2H] Human cortactin SH3 domain (494-550), 1.1 mM Human WIP (165-183), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 1 mM dithiothreitol, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 0.22 mM [U-99% 15N; U-80% 2H] Human cortactin SH3 domain (494-550), 1.1 mM Human WIP (165-183), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 1 mM dithiothreitol, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.22 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Human cortactin SH3 domain (494-550), 1.1 mM Human WIP (165-183), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 1 mM dithiothreitol, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
9EZP Non-canonical structure of the human cortactin SH3 domain in complex with WIP-derived peptide 提交 2024-04-13 当前字段一致 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 178–234（57 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.055；压力 1
NMR样品组成 0.7 mM Human WIP (165-183), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 0.7 mM Human WIP (165-183), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 1.1 mM Human WIP (165-183), 0.22 mM [U-99% 15N; U-80% 2H] Human cortactin SH3 domain (494-550), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 1 mM dithiothreitol, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 1.1 mM Human WIP (165-183), 0.22 mM [U-99% 15N; U-80% 2H] Human cortactin SH3 domain (494-550), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 1 mM dithiothreitol, 0.02 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 1.1 mM Human WIP (165-183), 0.22 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Human cortactin SH3 domain (494-550), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 1 mM dithiothreitol, 0.02 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B3KRK4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–57； UniProt 178–234

WAS/WASL-interacting protein family member 1

物种未注明

UniProt O43516

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 165–183 未记录 cDNA FLJ34459 fis, clone HLUNG2002916, highly similar to SRC SUBSTRATE CORTACTIN × 1 （B3KRK4） SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.055；压力 1 NMR样品组成：0.7 mM Human WIP (165-183), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O NMR样品组成：0.7 mM Human WIP (165-183), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成：1.1 mM Human WIP (165-183), 0.22 mM [U-99% 15N; U-80% 2H] Human cortactin SH3 domain (494-550), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 1 mM dithiothreitol, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O NMR样品组成：1.1 mM Human WIP (165-183), 0.22 mM [U-99% 15N; U-80% 2H] Human cortactin SH3 domain (494-550), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 1 mM dithiothreitol, 0.02 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成：1.1 mM Human WIP (165-183), 0.22 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Human cortactin SH3 domain (494-550), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 1 mM dithiothreitol, 0.02 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9EZN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1MKE Structure of the N-WASP EVH1 Domain-WIP complex 提交 2002-08-29 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 461–485（25 aa） 片段：WIP peptide and N-WASP EVH1 domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 U-15N protein 20 mM PO4 buffer 1 mM dithiothreitol | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 U-13C/15N protein 20 mM PO4 buffer 1 mM dithiothreitol | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2A41 Ternary complex of the WH2 Domain of WIP with Actin-DNAse I 提交 2005-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 29–60（32 aa） 片段：first WH2 domain
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；sodium formate, PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.60 Å R-free 0.219
2IFS Structure of the N-WASP EVH1 domain in complex with an extended WIP peptide 提交 2006-09-21 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 451–485（35 aa） 片段：WIP peptide (residues 451-485) and N-WASP EVH1 domain (Residues 26-147)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.044 mM；压力 1
NMR样品组成 1.0 mM U-15N/13C protein, 20 mM sodium phosphate, 1 mM Dithiothreitol, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
9EZO Canonical class 2 structure of the human cortactin SH3 domain in complex with WIP-derived peptide 提交 2024-04-13 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 165–183（19 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.055；压力 1
NMR样品组成 0.7 mM Human WIP (165-183), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 0.7 mM Human WIP (165-183), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.22 mM [U-99% 15N; U-80% 2H] Human cortactin SH3 domain (494-550), 1.1 mM Human WIP (165-183), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 1 mM dithiothreitol, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 0.22 mM [U-99% 15N; U-80% 2H] Human cortactin SH3 domain (494-550), 1.1 mM Human WIP (165-183), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 1 mM dithiothreitol, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.22 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Human cortactin SH3 domain (494-550), 1.1 mM Human WIP (165-183), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 1 mM dithiothreitol, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
9EZP Non-canonical structure of the human cortactin SH3 domain in complex with WIP-derived peptide 提交 2024-04-13 当前字段一致 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 165–183（19 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.055；压力 1
NMR样品组成 0.7 mM Human WIP (165-183), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 0.7 mM Human WIP (165-183), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 1.1 mM Human WIP (165-183), 0.22 mM [U-99% 15N; U-80% 2H] Human cortactin SH3 domain (494-550), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 1 mM dithiothreitol, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 1.1 mM Human WIP (165-183), 0.22 mM [U-99% 15N; U-80% 2H] Human cortactin SH3 domain (494-550), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 1 mM dithiothreitol, 0.02 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 1.1 mM Human WIP (165-183), 0.22 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Human cortactin SH3 domain (494-550), 20 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 1 mM dithiothreitol, 0.02 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 WIPF1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–19； UniProt 165–183

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ezn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ezn
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ezn
沉积日期 deposition_date2024-04-13
结构标题 titleCanonical class 1 structure of the human cortactin SH3 domain in complex with WIP-derived peptide
关键词 keywordsSH3 domain, cortactin, WASp-interacting protein (WIP), cytoskeletal regulation, cortactin-WIP complex, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier13.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.31 Å
零角强度 I(0) i0444767000.00
分子量 molecular_weight172010.0 kDa
排除体积 excluded_volume212400 ų
包络体积 envelope_volume27375 ų
水化壳体积 shell_volume13831 ų
包络直径 envelope_diameter58.9 Å
壳层 Rg shell_rg23.09 Å
包络 Rg envelope_rg18.96 Å
形状 Rg shape_rg13.23 Å
总 Rg total_rg13.82 Å
总原子数 total_atoms23620
残基数 n_residues1520
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax37.5 Å
Rg (实空间) rg_real12.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.06 Å
I(0) (实空间) i0_real4.2600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2690e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal13.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal444800000.0000
解质量估计 total_estimate0.6680
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary15.2 Å
偏度 Skewness skewness0.403
峰度 Kurtosis kurtosis-0.140
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha5.5100
最高正则化参数 α highest_alpha236000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 0.970; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)