SAXSdb — 9ezw

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 20–137	未记录	single-domain antibody VHH_h3 × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；294 K；0,1M Na-citrate pH 5,6 20% 2-propanol 21% PEG 4000	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 20–137	未记录	single-domain antibody VHH_h3 × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；294 K；0,1M Na-citrate pH 5,6 20% 2-propanol 21% PEG 4000	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 20–137	未记录	single-domain antibody VHH_h3 × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；294 K；0,1M Na-citrate pH 5,6 20% 2-propanol 21% PEG 4000	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 20–137	未记录	single-domain antibody VHH_h3 × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；294 K；0,1M Na-citrate pH 5,6 20% 2-propanol 21% PEG 4000	分辨率 1.90 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9EZW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2ICC Extracellular Domain of CRIg 提交 2006-09-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–137（119 aa）片段：extracellular domain of CRIG	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.4；298 K；pH 6.4, EVAPORATION, temperature 298K	分辨率 1.20 Å R-free 0.172
2ICE CRIg bound to C3c 提交 2006-09-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 S 19–137（119 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å R-free 0.295
2ICE CRIg bound to C3c 提交 2006-09-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 T 19–137（119 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å R-free 0.295
2ICF CRIg bound to C3b 提交 2006-09-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 19–137（119 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；293 K；pH 6.5, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 4.10 Å R-free 0.330
5IMK Nanobody targeting human Vsig4 in Spacegroup C2 提交 2016-03-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–232（214 aa）片段：UNP residues 19-232	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Sodium citrate tribasic dehydrate pH5.6, 20% 2-Propanol, 20% PEG 4000	分辨率 1.23 Å R-free 0.185
5IML Nanobody targeting human Vsig4 in Spacegroup P212121 提交 2016-03-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–232（214 aa）片段：UNP residues 19-232	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；(1) 1.2M sodium citrate tribasic dehydrate, 0.1M BIS-TRIS propane pH7.0 and (2) 0.17M Ammonium sulfate, 15% Glycerol, 25.5% PEG 4000	分辨率 1.80 Å R-free 0.226
8TE5 Crystal structure of a multiple lysine-to-arginine substitution mutant of the human CRIg C3b-binding domain 提交 2023-07-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–137（118 aa）	突变：K15R,K36R,K62R,K72R,K110R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium aaetate (pH 6.5) 0.2 M ammonium acetate 30% (w/v) peg-4000	分辨率 1.50 Å R-free 0.223
8TE6 Crystal structure of a multiple lysine-to-arginine substitution mutant of the human CRIg C3b-binding domain 提交 2023-07-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–137（118 aa）	突变：K15R,K36R,K62R,K72R,K110R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate (pH 6.5) 0.2 M ammonium acetate 30% (w/v) PEG-4000	分辨率 1.25 Å R-free 0.196
9EZH Structure of single-domain antibody VHH_h4 in complex with human Vsig4 提交 2024-04-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–137（118 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0,1M Bis-Tris pH 6.0 and 24% PEG3350	分辨率 1.94 Å R-free 0.239
9EZI Structure of single-domain antibody VHH_h5 in complex with human Vsig4 提交 2024-04-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–137（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0,1M Bis-Tris pH 6.5 and 30% PEG3350	分辨率 1.97 Å R-free 0.243
9EZU Structure of the single-domain antibody VHH_h1 in complex with human Vsig4 提交 2024-04-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–137（118 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；287 K；0,17M ammonium sulfate 15% glycerol 25,5% PEG 4000	分辨率 1.05 Å R-free 0.176
9EZV Structure of the single-domain antibody VHH_h2 in complex with human Vsig4 提交 2024-04-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–137（118 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；287 K；0,1M Na-citrate pH 5,6 20% 2-propanol 21% PEG 4000	分辨率 1.45 Å R-free 0.215

共 11 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VSIG4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–118； UniProt 20–137 作者链 C； PDB构建体 1–118； UniProt 20–137 作者链 E； PDB构建体 1–118； UniProt 20–137 作者链 G； PDB构建体 1–118； UniProt 20–137

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ezw
沉积日期 deposition_date	2024-04-14
结构标题 title	Structure of the single-domain antibody VHH_h3 in complex with human Vsig4
关键词 keywords	VHH, nanobody, in silico, antibody, complex, single-domain, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.43 Å
零角强度 I(0) i0	201600000.00
分子量 molecular_weight	109930.0 kDa
排除体积 excluded_volume	136030 Å³
包络体积 envelope_volume	173270 Å³
水化壳体积 shell_volume	45271 Å³
包络直径 envelope_diameter	116.0 Å
壳层 Rg shell_rg	39.17 Å
包络 Rg envelope_rg	31.24 Å
形状 Rg shape_rg	31.39 Å
总 Rg total_rg	32.15 Å
总原子数 total_atoms	7751
残基数 n_residues	983
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.0 Å
Rg (实空间) rg_real	32.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	201600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8844
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.253
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.325
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23840000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.838; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.979

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4
分子量 formula_weight	14486.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	8368

RPILEVPESVTGPWKGDVNLPCTYDPLQGYTQVLVKWLVQRGSDPVTIFLRDSSGDHIQQAKYQGRLHVSHKVPGDVSLQLSTLEMDDRSHYTCEVTWQTPDGNQVVRDKITELRVQKAAAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	single-domain antibody VHH_h3
分子量 formula_weight	14795.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

QVQLVESGGGLVQAGGSLRLSCAASGRTFSSYGMGWFRQAPGKEREFVAAIGPFGGTTYYADSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAAGRWNRYGEQDQYNYEYWGQGTQVTVSSAAAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	519

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	60.867 Å
晶胞边长 b length_b	129.941 Å
晶胞边长 c length_c	144.284 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	64.970 Å
R 因子 r_factor	0.1942
R_work r_work	0.1904
R_free r_free	0.2280

fit	/app/data/saxs_computation/ez/9ezw/9ezw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ez/9ezw/9ezw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ez/9ezw/9ezw.dat

Structure of the single-domain antibody VHH_h3 in complex with human Vsig4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)