9f6r

;Crystal structure of human acetylcholinesterase in complex with the uncharged hybrid reactivator quinoline-3-hydroxy-pyridinaldoxime ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 130.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9f6r
沉积日期 deposition_date	2024-05-02
结构标题 title	;Crystal structure of human acetylcholinesterase in complex with the uncharged hybrid reactivator quinoline-3-hydroxy-pyridinaldoxime ;
关键词 keywords	acetylcholinesterase, reactivator., HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.58 Å
零角强度 I(0) i0	463149000.00
分子量 molecular_weight	119410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	116560 Å³
包络体积 envelope_volume	191920 Å³
水化壳体积 shell_volume	44052 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.6 Å
壳层 Rg shell_rg	41.85 Å
包络 Rg envelope_rg	37.51 Å
形状 Rg shape_rg	37.63 Å
总 Rg total_rg	37.66 Å
总原子数 total_atoms	8867
残基数 n_residues	1068
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.7 Å
Rg (实空间) rg_real	38.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.7870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	463000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8109
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.503
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.499
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	75520000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.607; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.828; Smooth: 0.887

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

描述 description	Acetylcholinesterase
分子量 formula_weight	59618.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9318

EGREDAELLVTVRGGRLRGIRLKTPGGPVSAFLGIPFAEPPMGPRRFLPPEPKQPWSGVVDATTFQSVCYQYVDTLYPGFEGTEMWNPNRELSEDCLYLNVWTPYPRPTSPTPVLVWIYGGGFYSGASSLDVYDGRFLVQAERTVLVSMNYRVGAFGFLALPGSREAPGNVGLLDQRLALQWVQENVAAFGGDPTSVTLFGESAGAASVGMHLLSPPSRGLFHRAVLQSGAPNGPWATVGMGEARRRATQLAHLVGCPPGGTGGNDTELVACLRTRPAQVLVNHEWHVLPQESVFRFSFVPVVDGDFLSDTPEALINAGDFHGLQVLVGVVKDEGSYFLVYGAPGFSKDNESLISRAEFLAGVRVGVPQVSDLAAEAVVLHYTDWLHPEDPARLREALSDVVGDHNVVCPVAQLAGRLAAQGARVYAYVFEHRASTLSWPLWMGVPHGYEIEFIFGIPLDPSRNYTAEEKIFAQRLMRYWANFARTGDPNEPRDPKAPQWPPYTAGAQQYVSLDLRPLEVRRGLRAQACAFWNRFLPKLLSAT

来源 Source

来源生物 organism	Myxococcaceae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	31
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 branched

描述 description	N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-L-galactopyranose
分子量 formula_weight	471.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	25

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 7 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	2-[(~{Z})-hydroxyiminomethyl]-6-[4-(quinolin-4-ylamino)butyl]pyridin-3-ol
分子量 formula_weight	336.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	43

Entity 10 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	82

Entity 11 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

Entity 12 non-polymer

描述 description	N-Acetyl-D-Talosamine
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 13 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 14 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	371

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	210.738 Å
晶胞边长 b length_b	210.738 Å
晶胞边长 c length_c	114.799 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	68.980 Å
R 因子 r_factor	0.1962
R_work r_work	0.1956
R_free r_free	0.2170

fit	/app/data/saxs_computation/f6/9f6r/9f6r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f6/9f6r/9f6r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f6/9f6r/9f6r.dat