9f7z

Crystal structure of human 4-1BB/TNFRSF9 in complex with the anti-4-1BB DARPin protein

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 163.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9f7z
沉积日期 deposition_date	2024-05-06
结构标题 title	Crystal structure of human 4-1BB/TNFRSF9 in complex with the anti-4-1BB DARPin protein
关键词 keywords	;Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9; 4-1BB; TNFRSF9; DARPin; designed ankyrin repeat protein; immune-oncology; Molecular Partners AG; Proteros Biostructures GmbH, PROTEIN BINDING ;; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.69 Å
零角强度 I(0) i0	876869000.00
分子量 molecular_weight	225390.0 kDa
排除体积 excluded_volume	274730 Å³
包络体积 envelope_volume	469310 Å³
水化壳体积 shell_volume	80396 Å³
包络直径 envelope_diameter	164.4 Å
壳层 Rg shell_rg	52.16 Å
包络 Rg envelope_rg	47.54 Å
形状 Rg shape_rg	48.65 Å
总 Rg total_rg	48.98 Å
总原子数 total_atoms	15665
残基数 n_residues	2079
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	163.1 Å
Rg (实空间) rg_real	48.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.7690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7980e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	877000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8570
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	56.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.237
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.357
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	39830000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.763; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.864

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	anti-4-1BB DARPin
分子量 formula_weight	13198.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O
原子数 atom_count	15717

GSDLGKKLLKAAQEGQDDEVRELLKAGADVNAKDLRGITPLHVAAWQGHLEIVEVLLKAGADVNAKDSKGETPLHLAAFRGHLEIVEVLLKAGADVNAQDQQGETPADLAALAGHVDIAEVLQKAA

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
分子量 formula_weight	14875.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P

QDPCSNCPAGTFCDNNRNQICSPCPPNSFSSAGGQRTCDICRQCKGVFRTRKECSSTSNAECDCTPGFHCLGAGCSMCEQDCKQGQELTKKGCKDCCFGTFNDQKRGICRPWTNCSLDGKSVLVNGTKERDVVCGPSP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 branched

描述 description	beta-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	367.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 branched

描述 description	;beta-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	716.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 branched

描述 description	beta-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	367.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	52

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	170.330 Å
晶胞边长 b length_b	102.469 Å
晶胞边长 c length_c	167.366 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.54 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.810 Å
最低分辨率 resolution_low	167.310 Å
R 因子 r_factor	0.2436
R_work r_work	0.2412
R_free r_free	0.2912

fit	/app/data/saxs_computation/f7/9f7z/9f7z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f7/9f7z/9f7z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f7/9f7z/9f7z.dat

Crystal structure of human 4-1BB/TNFRSF9 in complex with the anti-4-1BB DARPin protein

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 branched

Entity 5 branched

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)