9f9m

Crystal structure of MUS81-EME1 bound by compound 21.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 118.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9f9m
沉积日期 deposition_date	2024-05-08
结构标题 title	Crystal structure of MUS81-EME1 bound by compound 21.
关键词 keywords	Endonuclease, fragment, drug discovery, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.01 Å
零角强度 I(0) i0	75366400.00
分子量 molecular_weight	70236.0 kDa
排除体积 excluded_volume	88291 Å³
包络体积 envelope_volume	119870 Å³
水化壳体积 shell_volume	29106 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.5 Å
壳层 Rg shell_rg	40.54 Å
包络 Rg envelope_rg	34.24 Å
形状 Rg shape_rg	35.00 Å
总 Rg total_rg	35.45 Å
总原子数 total_atoms	4941
残基数 n_residues	638
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	118.5 Å
Rg (实空间) rg_real	35.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5370e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	75360000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6047
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.361
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.707
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14870000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.740; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.694; Smooth: 0.757

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Crossover junction endonuclease MUS81
分子量 formula_weight	34159.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	4941

GSSAELASEAGVQQQPLELRPGEYRVLLCVDIGETRGGGHRPELLRELQRLHVTHTVRKLHVGDFVWVAQETNPRDPANPGELVLDHIVERKRLDDLCSSIIDGRFREQKFRLKRCGLERRVYLVEEHGSVHNLSLPESTLLQAVTNTQVIDGFFVKRTADIKESAAYLALLTRGLQRLYQGHTLRSRPWGTPGNPESGAMTSPNPLCSLLTFSDFNAGAIKNKAQSVREVFARQLMQVRGVSGEKAAALVDRYSTPASLLAAYDACATPKEQETLLSTIKCGRLQRNLGPALSRTLSQLYCSYGPLT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Crossover junction endonuclease EME1
分子量 formula_weight	36144.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GEECLKHIIVVLDPVLLQMEGGGQLLGALQTMECRCVIEAQAVPCSVTWRRRAGPSEDREDWVEEPTVLVLLRAEAFVSMIDNGKQGSLDSTMKGKETLQGFVTDITAKTAGKALSLVIVDQEKCFSAQNPPRRGKQGANKQTKKQQQRQPEASIGSMVSRVDAEEALVDLQLHTEAQAQIVQSWKELADFTCAFTKAVAEAPFKKLRDETTFSFCLESDWAGGVKVDLAGRGLALVWRRQIQQLNRVSLEMASAVVNAYPSPQLLVQAYQQCFSDKERQNLLADIQVRRGEGVTSTSRRIGPELSRRIYLQMTTLQPHLSLDSAD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	5-oxidanyl-4-oxidanylidene-1-(4-piperazin-1-ylphenyl)pyridine-3-carboxylic acid
分子量 formula_weight	315.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	62.902 Å
晶胞边长 b length_b	83.563 Å
晶胞边长 c length_c	91.527 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.469 Å
最低分辨率 resolution_low	50.230 Å
R 因子 r_factor	0.3070
R_work r_work	0.3059
R_free r_free	0.3256

fit	/app/data/saxs_computation/f9/9f9m/9f9m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f9/9f9m/9f9m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f9/9f9m/9f9m.dat

Crystal structure of MUS81-EME1 bound by compound 21.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)