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9fbp

Deletion mutant MmChi60

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 125.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chitinase 60

Moritella marina

UniProt B1VBB0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 23–347 链 A； UniProt 505–550 未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.1 M sodium malonate, 0.5% Jeffamine ED-2001 and 0.1 M HEPES at pH 7.0 分辨率 1.84 Å R-free 0.219
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 23–347 链 B； UniProt 505–550 未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.1 M sodium malonate, 0.5% Jeffamine ED-2001 and 0.1 M HEPES at pH 7.0 分辨率 1.84 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9FBP Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4HMC Crystal structure of cold-adapted chitinase from Moritella marina 提交 2012-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–550（528 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；23% PEG 4000 w/v, 0.16M ammonium sulphate, 0.1M citrate buffer, pH 5.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.10 Å R-free 0.246
4HMD Crystal structure of cold-adapted chitinase from Moritella marina with a reaction intermediate - oxazolinium ion (NGO) 提交 2012-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–550（528 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NGO 2-METHYL-4,5-DIHYDRO-(1,2-DIDEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSO)[2,1-D]-1,3-OXAZOLE × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；23% PEG 4000 w/v, 0.16M ammonium sulphate, 0.1M citrate buffer, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.26 Å R-free 0.248
4HME Crystal structure of cold-adapted chitinase from Moritella marina with a reaction product - NAG2 提交 2012-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–550（528 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；23% PEG 4000 w/v, 0.16M ammonium sulphate, 0.1M citrate buffer, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.07 Å R-free 0.212
4MB3 Crystal structure of E153Q mutant of cold-adapted chitinase from Moritella marina 提交 2013-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–550（528 aa）
突变：E153Q NA SODIUM ION × 4 GLY GLYCINE × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.02M Na-L-glutamate, 0.02M alanine (racemic), 0.02M glycine, 0.02M lysine HCl (racemic), 0.02Mserine (racemic), 0.1M MES/imidazole pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.55 Å R-free 0.183
4MB4 Crystal structure of E153Q mutant of cold-adapted chitinase from Moritella complex with Nag4 提交 2013-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–550（528 aa）
突变：E153Q GOL GLYCEROL × 3 NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GLY GLYCINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.02M Na-L-glutamate, 0.02M alanine (racemic), 0.02M glycine, 0.02M lysine HCl (racemic), 0.02M serine (racemic), 0.1M MES/imidazole pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.48 Å R-free 0.170
4MB5 Crystal structure of E153Q mutant of cold-adapted chitinase from Moritella complex with Nag5 提交 2013-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–550（528 aa）
突变：E153Q NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 SO4 SULFATE ION × 1 GLY GLYCINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.02M Na-L-glutamate, 0.02M alanine (racemic), 0.02M glycine, 0.02M lysine HCl (racemic), 0.02M serine (racemic), 0.1M MES/imidazole pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.64 Å R-free 0.177
4W5Z High resolution crystal structure of catalytic domain of Chitinase 60 from psychrophilic bacteria Moritella marina. 提交 2014-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–345（345 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；45% v/v MPD, 0.2M ammonium acetate and 0.1M Bis Tris pH 5.5.
分辨率 1.32 Å R-free 0.150
9FBO Deletion mutant of chitinase MmChi60 提交 2024-05-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–422（400 aa）
链 A 505–550（46 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；10% (w/v) PEG 20000, 20% (v/v) PEG MME 550, a mix of monosaccharides: 20 mM of each: D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine and 0.1 M MES/imidazole
分辨率 2.69 Å R-free 0.252
9FBO Deletion mutant of chitinase MmChi60 提交 2024-05-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 23–422（400 aa）
链 B 505–550（46 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；10% (w/v) PEG 20000, 20% (v/v) PEG MME 550, a mix of monosaccharides: 20 mM of each: D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine and 0.1 M MES/imidazole
分辨率 2.69 Å R-free 0.252
9FBQ Deletion mutant of chitinase MmChi60 提交 2024-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–345（323 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 MLI MALONATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；45% (v/v) MPD, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-tris
分辨率 1.48 Å R-free 0.206
9FBR Deletion mutant of chitinase MmChi60 提交 2024-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–345（323 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；22% (w/v) Poly(acrylic acid sodium salt) average Mw ~5100 Da, 0.02 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5, with N,N',N'', N'''-tetraacetylchitotetraose (NAG4 )
分辨率 1.74 Å R-free 0.222
9FBS Deletion mutant of chitinase MmChi60 提交 2024-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–345（323 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；20% (w/v) PEG 4000, 0.4 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.0
分辨率 2.35 Å R-free 0.266

共 11 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B1VBB0_MORMI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–325； UniProt 23–347 作者链 A； PDB构建体 326–371； UniProt 505–550 作者链 B； PDB构建体 1–325； UniProt 23–347 作者链 B； PDB构建体 326–371； UniProt 505–550

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9fbp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9fbp
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9fbp
沉积日期 deposition_date2024-05-14
结构标题 titleDeletion mutant MmChi60
关键词 keywordsChitinase, Deletion mutant, Psychrophilic protein, Protein engineering, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.39 Å
零角强度 I(0) i0109110000.00
分子量 molecular_weight83116.0 kDa
排除体积 excluded_volume103540 ų
包络体积 envelope_volume131800 ų
水化壳体积 shell_volume34206 ų
包络直径 envelope_diameter133.6 Å
壳层 Rg shell_rg37.68 Å
包络 Rg envelope_rg35.11 Å
形状 Rg shape_rg34.39 Å
总 Rg total_rg34.62 Å
总原子数 total_atoms5884
残基数 n_residues742
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax125.4 Å
Rg (实空间) rg_real34.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.60 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0910e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2260e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal109100000.0000
解质量估计 total_estimate0.7999
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.0 Å
偏度 Skewness skewness0.648
峰度 Kurtosis kurtosis-0.032
角度范围 angular_range— – 0.2300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha19930000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.593; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.707; Smooth: 0.910
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)