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Crystal structure of human Sirt2 in complex with a 3-chlorobenzamide-based fragment inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 68.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fdw
沉积日期 deposition_date	2024-05-17
结构标题 title	Crystal structure of human Sirt2 in complex with a 3-chlorobenzamide-based fragment inhibitor
关键词 keywords	Inhibitor, Sirtuin 2, Deacylase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.26 Å
零角强度 I(0) i0	37280800.00
分子量 molecular_weight	31865.0 kDa
排除体积 excluded_volume	30963 Å³
包络体积 envelope_volume	50140 Å³
水化壳体积 shell_volume	20957 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.0 Å
壳层 Rg shell_rg	26.49 Å
包络 Rg envelope_rg	20.45 Å
形状 Rg shape_rg	20.23 Å
总 Rg total_rg	20.93 Å
总原子数 total_atoms	2401
残基数 n_residues	295
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.3 Å
Rg (实空间) rg_real	21.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7280e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37280000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8894
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.335
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.346
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6098000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.873; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.943

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
分子量 formula_weight	34416.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2628

GHMERLLDELTLEGVARYMQSERCRRVICLVGAGISTSAGIPDFRSPSTGLYDNLEKYHLPYPEAIFEISYFKKHPEPFFALAKELYPGQFKPTICHYFMRLLKDKGLLLRCYTQNIDTLERIAGLEQEDLVEAHGTFYTSHCVSASCRHEYPLSWMKEKIFSEVTPKCEDCQSLVKPDIVFFGESLPARFFSCMQSDFLKVDLLLVMGTSLQVQPFASLISKAPLSTPRLLINKEKAGQSDPFLGMIMGLGGGMDFDSKKAYRDVAWLGECDQGCLALAELLGWKKELEDLVRREHASIDAQS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	3-chloranyl-~{N}-(pyridin-2-ylmethyl)benzamide
分子量 formula_weight	246.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	213

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	35.828 Å
晶胞边长 b length_b	73.146 Å
晶胞边长 c length_c	54.954 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.70 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	54.680 Å
R 因子 r_factor	0.1880
R_work r_work	0.1867
R_free r_free	0.2140

fit	/app/data/saxs_computation/fd/9fdw/9fdw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fd/9fdw/9fdw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fd/9fdw/9fdw.dat