9ffj

Artificial metalloenzyme with a nickel-based 1,10-phenanthroline cofactor and streptavidin N49M-S112V mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 54.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ffj
沉积日期 deposition_date	2024-05-23
结构标题 title	Artificial metalloenzyme with a nickel-based 1,10-phenanthroline cofactor and streptavidin N49M-S112V mutant
关键词 keywords	Artificial metalloenzyme, nickel, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.97 Å
零角强度 I(0) i0	4262720.00
分子量 molecular_weight	13930.0 kDa
排除体积 excluded_volume	16985 Å³
包络体积 envelope_volume	19845 Å³
水化壳体积 shell_volume	11692 Å³
包络直径 envelope_diameter	53.4 Å
壳层 Rg shell_rg	20.17 Å
包络 Rg envelope_rg	15.61 Å
形状 Rg shape_rg	14.94 Å
总 Rg total_rg	16.03 Å
总原子数 total_atoms	1875
残基数 n_residues	121
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.8 Å
Rg (实空间) rg_real	16.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2630e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2950e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4263000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8782
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.361
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.298
角度范围 angular_range	— – 0.4900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	768500.0000
实空间数据点数 n_real_points	79
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.818; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.979

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Streptavidin
分子量 formula_weight	16598.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2116

MASMTGGQQMGRDQAGITGTWYNQLGSTFIVTAGADGALTGTYESAVGMAESRYVLTGRYDSAPATDGSGTALGWTVAWKNNYRNAHSATTWSGQYVGGAEARINTQWLLTVGTTEANAWKSTLVGHDTFTKVKPSAASIDAAKKAGVNNGNPLDAVQQ

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces avidinii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1895
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	;N-methyl-N-[(4,4,6,6-tetrahydroxy-4,6-dioxido-1,3,3a,5,6a-tetrahydrothien[3,4-d]imidazol-4-ium-2-yl)methyl]-5-(2,4,4-trihydroxy-2-keto-3,3a,5,6-tetrahydro-1H-thien[3,4-d]imidazol-4-ium-6-yl ;
分子量 formula_weight	574.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	AMMONIUM ION
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	36

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.460 Å
晶胞边长 b length_b	57.460 Å
晶胞边长 c length_c	172.460 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	1.270 Å
最低分辨率 resolution_low	54.510 Å
R 因子 r_factor	0.1782
R_work r_work	0.1772
R_free r_free	0.1965

fit	/app/data/saxs_computation/ff/9ffj/9ffj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ff/9ffj/9ffj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ff/9ffj/9ffj.dat