9ffq

Cryo-EM structure of the alpha1beta3 GABA(A) receptor in complex with GABA and Mb25 in the short-lived asymmetric desensitised state of branch 1

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 8	Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 × 3 （P28472） Megabody25,Outer membrane protein × 1 （B5Z8H1） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 5 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CHLORIDE ION × 2 GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GBRA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 58–365； UniProt 32–339 作者链 A； PDB构建体 373–411； UniProt 418–456 作者链 D； PDB构建体 58–365； UniProt 32–339 作者链 D； PDB构建体 373–411； UniProt 418–456

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

Homo sapiens

UniProt P28472

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 8	Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 × 2 （P14867） Megabody25,Outer membrane protein × 1 （B5Z8H1） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 5 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CHLORIDE ION × 2 GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GBRB3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 55–361； UniProt 26–332 作者链 B； PDB构建体 369–395； UniProt 447–473 作者链 C； PDB构建体 55–361； UniProt 26–332 作者链 C； PDB构建体 369–395； UniProt 447–473 作者链 E； PDB构建体 55–361； UniProt 26–332 作者链 E； PDB构建体 369–395； UniProt 447–473

Megabody25,Outer membrane protein

Lama glama

UniProt B5Z8H1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 8	Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 × 2 （P14867） Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 × 3 （P28472） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 5 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CHLORIDE ION × 2 GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B5Z8H1_HELPG
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 13–233； UniProt 226–446 作者链 F； PDB构建体 234–402； UniProt 53–221

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ffq
沉积日期 deposition_date	2024-05-23
结构标题 title	Cryo-EM structure of the alpha1beta3 GABA(A) receptor in complex with GABA and Mb25 in the short-lived asymmetric desensitised state of branch 1
关键词 keywords	GABA, neurotransmission, gating cycle, time-resolved cryo-EM, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9ffq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9ffq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9ffq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.51 Å
Rg（电子密度）	39.11 Å
总 Rg	39.40 Å
原子数	14914
残基数	1784
排除体积	268530 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9ffq__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
分子量 formula_weight	47059.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,A
原子数 atom_count	14941

MDEKTTGWRGGHVVEGLAGELEQLRARLEHHPQGQREPDYDIPTTENLYFQGTGQPSQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGERVTEVKTDIFVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHACPLKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQSSTGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKSQPARAAKIDRLSRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
分子量 formula_weight	45643.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,B,C

MDEKTTGWRGGHVVEGLAGELEQLRARLEHHPQGQREPDYDIPTTENLYFQGTGQSVNDPGNMSFVKETVDKLLKGYDIRLRPDFGGPPVCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSLSFRLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFSQPARAAAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYYVN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Megabody25,Outer membrane protein
分子量 formula_weight	56300.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

QVQLVESGGGLVQTKTTTSVIDTTNDAQNLLTQAQTIVNTLKDYCPILIAKSSSSNGGTNNANTPSWQTAGGGKNSCATFGAEFSAASDMINNAQKIVQETQQLSANQPKNITQPHNLNLNSPSSLTALAQKMLKNAQSQAEILKLANQVESDFNKLSSGHLKDYIGKCDASAISSANMTMQNQKNNWGNGCAGVEETQSLLKTSAADFNNQTPQINQAQNLANTLIQELGNNTYEQLSRLLTNDNGTNSKTSAQAINQAVNNLNERAKTLAGGTTNSPAYQATLLALRSVLGLWNSMGYAVICGGYTKSPGENNQKDFHYTDENGNGTTINCGGSTNSNGTHSYNGTNTLKADKNVSLSIEQYEKIHEAYQILSKALKQAGLAPLNSKGEKLEAHVTTSKYGSLRLSCAASGHTFNYPIMGWFRQAPGKEREFVGAISWSGGSTSYADSVKDRFTISRDNAKNTVYLEMNNLKPEDTAVYYCAAKGRYSGGLYYPTNYDYWGQGTQVTVSSHHHHHHEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID
分子量 formula_weight	103.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	64000

Cryo-EM structure of the alpha1beta3 GABA(A) receptor in complex with GABA and Mb25 in the short-lived asymmetric desensitised state of branch 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Megabody25,Outer membrane protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9ffq__assembly_1__model_1

9ffq__assembly_1__model_1 | I(q)

9ffq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of the alpha1beta3 GABA(A) receptor in complex with GABA and Mb25 in the short-lived asymmetric desensitised state of branch 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Megabody25,Outer membrane protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9ffq__assembly_1__model_1

9ffq__assembly_1__model_1 | I(q)

9ffq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)