SAXSdb — 9fl9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EKC/KEOPS complex subunit TPRKB

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	EKC/KEOPS complex subunit TP53RK × 1 （Q96S44） Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase × 1 （Q9NPF4） EKC/KEOPS complex subunit LAGE3 × 1 （Q14657） EKC/KEOPS complex subunit GON7 × 1 （Q9BXV9）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TPRKB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 15–188； UniProt 2–175

EKC/KEOPS complex subunit TP53RK

Homo sapiens

UniProt Q96S44

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	EKC/KEOPS complex subunit TPRKB × 1 （Q9Y3C4） Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase × 1 （Q9NPF4） EKC/KEOPS complex subunit LAGE3 × 1 （Q14657） EKC/KEOPS complex subunit GON7 × 1 （Q9BXV9）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRPK_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 15–266； UniProt 2–253

Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase

Homo sapiens

UniProt Q9NPF4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	EKC/KEOPS complex subunit TPRKB × 1 （Q9Y3C4） EKC/KEOPS complex subunit TP53RK × 1 （Q96S44） EKC/KEOPS complex subunit LAGE3 × 1 （Q14657） EKC/KEOPS complex subunit GON7 × 1 （Q9BXV9）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OSGEP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–335； UniProt 1–335

EKC/KEOPS complex subunit LAGE3

Homo sapiens

UniProt Q14657

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	EKC/KEOPS complex subunit TPRKB × 1 （Q9Y3C4） EKC/KEOPS complex subunit TP53RK × 1 （Q96S44） Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase × 1 （Q9NPF4） EKC/KEOPS complex subunit GON7 × 1 （Q9BXV9）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LAGE3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–143； UniProt 1–143

EKC/KEOPS complex subunit GON7

Homo sapiens

UniProt Q9BXV9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	EKC/KEOPS complex subunit TPRKB × 1 （Q9Y3C4） EKC/KEOPS complex subunit TP53RK × 1 （Q96S44） Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase × 1 （Q9NPF4） EKC/KEOPS complex subunit LAGE3 × 1 （Q14657）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GON7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–100； UniProt 1–100

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fl9
沉积日期 deposition_date	2024-06-04
结构标题 title	Cryo-EM structure of the human KEOPS complex
关键词 keywords	Complex t6A modification tRNA KEOPS Galloway-Mowat, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9fl9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9fl9__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9fl9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.19 Å
Rg（电子密度）	37.75 Å
总 Rg	37.84 Å
原子数	6769
残基数	872
排除体积	121090 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9fl9__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	EKC/KEOPS complex subunit TPRKB
分子量 formula_weight	21364.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6769

MHHHHHHENLYFQGQLTHQLDLFPECRVTLLLFKDVKNAGDLRRKAMEGTIDGSLINPTVIVDPFQILVAANKAVHLYKLGKMKTRTLSTEIIFNLSPNNNISEALKKFGISANDTSILIVYIEEGEKQINQEYLISQVEGHQVSLKNLPEIMNITEVKKIYKLSSQEESIGTLLDAIICRMSTKDVL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	EKC/KEOPS complex subunit TP53RK
分子量 formula_weight	29885.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.-.-,2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MHHHHHHENLYFQGAAARATTPADGEEPAPEAEALAAARERSSRFLSGLELVKQGAEARVFRGRFQGRAAVIKHRFPKGYRHPALEARLGRRRTVQEARALLRCRRAGISAPVVFFVDYASNCLYMEEIEGSVTVRDYIQSTMETEKTPQGLSNLAKTIGQVLARMHDEDLIHGDLTTSNMLLKPPLEQLNIVLIDFGLSFISALPEDKGVDLYVLEKAFLSTHPNTETVFEAFLKSYSTSSKKARPVLKKLDEVRLRGRKRSMVG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
分子量 formula_weight	36466.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.234
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MPAVLGFEGSANKIGVGVVRDGKVLANPRRTYVTPPGTGFLPGDTARHHRAVILDLLQEALTESGLTSQDIDCIAYTKGPGMGAPLVSVAVVARTVAQLWNKPLVGVNHCIGHIEMGRLITGATSPTVLYVSGGNTQVIAYSEHRYRIFGETIDIAVGNCLDRFARVLKISNDPSPGYNIEQMAKRGKKLVELPYTVKGMDVSFSGILSFIEDVAHRMLATGECTPEDLCFSLQETVFAMLVEITERAMAHCGSQEALIVGGVGCNVRLQEMMATMCQERGARLFATDERFCIDNGAMIAQAGWEMFRAGHRTPLSDSGVTQRYRTDEVEVTWRD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	EKC/KEOPS complex subunit LAGE3
分子量 formula_weight	14825.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MRDADADAGGGADGGDGRGGHSCRGGVDTAAAPAGGAPPAHAPGPGRDAASAARGSRMRPHIFTLSVPFPTPLEAEIAHGSLAPDAEPHQRVVGKDLTVSGRILVVRWKAEDCRLLRISVINFLDQLSLVVRTMQRFGPPVSR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	EKC/KEOPS complex subunit GON7
分子量 formula_weight	11697.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MELLGEYVGQEGKPQKLRVSCEAPGDGDPFQGLLSGVAQMKDMVTELFDPLVQGEVQHRVAAAPDEDLDGDDEDDAEDENNIDNRTNFDGPSAKRPKTPSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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分辨率 resolution	3.74 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	214527

Cryo-EM structure of the human KEOPS complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EKC/KEOPS complex subunit TPRKB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

EKC/KEOPS complex subunit TP53RK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

EKC/KEOPS complex subunit LAGE3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

EKC/KEOPS complex subunit GON7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9fl9__assembly_1__model_1

9fl9__assembly_1__model_1 | I(q)

9fl9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)