9fpi

Ni,Fe-CODH : Ti(III)-reduced pH 8.0 + CO

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 76.3 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fpi
沉积日期 deposition_date	2024-06-13
最后修订 last_revision	2025-07-30
结构标题 title	Ni,Fe-CODH : Ti(III)-reduced pH 8.0 + CO
关键词 keywords	C-CLUSTER, 4FE-4S, IRON, IRON-SULFUR, METAL-BINDING, NICKEL, NICKEL REDOX, OXIDOREDUCTASE, CARBON DIOXIDE, CARBON MONOXIDE, CODH; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.85 Å
零角强度 I(0) i0	78597000.00
分子量 molecular_weight	67710.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84110 Å³
包络体积 envelope_volume	97300 Å³
水化壳体积 shell_volume	32611 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.5 Å
壳层 Rg shell_rg	32.23 Å
包络 Rg envelope_rg	24.17 Å
形状 Rg shape_rg	23.85 Å
总 Rg total_rg	24.69 Å
总原子数 total_atoms	9454
残基数 n_residues	633
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.3 Å
Rg (实空间) rg_real	24.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.8600e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.2630e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	78600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9069
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.118
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.530
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8694000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.992

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Carbon monoxide dehydrogenase 2
分子量 formula_weight	67020.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.7.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X
原子数 atom_count	11320

MARQNLKSTDRAVQQMLDKAKREGIQTVWDRYEAMKPQCGFGETGLCCRHCLQGPCRINPFGDEPKVGICGATAEVIVARGLDRSIAAGAAGHSGHAKHLAHTLKKAVQGKAASYMIKDRTKLHSIAKRLGIPTEGQKDEDIALEVAKAALADFHEKDTPVLWVTTVLPPSRVKVLSAHGLIPAGIDHEIAEIMHRTSMGCDADAQNLLLGGLRCSLADLAGCYMGTDLADILFGTPAPVVTESNLGVLKADAVNVAVHGHNPVLSDIIVSVSKEMENEARAAGATGINVVGICCTGNEVLMRHGIPACTHSVSQEMAMITGALDAMILDYQCIQPSVATIAECTGTTVITTMEMSKITGATHVNFAEEAAVENAKQILRLAIDTFKRRKGKPVEIPNIKTKVVAGFSTEAIINALSKLNANDPLKPLIDNVVNGNIRGVCLFAGCNNVKVPQDQNFTTIARKLLKQNVLVVATGCGAGALMRHGFMDPANVDELCGDGLKAVLTAIGEANGLGGPLPPVLHMGSCVDNSRAVALVAALANRLGVDLDRLPVVASAAEAMHEKAVAIGTWAVTIGLPTHIGVLPPITGSLPVTQILTSSVKDITGGYFIVELDPETAADKLLAAINERRAGLGLPW

来源 Source

来源生物 organism	Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246194
宿主生物 host_organism	Escherichia coli B

Entity 2 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	CARBON MONOXIDE
分子量 formula_weight	28.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	CARBON DIOXIDE
分子量 formula_weight	44.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	862

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	112.200 Å
晶胞边长 b length_b	74.930 Å
晶胞边长 c length_c	71.040 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.39 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.010 Å
最低分辨率 resolution_low	35.220 Å
R 因子 r_factor	0.1275
R_work r_work	0.1273
R_free r_free	0.1422

fit	/app/data/saxs_computation/fp/9fpi/9fpi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fp/9fpi/9fpi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fp/9fpi/9fpi.dat