9fvo

The HIV protease inhibitor amprenavir binding to the active site of Cryphonectria parasitica endothiapepsin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 64.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9fvo

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9fvo
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9fvo
沉积日期 deposition_date2024-06-27
结构标题 titleThe HIV protease inhibitor amprenavir binding to the active site of Cryphonectria parasitica endothiapepsin
关键词 keywords;aspartic protease, drug development, inhibitor, X-ray crystallographic screening, chestnut blight fungus, protease model., HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.70
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.59
零角强度 I(0) i020976600.00
分子量 molecular_weight35482.0 kDa
排除体积 excluded_volume44552 ų
包络体积 envelope_volume50737 ų
水化壳体积 shell_volume21483 ų
包络直径 envelope_diameter66.9
壳层 Rg shell_rg26.17
包络 Rg envelope_rg19.83
形状 Rg shape_rg19.53
总 Rg total_rg20.66
总原子数 total_atoms4844
残基数 n_residues330
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax64.5
Rg (实空间) rg_real20.61
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39
I(0) (实空间) i0_real2.0980e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6670e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.62
I(0) (倒空间) i0_reciprocal20980000.0000
解质量估计 total_estimate0.8221
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.2
偏度 Skewness skewness0.229
峰度 Kurtosis kurtosis-0.397
角度范围 angular_range— – 0.3850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4754000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (7)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)