9fxy

Crystal Structure of Autotaxin (ENPP2) with Type IV Inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fxy
沉积日期 deposition_date	2024-07-02
结构标题 title	Crystal Structure of Autotaxin (ENPP2) with Type IV Inhibitor
关键词 keywords	;Type VI, Inhibitor, Complex, Ectonucleotide Pyrophosphatase/Phosphodiesterase 2, lysophospholipase D (lysoPLD), lysophosphatidic acid (LPA), HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.50 Å
零角强度 I(0) i0	159205000.00
分子量 molecular_weight	95010.0 kDa
排除体积 excluded_volume	115980 Å³
包络体积 envelope_volume	138630 Å³
水化壳体积 shell_volume	39097 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.1 Å
壳层 Rg shell_rg	36.67 Å
包络 Rg envelope_rg	29.82 Å
形状 Rg shape_rg	29.37 Å
总 Rg total_rg	30.45 Å
总原子数 total_atoms	12775
残基数 n_residues	785
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.5 Å
Rg (实空间) rg_real	30.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	159200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8657
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.465
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.150
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24130000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.792; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.901

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Isoform 2 of Autotaxin
分子量 formula_weight	92875.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.4.39,3.1.4.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	13165

GSCKGRCFELQEVGPPDCRCDNLCKSYSSCCHDFDELCLKTARGWECTKDRCGEVRNEENACHCSEDCLSRGDCCTNYQVVCKGESHWVDDDCEEIKVPECPAGFVRPPLIIFSVDGFRASYMKKGSKVMPNIEKLRSCGTHAPYMRPVYPTKTFPNLYTLATGLYPESHGIVGNSMYDPVFDASFHLRGREKFNHRWWGGQPLWITATKQGVRAGTFFWSVSIPHERRILTILQWLSLPDNERPSVYAFYSEQPDFSGHKYGPFGPEMTNPLREIDKTVGQLMDGLKQLRLHRCVNVIFVGDHGMEDVTCDRTEFLSNYLTNVDDITLVPGTLGRIRAKSINNSKYDPKTIIAALTCKKPDQHFKPYMKQHLPKRLHYANNRRIEDIHLLVDRRWHVARKPLDVYKKPSGKCFFQGDHGFDNKVNSMQTVFVGYGPTFKYRTKVPPFENIELYNVMCDLLGLKPAPNNGTHGSLNHLLRTNTFRPTMPDEVSRPNYPGIMYLQSEFDLGCTCDDKVEPKNKLEELNKRLHTKGSTKERHLLYGRPAVLYRTSYDILYHTDFESGYSEIFLMPLWTSYTISKQAEVSSIPEHLTNCVRPDVRVSPGFSQNCLAYKNDKQMSYGFLFPPYLSSSPEAKYDAFLVTNMVPMYPAFKRVWAYFQRVLVKKYASERNGVNVISGPIFDYNYDGLRDTEDEIKQYVEGSSIPVPTHYYSIITSCLDFTQPADKCDGPLSVSSFILPHRPDNDESCNSSEDESKWVEELMKMHTARVRDIEHLTGLDFYRKTSRSYSEILTLKTYLHTYESEI

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	THIOCYANATE ION
分子量 formula_weight	58.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	40

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 7 non-polymer

描述 description	;3-(3-((4-(4-fluorophenyl)thiazol-2-yl)(methyl)amino)-6-(1-(methylsulfonyl)piperidin-4-yl)imidazo[1,2-b]pyridazin-2-yl)propanenitrile ;
分子量 formula_weight	539.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 9 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	368

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.603 Å
晶胞边长 b length_b	62.885 Å
晶胞边长 c length_c	64.594 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	105.72 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	93.61 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	43.190 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1709
R_free r_free	0.2175

fit	/app/data/saxs_computation/fx/9fxy/9fxy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fx/9fxy/9fxy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fx/9fxy/9fxy.dat