9g14

Human LTC4 synthase in complex with compound 2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 83.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9g14
沉积日期 deposition_date	2024-07-09
结构标题 title	Human LTC4 synthase in complex with compound 2
关键词 keywords	LTC4S, inhibitor, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.63 Å
零角强度 I(0) i0	10621700.00
分子量 molecular_weight	18300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	18856 Å³
包络体积 envelope_volume	33045 Å³
水化壳体积 shell_volume	14912 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.4 Å
壳层 Rg shell_rg	25.08 Å
包络 Rg envelope_rg	21.96 Å
形状 Rg shape_rg	20.65 Å
总 Rg total_rg	21.21 Å
总原子数 total_atoms	1410
残基数 n_residues	146
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.7 Å
Rg (实空间) rg_real	21.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5170e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10620000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6960
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.765
峰度 Kurtosis kurtosis	0.221
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2720000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.317; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.125; Smooth: 0.967

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Leukotriene C4 synthase
分子量 formula_weight	17468.6 kDa
EC 编号 ec_number	4.4.1.20,2.5.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1447

MHHHHHHGKDEVALLAAVTLLGVLLQAYFSLQVISARRAFRVSPPLTTGPPEFERVYRAQVNCSEYFPLFLATLWVAGIFFHEGAAALCGLVYLFARLRYFQGYARSAQLRLAPLYASARALWLLVALAALGLLAHFLPAALRAALLGRLRTLLPWA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Pichia

Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLUTATHIONE
分子量 formula_weight	307.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 6 non-polymer

描述 description	PALMITOLEIC ACID
分子量 formula_weight	254.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 7 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	1-(phenylmethyl)-9-quinoxalin-2-yl-1,9-diazaspiro[5.5]undecan-2-one
分子量 formula_weight	386.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	37

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	178.557 Å
晶胞边长 b length_b	178.557 Å
晶胞边长 c length_c	178.557 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	F 2 3
空间群编号 int_tables_number	196
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.240 Å
最低分辨率 resolution_low	28.230 Å
R 因子 r_factor	0.2173
R_work r_work	0.2158
R_free r_free	0.2453

fit	/app/data/saxs_computation/g1/9g14/9g14.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g1/9g14/9g14.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g1/9g14/9g14.dat