9g35

The HIV protease inhibitor lopinavir binding to the active site of Cryphonectria parasitica endothiapepsin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 64.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9g35
沉积日期 deposition_date	2024-07-11
结构标题 title	The HIV protease inhibitor lopinavir binding to the active site of Cryphonectria parasitica endothiapepsin
关键词 keywords	aspartic protease, drug development, inhibitor, X-ray crystallographic screening, chestnut blight fungus, protease model, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.38 Å
零角强度 I(0) i0	20310100.00
分子量 molecular_weight	35079.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44092 Å³
包络体积 envelope_volume	49062 Å³
水化壳体积 shell_volume	21052 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.2 Å
壳层 Rg shell_rg	25.89 Å
包络 Rg envelope_rg	19.62 Å
形状 Rg shape_rg	19.31 Å
总 Rg total_rg	20.44 Å
总原子数 total_atoms	2479
残基数 n_residues	330
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.7 Å
Rg (实空间) rg_real	20.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0310e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0570e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20310000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8198
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.231
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.393
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4368000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Endothiapepsin
分子量 formula_weight	33813.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.23.22
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2911

STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

Entity 2 non-polymer

描述 description	;N-{1-BENZYL-4-[2-(2,6-DIMETHYL-PHENOXY)-ACETYLAMINO]-3-HYDROXY-5-PHENYL-PENTYL}-3-METHYL-2-(2-OXO-TETRAHYDRO-PYRIMIDIN-1-YL)-BUTYRAMIDE ;
分子量 formula_weight	628.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	387

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.539 Å
晶胞边长 b length_b	73.519 Å
晶胞边长 c length_c	53.410 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.14 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	42.750 Å
R 因子 r_factor	0.1499
R_work r_work	0.1497
R_free r_free	0.1588

fit	/app/data/saxs_computation/g3/9g35/9g35.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g3/9g35/9g35.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g3/9g35/9g35.dat

The HIV protease inhibitor lopinavir binding to the active site of Cryphonectria parasitica endothiapepsin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction