9g3r

LecA from Pseudomonas aeruginosa in complex with a synthetic thiogalactoside

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 113.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9g3r
沉积日期 deposition_date	2024-07-12
结构标题 title	LecA from Pseudomonas aeruginosa in complex with a synthetic thiogalactoside
关键词 keywords	lectin, cell adhesion, LecA, PA-IL, galactose-binding, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.29 Å
零角强度 I(0) i0	176763000.00
分子量 molecular_weight	104150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	129140 Å³
包络体积 envelope_volume	169030 Å³
水化壳体积 shell_volume	42496 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.0 Å
壳层 Rg shell_rg	39.71 Å
包络 Rg envelope_rg	33.44 Å
形状 Rg shape_rg	34.28 Å
总 Rg total_rg	34.71 Å
总原子数 total_atoms	7322
残基数 n_residues	967
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	113.8 Å
Rg (实空间) rg_real	35.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8620e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	176800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8821
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.359
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.413
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10580000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.856

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	PA-I galactophilic lectin
分子量 formula_weight	12770.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	7758

AWKGEVLANNEAGQVTSIIYNPGDVITIVAAGWASYGPTQKWGPQGDREHPDQGLICHDAFCGALVMKIGNSGTIPVNTGLFRWVAPNNVQGAITLIYNDVPGTYGNNSGSFSVNIGKDQS

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 branched

描述 description	1-thio-beta-D-galactopyranose-(1-1)-alpha-L-fucopyranose
分子量 formula_weight	342.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	1-thio-beta-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	196.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	353

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	50.900 Å
晶胞边长 b length_b	99.823 Å
晶胞边长 c length_c	86.838 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	45.386 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2269

fit	/app/data/saxs_computation/g3/9g3r/9g3r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g3/9g3r/9g3r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g3/9g3r/9g3r.dat