9g8c

;Crystal structure of the photosensory core module (PCM) of a cyano-phenylalanine mutant oCNF165 of the bathy phytochrome Agp2 from Agrobacterium fabrum in the Pfr state. ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 104.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9g8c
沉积日期 deposition_date	2024-07-23
结构标题 title	;Crystal structure of the photosensory core module (PCM) of a cyano-phenylalanine mutant oCNF165 of the bathy phytochrome Agp2 from Agrobacterium fabrum in the Pfr state. ;
关键词 keywords	fluorescent protein, phytochrome, bacteriophytochrome, Pfr-state, ortho-cyano-phenylalanine, Stark labels, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.70 Å
零角强度 I(0) i0	183892000.00
分子量 molecular_weight	108860.0 kDa
排除体积 excluded_volume	136180 Å³
包络体积 envelope_volume	179670 Å³
水化壳体积 shell_volume	42848 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.4 Å
壳层 Rg shell_rg	41.80 Å
包络 Rg envelope_rg	33.86 Å
形状 Rg shape_rg	34.72 Å
总 Rg total_rg	35.15 Å
总原子数 total_atoms	7661
残基数 n_residues	951
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.9 Å
Rg (实空间) rg_real	35.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8390e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8770e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	183900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8420
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	50.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.011
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.808
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26950000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.981; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	histidine kinase
分子量 formula_weight	56603.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.13.3
突变 mutation	Y165oCNF
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8767

MASTDYHVDLTNCDREPIHIPGYIQPHGCLIACDNAMRMVLRHSENCGELLGLEGDLNGRTAEDVLGKKLVHDLRNALTVTGRTTRPAMLPAMETSDGRSFDISLHRYKSTTIIEFEPSGSDAQPLGTARKMVDRIREADSVESLISRTTRLVKATLGYDRVMIXRFQEDGAGKVVSEAKQPELESFLGQYFPASDIPQQARALYLKNTLRIISDASGTRIPVLPAVDVSGEPLDLSYAHLRSVSPIHCEYLRNMGVAASMSISVIVDGALWGLIACHHYSPRVLSMPVRIAAEMFGEFFSMHLQVLKQKRRLDTINHAHAALDRFLRLAAHHANIEELLVDSFQDFADLMPCDGVGLWVGNNWHGHGATPPHDAIPRLARFVASASEGRVWATHALSQAIPEAEIYAGTAAGMLAIPLSQVKSDYLLFFRKEIVQNLNWAGNPEKSYETGPMGDRLTPRKSFAIWKETVRLQAQPWSEADREIAEAARIALVEVAFHHSEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Agrobacterium fabrum str. C58
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	176299
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	histidine kinase
分子量 formula_weight	56590.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.13.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

来源 Source

来源生物 organism	Agrobacterium fabrum str. C58
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	176299
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	HEXAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	;3-[(2Z)-2-({3-(2-carboxyethyl)-5-[(E)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxo-1,5-dihydro-2H-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl}methylidene)-5-{(Z)-[(3E,4S)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxopyrrolidin-2-ylidene]methyl}-4-methyl-2H-pyrrol-3-yl]propanoic acid ;
分子量 formula_weight	584.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	958

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.723 Å
晶胞边长 b length_b	93.764 Å
晶胞边长 c length_c	174.565 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	45.950 Å
R 因子 r_factor	0.1871
R_work r_work	0.1852
R_free r_free	0.2229

fit	/app/data/saxs_computation/g8/9g8c/9g8c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g8/9g8c/9g8c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g8/9g8c/9g8c.dat

;Crystal structure of the photosensory core module (PCM) of a cyano-phenylalanine mutant oCNF165 of the bathy phytochrome Agp2 from Agrobacterium fabrum in the Pfr state. ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)