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9g9w

Structure of the human two pore domain potassium ion channel TASK-3 (K2P9.1) G236R mutant

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 87.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Potassium channel subfamily K member 9

Homo sapiens

UniProt Q9NPC2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–265 链 B； UniProt 1–265 突变：G236R Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 6 K POTASSIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 200 mM KCl, 0.12% w/v DM, 0.012% w/v CHS cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Grid blotted for 4.5 seconds 分辨率 2.48 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9G9W Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3P1N Crystal structure of human 14-3-3 sigma in complex with TASK-3 peptide 提交 2010-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 369–374（6 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；0.095M HEPES Na-Salt, 25.6% PEG 400, 0.19M CaCl2, 5% Glycerol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.40 Å R-free 0.174
3P1O Crystal structure of human 14-3-3 sigma in complex with TASK-3 peptide and stabilisator Fusicoccin A 提交 2010-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 369–374（6 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FSC FUSICOCCIN × 2 CL CHLORIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；0.095M HEPES Na-Salt, 25.6% PEG 400, 0.19M CaCl2, 5% Glycerol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.90 Å R-free 0.234
3P1P Crystal structure of human 14-3-3 sigma C38N/N166H in complex with TASK-3 peptide 提交 2010-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 369–374（6 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277.15 K；0.095M HEPES Na-Salt, 25.6% PEG 400, 0.19M CaCl2, 5% Glycerol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.95 Å R-free 0.227
3P1Q Crystal structure of human 14-3-3 sigma C38N/N166H in complex with TASK-3 Peptide and stabilizer fusicoccin A 提交 2010-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 369–374（6 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FSC FUSICOCCIN × 2 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277.15 K；0.095M HEPES Na-Salt, 25.6% PEG 400, 0.19M CaCl2, 5% Glycerol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.70 Å R-free 0.217
3P1R Crystal structure of human 14-3-3 sigma C38V/N166H in complex with TASK-3 peptide 提交 2010-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 369–374（6 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 8 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；0.095M HEPES Na-Salt, 25.6% PEG 400, 0.19M CaCl2, 5% Glycerol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.194
3P1S Crystal structure of human 14-3-3 sigma C38N/N166H in complex with TASK-3 peptide and stabilizer fusicoccin A 提交 2010-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 369–374（6 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FSC FUSICOCCIN × 2 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277.15 K；0.095M HEPES Na-Salt, 25.6% PEG 400, 0.19M CaCl2, 5% Glycerol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.65 Å R-free 0.201
3UX0 Crystal structure of human 14-3-3 sigma in complex with TASK-3 peptide and stabilizer Fusicoccin H 提交 2011-12-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 369–374（6 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 0DV (4R,5R,6R,6aS,9S,9aE,10aR)-5-hydroxy-9-(hydroxymethyl)-6,10a-dimethyl-3-(propan-2-yl)-1,2,4,5,6,6a,7,8,9,10a-decahydrod icyclopenta[a,d][8]annulen-4-yl alpha-D-gulopyranoside × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.095M HEPES Na, 0.19M calcium chloride, 5% glycerol, 26.6% PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.75 Å R-free 0.192
6GHP 14-3-3sigma in complex with a TASK3 peptide stabilized by semi-synthetic natural product FC-NAc 提交 2018-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 368–374（7 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EZ5 ~{N}-[(2~{S})-2-[(1~{E},3~{R},4~{S},8~{R},9~{R},10~{R},11~{S},14~{S})-14-(methoxymethyl)-3,10-dimethyl-8-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(2-methylbut-3-en-2-yloxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-4,9-bis(oxidanyl)-6-tricyclo[9.3.0.0^{3,7}]tetradeca-1,6-dienyl]propyl]ethanamide × 2 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；278 K；0.095 M HEPES, pH 7.1, 26% v/v PEG400, 0.19 M CaCl2, 5% v/v glycerol
分辨率 1.95 Å R-free 0.231
8K1J Human TWIK-related acid-sensitive potassium channel TASK3 at pH 7.4,200 mM KCl 提交 2023-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
未记录 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 6 K POTASSIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.00 Å
8K1Q Human TWIK-related acid-sensitive potassium channel TASK3 at pH 6.0, 5 mM KCl and 135 mM NaCl 提交 2023-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
未记录 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 6 K POTASSIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.68 Å
8K1V Human TWIK-related acid-sensitive potassium channel TASK3 at pH 7.4, 5 mM KCl and 135 mM NaCl 提交 2023-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
未记录 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 6 K POTASSIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.48 Å
8K1Z Human TWIK-related acid-sensitive potassium channel TASK3 at pH 6.0, 200 mM KCl 提交 2023-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
未记录 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 6 K POTASSIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.41 Å
9G9V Structure of the human two pore domain potassium ion channel TASK-3 (K2P9.1) 提交 2024-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
未记录 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 K POTASSIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 200 mM KCl, 0.12% w/v DM, 0.012% w/v CHS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grid blotted for 3 seconds
分辨率 3.32 Å

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCNK9_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 B； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9g9w

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9g9w
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9g9w
沉积日期 deposition_date2024-07-25
结构标题 titleStructure of the human two pore domain potassium ion channel TASK-3 (K2P9.1) G236R mutant
关键词 keywordsK2P, membrane protein, potassium channel, ion channel; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.43 Å
零角强度 I(0) i044152400.00
分子量 molecular_weight58054.0 kDa
排除体积 excluded_volume75195 ų
包络体积 envelope_volume89367 ų
水化壳体积 shell_volume30519 ų
包络直径 envelope_diameter89.1 Å
壳层 Rg shell_rg31.90 Å
包络 Rg envelope_rg24.81 Å
形状 Rg shape_rg24.41 Å
总 Rg total_rg25.40 Å
总原子数 total_atoms4089
残基数 n_residues516
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax87.6 Å
Rg (实空间) rg_real25.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real4.4150e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.4030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal44150000.0000
解质量估计 total_estimate0.8529
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary86.1 Å
偏度 Skewness skewness0.416
峰度 Kurtosis kurtosis-0.022
角度范围 angular_range— – 0.3050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4918000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.719; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.928
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)