9gbl

Human Angiotensin-1 converting enzyme C-domain in complex with a diprolyl inhibitor- SG18

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 82.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gbl
沉积日期 deposition_date	2024-07-31
结构标题 title	Human Angiotensin-1 converting enzyme C-domain in complex with a diprolyl inhibitor- SG18
关键词 keywords	Inhibitor, complex, protease, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.71 Å
零角强度 I(0) i0	139841000.00
分子量 molecular_weight	62986.0 kDa
排除体积 excluded_volume	61145 Å³
包络体积 envelope_volume	99810 Å³
水化壳体积 shell_volume	33574 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.8 Å
壳层 Rg shell_rg	32.36 Å
包络 Rg envelope_rg	24.00 Å
形状 Rg shape_rg	23.70 Å
总 Rg total_rg	24.41 Å
总原子数 total_atoms	4769
残基数 n_residues	575
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.2 Å
Rg (实空间) rg_real	24.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	139800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8726
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	31.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.214
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.307
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30460000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.781; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.996

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Angiotensin-converting enzyme
分子量 formula_weight	68861.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.-,3.4.15.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4939

LVTDEAEASKFVEEYDRTSQVVWNEYAGANWNYNTNITTETSKILLQKNMQIAQHTLKYGTQARKFDVNQLQNTTIKRIIKKVQDLERAALPAQELEEYNKILLDMETTYSVATVCHPQGSCLQLEPDLTNVMATSRKYEDLLWAWEGWRDKAGRAILQFYPKYVELINQAARLNGYVDAGDSWRSMYETPSLEQDLERLFQELQPLYLNLHAYVRRALHRHYGAQHINLEGPIPAHLLGNMWAQTWSNIYDLVVPFPSAPSMDTTEAMLKQGWTPRRMFKEADDFFTSLGLLPVPPEFWQKSMLEKPTDGREVVCHASAWDFYNGKDFRIKQCTTVNLEDLVVAHHEMGHIQYFMQYKDLPVALREGANPGFHEAIGDVLALSVSTPKHLHSLNLLSSEGGSDEHDINFLMKMALDKIAFIPFSYLVDQWRWRVFDGSITKENYNQEWWSLRLKYQGLCPPVPRTQGDFDPGAKFHIPSSVPYIRYFVSFIIQFQFHEALCQAAGHTGPLHKCDIYQSKEAGQRLATAMKLGFSRPWPEAMQLITGQPQMSASAMLSYFKPLLDWLRTENELHGEKLGWPQYNWTPNSARSEGPLP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	;(2S)-1-[(2S)-2-[[(1S)-1-[(2S)-1-(4-carboxyphenyl)carbonylpyrrolidin-2-yl]-2-oxidanyl-2-oxidanylidene-ethyl]amino]propanoyl]pyrrolidine-2-carboxylic acid ;
分子量 formula_weight	461.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	158

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	56.821 Å
晶胞边长 b length_b	85.683 Å
晶胞边长 c length_c	135.120 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	72.466 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1784
R_free r_free	0.2487

fit	/app/data/saxs_computation/gb/9gbl/9gbl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gb/9gbl/9gbl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gb/9gbl/9gbl.dat