9gbr

Human Angiotensin-1 converting enzyme N-domain in complex with a diprolyl inhibitor- SG17

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 111.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gbr
沉积日期 deposition_date	2024-07-31
结构标题 title	Human Angiotensin-1 converting enzyme N-domain in complex with a diprolyl inhibitor- SG17
关键词 keywords	Inhibitor, complex, protease, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.21 Å
零角强度 I(0) i0	594427000.00
分子量 molecular_weight	133160.0 kDa
排除体积 excluded_volume	129380 Å³
包络体积 envelope_volume	220030 Å³
水化壳体积 shell_volume	51785 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.6 Å
壳层 Rg shell_rg	42.20 Å
包络 Rg envelope_rg	34.11 Å
形状 Rg shape_rg	34.15 Å
总 Rg total_rg	34.69 Å
总原子数 total_atoms	10103
残基数 n_residues	1206
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.6 Å
Rg (实空间) rg_real	34.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	594500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8279
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.223
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.638
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	127700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.920; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

描述 description	Angiotensin-converting enzyme, soluble form
分子量 formula_weight	72493.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10778

LDPGLQPGQFSADEAGAQLFAQSYQSSAEQVLFQSVAASWAHDTNITAENARRQEEAALLSQEFAEAWGQKAKELYEPIWQQFTDPQLRRIIGAVRTLGSANLPLAKRQQYNALLSQMSRIYSTAKVCLPQKTATCWSLDPDLTNILASSRSYAMLLFAWEGWHNAAGIPLKPLYEDFTALSNEAYKQDGFTDTGAYWRSWYNSPTFEDDLEHLYQQLEPLYLNLHAFVRRALHRRYGDRYINLRGPIPAHLLGDMWAQSWENIYDMVVPFPDKPNLDVTSTMLQQGWQATHMFRVAEEFFTSLELSPMPPEFWEGSMLEKPADGREVVCHASAWDFYNRKDFRIKQCTRVTMDQLSTVHHEMGHIQYYLQYKDLPVSLRRGANPGFHEAIGDVLALSVSTPEHLHKIGLLDRVTNDTESDINYLLKMALEKIAFLPFGYLVDQWRWGVFSGRTPPSRYNFDWWYLRTKYQGICPPVTRNETHFDAGAKFHVPNVTPYIRYFVSFVLQFQFHEALCKEAGYEGPLHQCDIYRSTKAGAKLRKVLRAGSSRPWQEVLKDMVGLDALDAQPLLKYFQLVTQWLQEQNQQNGEVLGWPEYQWHPPLPDNYPEGIDLVTDEAEASKFVEEYD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	367.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	;(2S)-1-[(2S)-2-[[(1S)-1-[(2S)-1-[(2S)-2-azanyl-5-oxidanyl-5-oxidanylidene-pentanoyl]pyrrolidin-2-yl]-2-oxidanyl-2-oxidanylidene-ethyl]amino]propanoyl]pyrrolidine-2-carboxylic acid ;
分子量 formula_weight	442.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 non-polymer

描述 description	3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL
分子量 formula_weight	326.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	591

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.053 Å
晶胞边长 b length_b	77.377 Å
晶胞边长 c length_c	82.914 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	88.38 °
晶胞夹角 β angle_beta	64.31 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	74.92 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	74.365 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1875
R_free r_free	0.2253

fit	/app/data/saxs_computation/gb/9gbr/9gbr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gb/9gbr/9gbr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gb/9gbr/9gbr.dat