SAXSdb — 9gcn

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-cobratoxin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 Z； UniProt 1–71	未记录	Protein. Variable Domain of Heavy-Chain only Antibodies (VHH) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；1.5 mM Tris and 6.5 mM NaCl, 17% (w/v) PEG1500. 20% (v/v) glycerol as cryopreservative.	分辨率 3.00 Å R-free 0.292
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 Y； UniProt 1–71	未记录	Protein. Variable Domain of Heavy-Chain only Antibodies (VHH) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；1.5 mM Tris and 6.5 mM NaCl, 17% (w/v) PEG1500. 20% (v/v) glycerol as cryopreservative.	分辨率 3.00 Å R-free 0.292
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 V； UniProt 1–71	未记录	Protein. Variable Domain of Heavy-Chain only Antibodies (VHH) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；1.5 mM Tris and 6.5 mM NaCl, 17% (w/v) PEG1500. 20% (v/v) glycerol as cryopreservative.	分辨率 3.00 Å R-free 0.292
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 X； UniProt 1–71	未记录	Protein. Variable Domain of Heavy-Chain only Antibodies (VHH) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；1.5 mM Tris and 6.5 mM NaCl, 17% (w/v) PEG1500. 20% (v/v) glycerol as cryopreservative.	分辨率 3.00 Å R-free 0.292

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9GCN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CTX THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE-LONG-NEUROTOXIN FROM COBRA VENOM 提交 1982-04-08	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–71（71 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1LXG Solution structure of alpha-cobratoxin complexed with a cognate peptide (structure ensemble) 提交 2002-06-05	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–71（71 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4；308 K；压力 AMBIENT NMR样品组成 1.6 mM alpha-cobratoxin/alpha18-mer complex, alpha18-mer is U-15N, 50 mM perdeuterated potassium acetate buffer (pH 4.0) with 5% D2O and 0.05% sodium azide \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
1LXH Solution structure of alpha-cobratoxin complexed with a cognate peptide (minimized average structure) 提交 2002-06-05	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–71（71 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4；308 K；离子强度（mmCIF原始值）NULL；压力 AMBIENT NMR样品组成 1.6 mM alpha-cobratoxin/alpha18-mer complex, alpha18-mer is U-15N, 50 mM perdeuterated potassium acetate buffer (pH 4.0) with 5% D2O and 0.05% sodium azide \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
1YI5 Crystal structure of the a-cobratoxin-AChBP complex 提交 2005-01-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 F 1–71（71 aa）链 G 1–71（71 aa）链 H 1–71（71 aa）链 I 1–71（71 aa）链 J 1–71（71 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.9M NA-CITRATE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 4.20 Å R-free 0.378
4AEA Dimeric alpha-cobratoxin X-ray structure: Localization of intermolecular disulfides and possible mode of binding to nicotinic acetylcholine receptors 提交 2012-01-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–71（71 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 2；60% (V/V) 2-METHYL-2,4- PENTANEDIOL, 0.1 M GLYCINE-HCL PH 2	分辨率 1.94 Å R-free 0.251
4AEA Dimeric alpha-cobratoxin X-ray structure: Localization of intermolecular disulfides and possible mode of binding to nicotinic acetylcholine receptors 提交 2012-01-09	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–71（71 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 2；60% (V/V) 2-METHYL-2,4- PENTANEDIOL, 0.1 M GLYCINE-HCL PH 2	分辨率 1.94 Å R-free 0.251
6ZFM Structure of alpha-Cobratoxin with a peptide inhibitor 提交 2020-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–71（71 aa）链 B 1–71（71 aa）链 D 1–71（71 aa）链 E 1–71（71 aa）	未记录	QJE 3-[2-[2-[2-[2-[2-(2-azanylethoxy)ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]propan-1-ol × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Carboxylic acids (sodium formate / ammonium acetate / sodium citrate / sodium potassium tartrate / sodium oxamate), 0.1 M HEPES / MOPS pH7.5, 30.0 % v/v PEG 500 MME / PEG 20000	分辨率 1.90 Å R-free 0.230
7PC0 GABA-A receptor bound by a-Cobratoxin 提交 2021-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 K 1–71（71 aa）链 L 1–71（71 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 HSM HISTAMINE × 1 ZN ZINC ION × 1 HEX HEXANE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7ULG recombinant alpha cobra toxin 提交 2022-04-04	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–71（71 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；291.15 K；110 mg/ml in 200 mM NH4Ac (pH 7.0/25 DC), 1:1 with 0.1 M HEPES (pH 7.9), 30% Jeffamine M-600 (pH 7.0), 18 DC	分辨率 1.57 Å R-free 0.181
7ULG recombinant alpha cobra toxin 提交 2022-04-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–71（71 aa）	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；291.15 K；110 mg/ml in 200 mM NH4Ac (pH 7.0/25 DC), 1:1 with 0.1 M HEPES (pH 7.9), 30% Jeffamine M-600 (pH 7.0), 18 DC	分辨率 1.57 Å R-free 0.181
7ULG recombinant alpha cobra toxin 提交 2022-04-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–71（71 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；291.15 K；110 mg/ml in 200 mM NH4Ac (pH 7.0/25 DC), 1:1 with 0.1 M HEPES (pH 7.9), 30% Jeffamine M-600 (pH 7.0), 18 DC	分辨率 1.57 Å R-free 0.181
7ULG recombinant alpha cobra toxin 提交 2022-04-04	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–71（71 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；291.15 K；110 mg/ml in 200 mM NH4Ac (pH 7.0/25 DC), 1:1 with 0.1 M HEPES (pH 7.9), 30% Jeffamine M-600 (pH 7.0), 18 DC	分辨率 1.57 Å R-free 0.181
9BK5 Structure of LNG binder complex 提交 2024-04-26	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–71（71 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.5 M Ammonium Sulfate and 25% (v/v) glycerol	分辨率 2.68 Å R-free 0.268
9FYT mAbs in complex with cobratoxin at pH 4.5 提交 2024-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–71（71 aa）链 B 1–71（71 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 5 SO4 SULFATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M Ammonium Sulfate, 25% PEG 3350	分辨率 1.55 Å R-free 0.237
9HUO A01 mAbs bound to cobratoxin at pH 5.5 提交 2024-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–71（71 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH5.5, 0.25 M AmS	分辨率 1.60 Å R-free 0.225
9HUO A01 mAbs bound to cobratoxin at pH 5.5 提交 2024-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–71（71 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 NA SODIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH5.5, 0.25 M AmS	分辨率 1.60 Å R-free 0.225
9HXO A01 mAbs bound to cobratoxin at pH 6.0 提交 2025-01-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–71（71 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 6.0, 0.3 M Ammonium Sulphate	分辨率 1.49 Å R-free 0.248
9HXO A01 mAbs bound to cobratoxin at pH 6.0 提交 2025-01-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–71（71 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 6.0, 0.3 M Ammonium Sulphate	分辨率 1.49 Å R-free 0.248

共 12 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	3L21_NAJKA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 V； PDB构建体 1–71； UniProt 1–71 作者链 X； PDB构建体 1–71； UniProt 1–71 作者链 Y； PDB构建体 1–71； UniProt 1–71 作者链 Z； PDB构建体 1–71； UniProt 1–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gcn
沉积日期 deposition_date	2024-08-02
结构标题 title	Co-crystal VHH (TPL1158_01_C09) - alpha-cobratoxin (Naja kaouthia)
关键词 keywords	nanobody, VHH, atibody, antitoxin, toxin, snake toxin, antivenom, neutralising, neutralizing; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.78 Å
零角强度 I(0) i0	124270000.00
分子量 molecular_weight	82790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	101520 Å³
包络体积 envelope_volume	142110 Å³
水化壳体积 shell_volume	40468 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.5 Å
壳层 Rg shell_rg	36.42 Å
包络 Rg envelope_rg	29.07 Å
形状 Rg shape_rg	29.74 Å
总 Rg total_rg	30.50 Å
总原子数 total_atoms	11296
残基数 n_residues	712
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.0 Å
Rg (实空间) rg_real	30.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2430e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0740e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	124300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8562
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.347
峰度 Kurtosis kurtosis	0.045
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8247000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.753; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.867

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein. Variable Domain of Heavy-Chain only Antibodies (VHH)
分子量 formula_weight	13637.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,A,B,C
原子数 atom_count	11297

QVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGDIGGLKQMGWYRQAPGHQRELVAVKRNENEANYTESVKGRFTISRDNARKMVYLQMNSLKPEDTAVYYCNAVVGNWYTSGYYEDTYWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Alpha-cobratoxin
分子量 formula_weight	7842.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,V,X,Z

IRCFITPDITSKDCPNGHVCYTKTWCDAFCSIRGKRVDLGCAATCPTVKTGVDIQCCSTDNCNPFPTRKRP

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	65.370 Å
晶胞边长 b length_b	86.010 Å
晶胞边长 c length_c	75.920 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.88 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	37.820 Å
R 因子 r_factor	0.2435
R_work r_work	0.2382
R_free r_free	0.2918

fit	/app/data/saxs_computation/gc/9gcn/9gcn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gc/9gcn/9gcn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gc/9gcn/9gcn.dat

Co-crystal VHH (TPL1158_01_C09) - alpha-cobratoxin (Naja kaouthia)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-cobratoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)