SAXSdb — 9gco

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thioredoxin

Xenorhabdus bovienii SS-2004

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Toxin TreX × 1 （D3UXR3） Immunity Protein TriX × 1 （D3UXR2） CALCIUM ION × 4 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Toxin TreX × 1 （D3UXR3） Immunity Protein TriX × 1 （D3UXR2） CALCIUM ION × 3 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D3V6L5_XENBS
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–115； UniProt 2–113 作者链 D； PDB构建体 4–115； UniProt 2–113

Toxin TreX

Xenorhabdus bovienii SS-2004

UniProt D3UXR3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Thioredoxin × 1 （D3V6L5） Immunity Protein TriX × 1 （D3UXR2） CALCIUM ION × 4 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Thioredoxin × 1 （D3V6L5） Immunity Protein TriX × 1 （D3UXR2） CALCIUM ION × 3 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D3UXR3_XENBS
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–140； UniProt 1380–1518 作者链 E； PDB构建体 2–140； UniProt 1380–1518

Immunity Protein TriX

Xenorhabdus bovienii SS-2004

UniProt D3UXR2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Thioredoxin × 1 （D3V6L5） Toxin TreX × 1 （D3UXR3） CALCIUM ION × 4 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Thioredoxin × 1 （D3V6L5） Toxin TreX × 1 （D3UXR3） CALCIUM ION × 3 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D3UXR2_XENBS
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–134； UniProt 1–134 作者链 F； PDB构建体 1–134； UniProt 1–134

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gco
沉积日期 deposition_date	2024-08-02
结构标题 title	Xenorhabdus bovienii Thioredoxin complex with Rhs toxin TreX and immunity protein TriX
关键词 keywords	ADP-ribosyltransferase, toxin, thioredoxin; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9gco__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9gco__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9gco__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.08 Å
Rg（电子密度）	24.78 Å
总 Rg	25.52 Å
原子数	5839
残基数	372
排除体积	52581 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9gco__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9gco__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thioredoxin
分子量 formula_weight	12603.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	11981

GASNEKIISDRIIHLADADFDAKKLNVKGAVLIEFWAEWCGPCKMIAPILDEVSEEYAGKLTVAKLNVDDHEQTPKAHGIRGIPTLMLFKDGEKVATQVGALSKTQLKAFLDSHI

来源 Source

来源生物 organism	Xenorhabdus bovienii SS-2004
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	406818
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Toxin TreX
分子量 formula_weight	15317.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MAGGIGNKGDYIITYRGDTRSFTEIFDKGFETLGPSKDLYKHALDNRAPPSDFVSTTIDPTKTISFATKYGQKSGYMYTMKTNHGIDVNKALGARSPFAAEAEIAMPGGVRAEDILGARAVNADGEMWDYTILNPKRYGK

来源 Source

来源生物 organism	Xenorhabdus bovienii SS-2004
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	406818
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Immunity Protein TriX
分子量 formula_weight	16638.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MTDVDKRKIKIILNGEMEEAELHMITSPNRHCCLKIFHNNNQLAESNDTDYFSCFADLRNQLKNIIFLCKGAKINVYPSAMSRDMSDGIVAYETTLGQPGLPENQVHIFDFEDKYVDITPEEQRKFHSQWFESLVDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Xenorhabdus bovienii SS-2004
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	406818
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	197

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晶胞边长 a length_a	81.955 Å
晶胞边长 b length_b	82.353 Å
晶胞边长 c length_c	121.607 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	48.920 Å
R 因子 r_factor	0.1896
R_work r_work	0.1884
R_free r_free	0.2230

Xenorhabdus bovienii Thioredoxin complex with Rhs toxin TreX and immunity protein TriX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thioredoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Toxin TreX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Immunity Protein TriX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9gco__assembly_1__model_1

9gco__assembly_1__model_1 | I(q)

9gco__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

Xenorhabdus bovienii Thioredoxin complex with Rhs toxin TreX and immunity protein TriX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thioredoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Toxin TreX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Immunity Protein TriX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9gco__assembly_1__model_1

9gco__assembly_1__model_1 | I(q)

9gco__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)