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9glt

Crystal Structure of Yeast Ubc13 C87E

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 13

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P52490

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 AAA； UniProt 1–153 突变：C87E 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 25% PEG 4000 分辨率 1.45 Å R-free 0.228
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 BBB； UniProt 1–153 突变：C87E 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 25% PEG 4000 分辨率 1.45 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9GLT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1JAT Mms2/Ubc13 Ubiquitin Conjugating Enzyme Complex 提交 2001-05-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–153（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 1000, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.60 Å R-free 0.239
1JBB Ubiquitin Conjugating Enzyme, Ubc13 提交 2001-06-03 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–153（153 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 5000-MME, ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.255
1JBB Ubiquitin Conjugating Enzyme, Ubc13 提交 2001-06-03 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–153（153 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 5000-MME, ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.255
2GMI Mms2/Ubc13~Ubiquitin 提交 2006-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–152（152 aa）
突变：C87S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；17% PEG 1000, 100 mM Na/K phosphate, pH 6.2, 25 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.50 Å R-free 0.268
4FH1 S. cerevisiae Ubc13-N79A 提交 2012-06-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–153（153 aa）
突变：N79A, C87S NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.3；296 K；0.1 M CHES, pH 10.3, 20% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.61 Å R-free 0.246
5OJW S. cerevisiae UBC13 - MMs2 complex 提交 2017-07-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；292 K；0.1M Bis-Tris Propane / Citric Acid Buffer, pH 7.6, 20% PEG3000
分辨率 2.00 Å R-free 0.205
6ZHS Uba1 bound to two E2 (Ubc13) molecules 提交 2020-06-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–153（153 aa）
链 C 1–153（153 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；273 K；ammonium sulfate, HEPES, PEG 3350
分辨率 2.35 Å R-free 0.275
6ZHT Uba1-Ubc13 disulfide mediated complex 提交 2020-06-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–152（152 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 12 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；273 K；ammonium nitrate, CHES, PEG 4000
分辨率 2.30 Å R-free 0.263

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBC13_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 AAA； PDB构建体 2–154； UniProt 1–153 作者链 BBB； PDB构建体 2–154； UniProt 1–153

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9glt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9glt
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9glt
沉积日期 deposition_date2024-08-28
最后修订 last_revision2025-05-07
结构标题 titleCrystal Structure of Yeast Ubc13 C87E
关键词 keywordsUbiquitin conjugating protein E2 UBC13~UB thioester complex mimic, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.94 Å
零角强度 I(0) i017958200.00
分子量 molecular_weight33404.0 kDa
排除体积 excluded_volume42350 ų
包络体积 envelope_volume52378 ų
水化壳体积 shell_volume19498 ų
包络直径 envelope_diameter88.1 Å
壳层 Rg shell_rg29.10 Å
包络 Rg envelope_rg24.07 Å
形状 Rg shape_rg23.92 Å
总 Rg total_rg24.70 Å
总原子数 total_atoms2366
残基数 n_residues297
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.8 Å
Rg (实空间) rg_real24.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7960e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal17960000.0000
解质量估计 total_estimate0.8392
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.9 Å
偏度 Skewness skewness0.470
峰度 Kurtosis kurtosis-0.381
角度范围 angular_range— – 0.3250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4776000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.763; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.695; Smooth: 0.924
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)