9gua

NCS-1 bound to FDA ligand 5

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 88.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gua
沉积日期 deposition_date	2024-09-19
最后修订 last_revision	2026-04-08
结构标题 title	NCS-1 bound to FDA ligand 5
关键词 keywords	Neuronal calcium sensor 1, EF-hand containing protein, drug repurposing, FDA ligand, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.65 Å
零角强度 I(0) i0	34211500.00
分子量 molecular_weight	47593.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60217 Å³
包络体积 envelope_volume	73110 Å³
水化壳体积 shell_volume	24706 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.2 Å
壳层 Rg shell_rg	31.71 Å
包络 Rg envelope_rg	25.62 Å
形状 Rg shape_rg	25.75 Å
总 Rg total_rg	26.06 Å
总原子数 total_atoms	6518
残基数 n_residues	369
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.5 Å
Rg (实空间) rg_real	26.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4210e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9260e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34210000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8704
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.420
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.373
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8645000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.828; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.897; Smooth: 0.930

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Neuronal calcium sensor 1
分子量 formula_weight	21902.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D
原子数 atom_count	7097

MGKSNSKLKPEVVEELTRKTYFTEKEVQQWYKGFIKDCPSGQLDAAGFQKIYKQFFPFGDPTKFATFVFNVFDENKDGRIEFSEFIQALSVTSRGTLDEKLRWAFKLYDLDNDGYITRNEMLDIVDAIYQMVGNTVELPEEENTPEKRVDRIFAMMDKNADGKLTLQEFQEGSKADPSIVQALSLYDGLV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	3-(imidazo[1,2-b]pyridazin-3-ylethynyl)-4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}benzam ide
分子量 formula_weight	532.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	503

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	75.274 Å
晶胞边长 b length_b	79.611 Å
晶胞边长 c length_c	148.958 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.650 Å
最低分辨率 resolution_low	54.700 Å
R 因子 r_factor	0.1757
R_work r_work	0.1736
R_free r_free	0.2172

fit	/app/data/saxs_computation/gu/9gua/9gua.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gu/9gua/9gua.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gu/9gua/9gua.dat