9h6z

AetF, a single-component flavin-dependent tryptophan halogenase, in complex with tryptoline

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 114.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9h6z
沉积日期 deposition_date	2024-10-25
最后修订 last_revision	2026-05-06
结构标题 title	AetF, a single-component flavin-dependent tryptophan halogenase, in complex with tryptoline
关键词 keywords	single-component halogenase, tryptophan halogenase, non-native substrate, unnatural substrate, FLAVOPROTEIN; FLAVOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.02 Å
零角强度 I(0) i0	336445000.00
分子量 molecular_weight	151680.0 kDa
排除体积 excluded_volume	190460 Å³
包络体积 envelope_volume	239560 Å³
水化壳体积 shell_volume	52451 Å³
包络直径 envelope_diameter	116.0 Å
壳层 Rg shell_rg	44.61 Å
包络 Rg envelope_rg	36.26 Å
形状 Rg shape_rg	37.00 Å
总 Rg total_rg	37.54 Å
总原子数 total_atoms	21138
残基数 n_residues	1274
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.1 Å
Rg (实空间) rg_real	37.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	336500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8844
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.183
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.715
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	103600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.980; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.553

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	AetF
分子量 formula_weight	77098.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	22318

GASGSGSGMLEVCIIGFGFSAIPLVRELARTQTEFQIISAESGSVWDRLSESGRLDFSLVSSFQTSFYSFDLVRDYEKDYYPTAKQFYEMHERWRSVYEEKIIRDFVTKIENFKDYSLISTRSGKTYEAKHVVLATGFDRLMNTFLSNFDNHVSNKTFVFDTMGDSANLLIAKLIPNNNKIILRTNGFTALDQEVQVLGKPFTLDQLESPNFRYVSSELYDRLMMSPVYPRTVNPAVSYNQFPLIRRDFSWVDSKSSPPNGLIAIKYWPIDQYYYHFNDDLENYISKGYLLNDIAMWLHTGKVILVPSDTPINFDKKTITYAGIERSFHQYVKGDAEQPRLPTILINGETPFEYLYRDTFMGVIPQRLNNIYFLGYTRPFTGGLANITEMQSLFIHKLITQPQFHQKIHQNLSKRITAYNQHYYGAAKPRKHDHTVPFGFYTEDIARLIGIHYQPNECRSVRDLLFYYAFPNNAFKYRLKGEYAVDGVDELIQKVNDKHDHYAQVFVQALSIRNMNSDEAAEWDHSARRFSFNDMRHKEGYRAFLDTYLKAYRQVENISVDDTVVDEEWNFMVKEACQVRDKVAPNIEEKTHYSKDEDVNKGIRLILSILDSDISSLPDSNGSRGSGNLKEGDRLCKFEAQSIEFIRRLLQPKNYELLFIRES

来源 Source

来源生物 organism	Aetokthonos hydrillicola Thurmond2011
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2712845
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	2,3,4,9-tetrahydro-1~{H}-pyrido[3,4-b]indole
分子量 formula_weight	172.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	891

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	123.048 Å
晶胞边长 b length_b	123.048 Å
晶胞边长 c length_c	87.226 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	1.870 Å
最低分辨率 resolution_low	123.050 Å
R 因子 r_factor	0.1697
R_work r_work	0.1667
R_free r_free	0.1873

fit	/app/data/saxs_computation/h6/9h6z/9h6z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h6/9h6z/9h6z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h6/9h6z/9h6z.dat