9hdf

Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 228.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hdf
沉积日期 deposition_date	2024-11-12
最后修订 last_revision	2025-11-12
结构标题 title	Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone
关键词 keywords	Nuclear Receptor, Glucocorticoid Receptor, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	64.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	64.65 Å
零角强度 I(0) i0	3081260000.00
分子量 molecular_weight	493350.0 kDa
排除体积 excluded_volume	627150 Å³
包络体积 envelope_volume	940000 Å³
水化壳体积 shell_volume	120280 Å³
包络直径 envelope_diameter	216.6 Å
壳层 Rg shell_rg	66.57 Å
包络 Rg envelope_rg	62.53 Å
形状 Rg shape_rg	64.68 Å
总 Rg total_rg	64.61 Å
总原子数 total_atoms	34544
残基数 n_residues	4163
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	228.6 Å
Rg (实空间) rg_real	64.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.01 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0810e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9970e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	64.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3080000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8717
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	66.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.301
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.499
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0008
最高正则化参数 α highest_alpha	146500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.821; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.865

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

描述 description	Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain
分子量 formula_weight	28649.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,D,F,G,H,I,L,M,P
原子数 atom_count	34585

FPTLISLLEVIEPEVLYSGYDSTLPDTSTRLMSTLNRLGGRQVVSAVKWAKALPGFRNLHLDDQMTLLQYSWMSLMAFSLGWRSYKQSNGNMLCFAPDLVINEERMQLPYMYDQCQQMLKISSEFVRLQVSYDEYLCMKVLLLLSTVPKDGLKSQAVFDEIRMTYIKELGKAIVKREGNSSQNWQRFYQLTKLLDSMHEMVGGLLQFCFYTFVNKSLSVEFPEMLAEIISNQLPKFKAGSVKPLLFHQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Ancestral Glucocorticoid Receptor2 ligand binding domain
分子量 formula_weight	28665.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,J,K,N,O

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2
分子量 formula_weight	1562.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n,o,p

ASRPAILYALLSSSL

Entity 4 non-polymer

描述 description	DEXAMETHASONE
分子量 formula_weight	392.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 5 non-polymer

描述 description	CACODYLATE ION
分子量 formula_weight	137.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 6 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

Entity 8 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 9 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 10 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 11 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

Entity 12 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 13 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 14 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	264.410 Å
晶胞边长 b length_b	265.464 Å
晶胞边长 c length_c	109.671 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	64

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.780 Å
最低分辨率 resolution_low	101.570 Å
R 因子 r_factor	0.2115
R_work r_work	0.2112
R_free r_free	0.2443

fit	/app/data/saxs_computation/hd/9hdf/9hdf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hd/9hdf/9hdf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hd/9hdf/9hdf.dat

Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)