9hk1

PD1 signaling receptor bound to FAB Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 139.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Programmed cell death protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 25–148	未记录	Antibody FAB light chain × 1 Antibody FAB heavy chain × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；20.5% PEG 3350, 0.4M MgCl2, 0.1M Bis-Tris pH 5.5	分辨率 2.03 Å R-free 0.276
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 25–148	未记录	Antibody FAB light chain × 1 Antibody FAB heavy chain × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；20.5% PEG 3350, 0.4M MgCl2, 0.1M Bis-Tris pH 5.5	分辨率 2.03 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9HK1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2M2D Human programmed cell death 1 receptor 提交 2012-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 34–150（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.125；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-15N] protein, 25 mM potassium phosphate, 100 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 25 mM potassium phosphate, 100 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM protein, 25 mM potassium phosphate, 100 mM sodium chloride, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3RRQ Crystal structure of the extracellular domain of human PD-1 提交 2011-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 32–160（129 aa）片段：Residues 32-160	突变：A132L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；3.5M Sodium formate, 0.1M Bis-Tris, pH 7.5, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.10 Å R-free 0.249
4ZQK Structure of the complex of human programmed death-1 (PD-1) and its ligand PD-L1. 提交 2015-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 33–150（118 aa）片段：UNP Residues 33-150	突变：C93S	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；0.1 M BIS-Tris pH 5.5, 1.84 M ammonium sulfate	分辨率 2.45 Å R-free 0.253
5B8C High resolution structure of the human PD-1 in complex with pembrolizumab Fv 提交 2016-06-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 32–160（129 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 % PEG 3350, 0.2 M KNO3	分辨率 2.15 Å R-free 0.226
5B8C High resolution structure of the human PD-1 in complex with pembrolizumab Fv 提交 2016-06-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 32–160（129 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 % PEG 3350, 0.2 M KNO3	分辨率 2.15 Å R-free 0.226
5B8C High resolution structure of the human PD-1 in complex with pembrolizumab Fv 提交 2016-06-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 32–160（129 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 % PEG 3350, 0.2 M KNO3	分辨率 2.15 Å R-free 0.226
5B8C High resolution structure of the human PD-1 in complex with pembrolizumab Fv 提交 2016-06-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 32–160（129 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 % PEG 3350, 0.2 M KNO3	分辨率 2.15 Å R-free 0.226
5GGR PD-1 in complex with nivolumab Fab 提交 2016-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Y 26–150（125 aa）片段：UNP residues 26-150	突变：C93S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH 6.5, 12% PEG500 MME, 6% PEG20,000, 50 mM ammonium acetate	分辨率 3.30 Å R-free 0.268
5GGR PD-1 in complex with nivolumab Fab 提交 2016-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Z 26–150（125 aa）片段：UNP residues 26-150	突变：C93S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH 6.5, 12% PEG500 MME, 6% PEG20,000, 50 mM ammonium acetate	分辨率 3.30 Å R-free 0.268
5GGS PD-1 in complex with pembrolizumab Fab 提交 2016-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Z 26–148（123 aa）片段：UNP residues 26-148	突变：C93S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH 6.5, 12% PEG500 MME, 6% PEG20,000, 50 mM ammonium acetate	分辨率 2.00 Å R-free 0.228
5GGS PD-1 in complex with pembrolizumab Fab 提交 2016-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Y 26–148（123 aa）片段：UNP residues 26-148	突变：C93S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH 6.5, 12% PEG500 MME, 6% PEG20,000, 50 mM ammonium acetate	分辨率 2.00 Å R-free 0.228
5IUS Crystal structure of human PD-L1 in complex with high affinity PD-1 mutant 提交 2016-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–146（121 aa）	突变：V64H, N66V, Y68H, M70E, N74G, K78T, C93A, L122V, A125V, A132I	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；293 K；0.1 M bis-TRIS pH 6.4, 17% PEG MME 5000, 2 mM LiCl	分辨率 2.89 Å R-free 0.260
5IUS Crystal structure of human PD-L1 in complex with high affinity PD-1 mutant 提交 2016-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 26–146（121 aa）	突变：V64H, N66V, Y68H, M70E, N74G, K78T, C93A, L122V, A125V, A132I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；293 K；0.1 M bis-TRIS pH 6.4, 17% PEG MME 5000, 2 mM LiCl	分辨率 2.89 Å R-free 0.260
5JXE Human PD-1 ectodomain complexed with Pembrolizumab Fab 提交 2016-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 33–146（114 aa）片段：UNP RESIDUES 34-146	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.6, 19 mM n-Decyl-N,N-dimethylglycine, 20% isopropanol and 20% PEG 4000	分辨率 2.90 Å R-free 0.286
5JXE Human PD-1 ectodomain complexed with Pembrolizumab Fab 提交 2016-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 33–146（114 aa）片段：UNP RESIDUES 34-146	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.6, 19 mM n-Decyl-N,N-dimethylglycine, 20% isopropanol and 20% PEG 4000	分辨率 2.90 Å R-free 0.286
5WT9 Complex structure of PD-1 and nivolumab-Fab 提交 2016-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 1–167（167 aa）片段：UNP RESIDUES 1-167	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.228
6HIG hPD-1/NBO1a Fab complex 提交 2018-08-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 33–150（118 aa）	突变：C93S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.2 M NH4I 20 % PEG 3.35 K	分辨率 2.20 Å R-free 0.270
6J14 Complex structure of GY-14 and PD-1 提交 2018-12-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 33–147（115 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；277 K；0.06 M MgCl2, CaCl2, 0.1 M imidazole-MES (pH 6.5), 18% v/v ethylene glycol and polyethylene glycol 8000	分辨率 1.40 Å R-free 0.215
6J15 Complex structure of GY-5 Fab and PD-1 提交 2018-12-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 32–147（116 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；0.1 M citrate (pH 5.0), 20% w/v polyethylene glycol 6000, 0.2 M ammonium acetate	分辨率 2.60 Å R-free 0.277
6J15 Complex structure of GY-5 Fab and PD-1 提交 2018-12-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 32–147（116 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；0.1 M citrate (pH 5.0), 20% w/v polyethylene glycol 6000, 0.2 M ammonium acetate	分辨率 2.60 Å R-free 0.277
6JBT Complex structure of toripalimab-Fab and PD-1 提交 2019-01-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 21–170（150 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；0.09 M Halogens consisting of NaF, NaBr and NaI additives, 0.1 M Tris-Base (pH8.5), 37.5% (v/v) MPD-P1K-P3350 consisting of MPD (racemic), PEG 1K and PEG 3350	分辨率 2.47 Å R-free 0.252
6JJP Crystal structure of Fab of a PD-1 monoclonal antibody MW11-h317 in complex with PD-1 提交 2019-02-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 21–167（147 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M Bis-Tris (pH 6.5) and 28% polyethylene glycol monomethyl ether 2000	分辨率 2.90 Å R-free 0.247
6JJP Crystal structure of Fab of a PD-1 monoclonal antibody MW11-h317 in complex with PD-1 提交 2019-02-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 21–167（147 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M Bis-Tris (pH 6.5) and 28% polyethylene glycol monomethyl ether 2000	分辨率 2.90 Å R-free 0.247
6K0Y Study of the interactions of a novel monoclonal antibody, mAb059c, with the hPD-1 receptor 提交 2019-05-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 25–167（143 aa）	突变：C93S	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.2M NaCl , 0.1M Tris pH 8, 14% PEG 4K	分辨率 1.70 Å R-free 0.214
6UMT High-affinity human PD-1 PD-L2 complex 提交 2019-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 33–150（118 aa）片段：UNP residues 33-150	突变：N74G, T76P, A132V	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200 mM magnesium acetate, 10% w/v PEG8000	分辨率 1.99 Å R-free 0.226
6UMU Human apo PD-1 triple mutant 提交 2019-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 33–150（118 aa）片段：UNP residues 33-150	突变：N74G, T76P, A132V	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium chloride, 100 mM Tris-HCl, pH 8.0, 27% w/v PEG5000 MME	分辨率 1.18 Å R-free 0.164
6UMV Human apo PD-1 double mutant 提交 2019-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 33–150（118 aa）片段：UNP residues 33-150	突变：T76P, A132V	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium chloride, 100 mM Tris-HCl, pH 8.0, 36% w/v PEG3350	分辨率 1.42 Å R-free 0.189
6XKR Structure of Sasanlimab Fab in complex with PD-1 提交 2020-06-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 32–160（129 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.5M LiCl, 0.1M Citric Acid, pH 4, 22% w/v PEG 6000, 0.5% w/v ODG	分辨率 2.59 Å R-free 0.271
7BXA Crystal structure of PD-1 in complex with tislelizumab Fab 提交 2020-04-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 29–150（122 aa）	突变：C93S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium sulfate, 30% w/v polyethylene glycol 4000	分辨率 3.32 Å R-free 0.299
7BXA Crystal structure of PD-1 in complex with tislelizumab Fab 提交 2020-04-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 29–150（122 aa）	突变：C93S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium sulfate, 30% w/v polyethylene glycol 4000	分辨率 3.32 Å R-free 0.299
7CGW Complex structure of PD-1 and tislelizumab Fab 提交 2020-07-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 25–169（145 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；0.1M Citric acid, pH4.0, 1M LiCl and 20% PEG6000	分辨率 3.20 Å R-free 0.254
7CGW Complex structure of PD-1 and tislelizumab Fab 提交 2020-07-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 25–169（145 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；0.1M Citric acid, pH4.0, 1M LiCl and 20% PEG6000	分辨率 3.20 Å R-free 0.254
7CU5 N-Glycosylation of PD-1 and glycosylation dependent binding of PD-1 specific monoclonal antibody camrelizumab 提交 2020-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 30–147（118 aa）链 Q 30–147（118 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M cadmium chloride, 0.1M Na acetate, pH4.6, 30 %(v/v) PEG 400 a month later.	分辨率 2.81 Å R-free 0.252
7E9B Structural basis of HLX10 PD-1 receptor recognition, a promising anti-PD-1 antibody clinical candidate for cancer immunotherapy 提交 2021-03-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 32–146（115 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Tris pH 7.5 containing 23% (w/v) PEG 4000	分辨率 1.78 Å R-free 0.210
7VUX Complex structure of PD1 and 609A-Fab 提交 2021-11-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 32–160（129 aa）	未记录	THR THREONINE × 1 GOL GLYCEROL × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 MG MAGNESIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2 M Ammonium formate, pH 6.6, 20% w/v PEG 3350	分辨率 1.64 Å R-free 0.202
7WSL PD-1 in complex with Dostarlimab 提交 2022-01-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 29–150（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M trimethylamine N-oxide dihydrate, 0.1M Tris pH 8.5, 20% w/v PEG 3350	分辨率 1.53 Å R-free 0.178
7WVM The complex structure of PD-1 and cemiplimab 提交 2022-02-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 31–147（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Sodium acetate, pH 5.0, 5% w/v PGA (Na+ form, LM), 20% w/v PEG 2000 MME	分辨率 3.40 Å R-free 0.287
7WVM The complex structure of PD-1 and cemiplimab 提交 2022-02-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 31–147（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Sodium acetate, pH 5.0, 5% w/v PGA (Na+ form, LM), 20% w/v PEG 2000 MME	分辨率 3.40 Å R-free 0.287
8AS0 PD-1 extracellular domain in complex with Fab fragment from D12 antibody 提交 2022-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 24–170（147 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；22% PEG 3350, 250 mM sodium malonate, pH 4.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.293
8AS0 PD-1 extracellular domain in complex with Fab fragment from D12 antibody 提交 2022-08-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 24–170（147 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；22% PEG 3350, 250 mM sodium malonate, pH 4.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.293
8AS0 PD-1 extracellular domain in complex with Fab fragment from D12 antibody 提交 2022-08-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 24–170（147 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；22% PEG 3350, 250 mM sodium malonate, pH 4.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.293
8AS0 PD-1 extracellular domain in complex with Fab fragment from D12 antibody 提交 2022-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 24–170（147 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；22% PEG 3350, 250 mM sodium malonate, pH 4.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.293
8AS0 PD-1 extracellular domain in complex with Fab fragment from D12 antibody 提交 2022-08-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 O 24–170（147 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；22% PEG 3350, 250 mM sodium malonate, pH 4.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.293
8AS0 PD-1 extracellular domain in complex with Fab fragment from D12 antibody 提交 2022-08-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 24–170（147 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；22% PEG 3350, 250 mM sodium malonate, pH 4.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.293
8AS0 PD-1 extracellular domain in complex with Fab fragment from D12 antibody 提交 2022-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 X 24–170（147 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；22% PEG 3350, 250 mM sodium malonate, pH 4.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.293
8AS0 PD-1 extracellular domain in complex with Fab fragment from D12 antibody 提交 2022-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Y 24–170（147 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；22% PEG 3350, 250 mM sodium malonate, pH 4.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.293
8EQ6 PD1 signaling receptor bound to FAB Complex 提交 2022-10-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–148（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；20.5% PEG 3350, 0.4M MgCl2, 0.1M Bis-Tris pH 5.5	分辨率 1.65 Å R-free 0.257
8GY5 High-resolution structure of the cemiplimab Fab in complex with PD-1 提交 2022-09-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Q 26–150（125 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium formate, 20% PEG 3350	分辨率 1.98 Å R-free 0.235
8GY5 High-resolution structure of the cemiplimab Fab in complex with PD-1 提交 2022-09-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 26–150（125 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium formate, 20% PEG 3350	分辨率 1.98 Å R-free 0.235
8U31 Crystal structure of PD-1 in complex with a Fab 提交 2023-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–146（122 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1% w/v Tryptone, 0.001 M Sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 20% w/v PEG 3,350	分辨率 2.73 Å R-free 0.237
8U32 Crystal structure of PD-1 in complex with a Fab 提交 2023-09-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–146（122 aa）	突变：C93S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20 %w/v PEG 3350, 0.2 M Na2 Malon, 0.1 M BIS-TRIS prop pH 8.5	分辨率 2.51 Å R-free 0.230
8U32 Crystal structure of PD-1 in complex with a Fab 提交 2023-09-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 25–146（122 aa）	突变：C93S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20 %w/v PEG 3350, 0.2 M Na2 Malon, 0.1 M BIS-TRIS prop pH 8.5	分辨率 2.51 Å R-free 0.230
9EHT Crystal Structure of PD-1/retifanlimab complex 提交 2024-11-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 26–150（125 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；35.00 % (w/v) 2,4-methyl pentanediol, 200 mM Sodium chloride, and 100 mM Tris at pH 7.0	分辨率 1.54 Å R-free 0.208
9EHT Crystal Structure of PD-1/retifanlimab complex 提交 2024-11-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 26–150（125 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；35.00 % (w/v) 2,4-methyl pentanediol, 200 mM Sodium chloride, and 100 mM Tris at pH 7.0	分辨率 1.54 Å R-free 0.208
9Q8L Crystal Structure of 21A08Ap1-Fab in Complex with Human PD-1 at 1.85 angstrom Resolution 提交 2025-02-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 24–170（147 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v PEG 3,350, 20% w/v MPD	分辨率 1.85 Å R-free 0.216

共 33 个其他 PDB 条目、55 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PDCD1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–129； UniProt 25–148 作者链 B； PDB构建体 6–129； UniProt 25–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hk1
沉积日期 deposition_date	2024-12-02
最后修订 last_revision	2025-01-15
结构标题 title	PD1 signaling receptor bound to FAB Complex
关键词 keywords	Immune signaling receptor FAB complex, SIGNALING PROTEIN, SIGNALING PROTEIN-Immune System complex, IMMUNOSUPPRESSANT; IMMUNOSUPPRESSANT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.44 Å
零角强度 I(0) i0	211229000.00
分子量 molecular_weight	116220.0 kDa
排除体积 excluded_volume	144850 Å³
包络体积 envelope_volume	195070 Å³
水化壳体积 shell_volume	44110 Å³
包络直径 envelope_diameter	153.1 Å
壳层 Rg shell_rg	41.33 Å
包络 Rg envelope_rg	39.54 Å
形状 Rg shape_rg	39.39 Å
总 Rg total_rg	39.71 Å
总原子数 total_atoms	8191
残基数 n_residues	1058
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	139.9 Å
Rg (实空间) rg_real	39.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	211200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8043
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.675
峰度 Kurtosis kurtosis	0.118
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16590000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.684; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.814; Smooth: 0.584

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Programmed cell death protein 1
分子量 formula_weight	14365.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8487

GPSGALDSPDRPWNPPTFSPALLVVTEGDNATFTCSFSNTSESFVLNWYRMSPSNQTDKLAAFPEDRSQPGQDSRFRVTQLPNGRDFHMSVVRARRNDSGTYLCGAISLAPKAQIKESLRAELRVTERR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Expression vector pcDNA-inf

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Antibody FAB light chain
分子量 formula_weight	23442.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M

ENQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASSSVISSYLHWYQQKPGKAPKLLIYSTSNLASGVPSRFSGSGSGTDYTLTISSLQPEDFATYYCQQYNSYPLTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Expression vector pcDNA-inf

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Antibody FAB heavy chain
分子量 formula_weight	24493.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I

QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKAFGYTFTTYPIEWMRQAPGKGLEWIGNFHPYNDDTKYNEKFQGRVTLTVDKSSTTVYMELSSLRSEDTAVYYCARENYGSHGGFVYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Expression vector pcDNA-inf

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	293

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	52.161 Å
晶胞边长 b length_b	53.794 Å
晶胞边长 c length_c	103.003 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	104.80 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	92.57 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.030 Å
最低分辨率 resolution_low	51.848 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2100
R_free r_free	0.2755

fit	/app/data/saxs_computation/hk/9hk1/9hk1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hk/9hk1/9hk1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hk/9hk1/9hk1.dat

PD1 signaling receptor bound to FAB Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Programmed cell death protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)