9hly

;Crystal structure of Arabidopsis thaliana Acyl-ACP Thioesterase (At-FatA) complexed with N-(3-chlorophenyl)-2-[4-(2-fluorophenyl)-3-methoxy-5-oxo-2H-pyrrol-1-yl]-2-methyl-propanamide ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 80.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hly
沉积日期 deposition_date	2024-12-05
最后修订 last_revision	2025-05-14
结构标题 title	;Crystal structure of Arabidopsis thaliana Acyl-ACP Thioesterase (At-FatA) complexed with N-(3-chlorophenyl)-2-[4-(2-fluorophenyl)-3-methoxy-5-oxo-2H-pyrrol-1-yl]-2-methyl-propanamide ;
关键词 keywords	Arabidopsis, Thioesterase, Inhibitor, Complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.79 Å
零角强度 I(0) i0	117886000.00
分子量 molecular_weight	56218.0 kDa
排除体积 excluded_volume	53811 Å³
包络体积 envelope_volume	89681 Å³
水化壳体积 shell_volume	30795 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.1 Å
壳层 Rg shell_rg	31.79 Å
包络 Rg envelope_rg	23.94 Å
形状 Rg shape_rg	23.77 Å
总 Rg total_rg	24.45 Å
总原子数 total_atoms	4243
残基数 n_residues	519
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.8 Å
Rg (实空间) rg_real	24.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7170e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	117900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6997
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.240
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.338
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27420000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.184; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.995

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic
分子量 formula_weight	33615.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.2.14
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AaA,BaB
原子数 atom_count	4272

MGSLTEDGLSYKEKFVVRSYEVGSNKTATVETIANLLQEVGCNHAQSVGFSTDGFATTTTMRKLHLIWVTARMHIEIYKYPAWGDVVEIETWCQSEGRIGTRRDWILKDSVTGEVTGRATSKWVMMNQDTRRLQKVSDDVRDEYLVFCPQEPRLAFPEENNRSLKKIPKLEDPAQYSMIGLKPRRADLDMNQHVNNVTYIGWVLESIPQEIVDTHELQVITLDYRRECQQDDVVDSLTTTTSEIGGTNGSATSGTQGHNDSQFLHLLRLSGDGQEINRGTTLWRKKPSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	~{N}-(3-chlorophenyl)-2-[4-(2-fluorophenyl)-3-methoxy-5-oxidanylidene-2~{H}-pyrrol-1-yl]-2-methyl-propanamide
分子量 formula_weight	402.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	29

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	97.670 Å
晶胞边长 b length_b	98.040 Å
晶胞边长 c length_c	127.230 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.960 Å
最低分辨率 resolution_low	48.830 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2221
R_free r_free	0.2722

fit	/app/data/saxs_computation/hl/9hly/9hly.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hl/9hly/9hly.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hl/9hly/9hly.dat

;Crystal structure of Arabidopsis thaliana Acyl-ACP Thioesterase (At-FatA) complexed with N-(3-chlorophenyl)-2-[4-(2-fluorophenyl)-3-methoxy-5-oxo-2H-pyrrol-1-yl]-2-methyl-propanamide ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction