9hre

Peptide-substrate-binding (PSB) domain of human type I collagen prolyl 4-hydroxylase complexed with Pro-Hyp-Gly-Pro-Ala-Gly-Pro-Hyp-Gly.

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Synthetic peptide PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PRO-HYP-GLY × 1 GLYCINE × 1 MAGNESIUM ION × 1 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID × 1 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Synthetic peptide PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PRO-HYP-GLY × 1 GLYCINE × 2 MAGNESIUM ION × 1 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID × 1 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	GLYCINE × 1 MAGNESIUM ION × 1 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID × 1 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Synthetic peptide PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PRO-HYP-GLY × 1 GLYCINE × 5 MAGNESIUM ION × 1 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID × 1 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P4HA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–97； UniProt 160–255 作者链 B； PDB构建体 2–97； UniProt 160–255 作者链 C； PDB构建体 2–97； UniProt 160–255 作者链 D； PDB构建体 2–97； UniProt 160–255

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hre
沉积日期 deposition_date	2024-12-18
最后修订 last_revision	2025-09-24
结构标题 title	Peptide-substrate-binding (PSB) domain of human type I collagen prolyl 4-hydroxylase complexed with Pro-Hyp-Gly-Pro-Ala-Gly-Pro-Hyp-Gly.
关键词 keywords	collagen, tetratricopeptide, extracellular matrix, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9hre__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9hre__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9hre__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.48 Å
Rg（电子密度）	15.46 Å
总 Rg	16.40 Å
原子数	1855
残基数	108
排除体积	16710 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9hre__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9hre__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`9hre__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`9hre__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-1
分子量 formula_weight	12404.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.11.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7290

MSFLTAEDCFELGKVAYTEADYYHTELWMEQALRQLDEGEISTIDKVSVLDYLSYAVYQQGDLDKALLLTKKLLELDPEHQRANGNLKYFEYIMAKELEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Synthetic peptide PRO-HYP-GLY-PRO-ALA-GLY-PRO-HYP-GLY
分子量 formula_weight	777.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G

PPGPAGPPG

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCINE
分子量 formula_weight	75.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID
分子量 formula_weight	209.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	129

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晶胞边长 a length_a	81.041 Å
晶胞边长 b length_b	85.561 Å
晶胞边长 c length_c	92.506 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	62.890 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1972
R_free r_free	0.2180

Peptide-substrate-binding (PSB) domain of human type I collagen prolyl 4-hydroxylase complexed with Pro-Hyp-Gly-Pro-Ala-Gly-Pro-Hyp-Gly.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9hre__assembly_4__model_1

9hre__assembly_4__model_1 | I(q)

9hre__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

Peptide-substrate-binding (PSB) domain of human type I collagen prolyl 4-hydroxylase complexed with Pro-Hyp-Gly-Pro-Ala-Gly-Pro-Hyp-Gly.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9hre__assembly_4__model_1

9hre__assembly_4__model_1 | I(q)

9hre__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)