Alpha-cobratoxin
物种未注明
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 1–71 | 未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6;293 K;25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 6.0, 0.3 M Ammonium Sulphate | 分辨率 1.49 Å R-free 0.248 |
| 2 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 | 链 B; UniProt 1–71 | 未记录 | GOL GLYCEROL × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 6;293 K;25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 6.0, 0.3 M Ammonium Sulphate | 分辨率 1.49 Å R-free 0.248 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 9HXO | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1CTX THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE-LONG-NEUROTOXIN FROM COBRA VENOM 提交 1982-04-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–71(71 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å |
| 1LXG Solution structure of alpha-cobratoxin complexed with a cognate peptide (structure ensemble) 提交 2002-06-05 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–71(71 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 4;308 K;压力 AMBIENT
NMR样品组成
1.6 mM alpha-cobratoxin/alpha18-mer complex, alpha18-mer is U-15N,
50 mM perdeuterated potassium acetate buffer (pH 4.0) with 5% D2O and 0.05% sodium azide | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1LXH Solution structure of alpha-cobratoxin complexed with a cognate peptide (minimized average structure) 提交 2002-06-05 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–71(71 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 4;308 K;离子强度(mmCIF原始值)NULL;压力 AMBIENT
NMR样品组成
1.6 mM alpha-cobratoxin/alpha18-mer complex, alpha18-mer is U-15N, 50 mM perdeuterated potassium acetate buffer (pH 4.0) with 5% D2O and 0.05% sodium azide | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1YI5 Crystal structure of the a-cobratoxin-AChBP complex 提交 2005-01-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:decameric |
链 F
1–71(71 aa)
链 G
1–71(71 aa)
链 H
1–71(71 aa)
链 I
1–71(71 aa)
链 J
1–71(71 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;277 K;0.9M NA-CITRATE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 4.20 Å R-free 0.378 |
| 4AEA Dimeric alpha-cobratoxin X-ray structure: Localization of intermolecular disulfides and possible mode of binding to nicotinic acetylcholine receptors 提交 2012-01-09 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–71(71 aa)
|
未记录 | GLY GLYCINE × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 2;60% (V/V) 2-METHYL-2,4- PENTANEDIOL, 0.1 M GLYCINE-HCL PH 2
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.251 |
| 4AEA Dimeric alpha-cobratoxin X-ray structure: Localization of intermolecular disulfides and possible mode of binding to nicotinic acetylcholine receptors 提交 2012-01-09 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 B
1–71(71 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 2;60% (V/V) 2-METHYL-2,4- PENTANEDIOL, 0.1 M GLYCINE-HCL PH 2
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.251 |
| 6ZFM Structure of alpha-Cobratoxin with a peptide inhibitor 提交 2020-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 A
1–71(71 aa)
链 B
1–71(71 aa)
链 D
1–71(71 aa)
链 E
1–71(71 aa)
|
未记录 | QJE 3-[2-[2-[2-[2-[2-(2-azanylethoxy)ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]propan-1-ol × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;293 K;0.1 M Carboxylic acids (sodium formate / ammonium acetate / sodium citrate / sodium potassium tartrate / sodium oxamate), 0.1 M HEPES / MOPS pH7.5, 30.0 % v/v PEG 500 MME / PEG 20000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.230 |
| 7PC0 GABA-A receptor bound by a-Cobratoxin 提交 2021-08-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 K
1–71(71 aa)
链 L
1–71(71 aa)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 HSM HISTAMINE × 1 ZN ZINC ION × 1 HEX HEXANE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7ULG recombinant alpha cobra toxin 提交 2022-04-04 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–71(71 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.9;291.15 K;110 mg/ml in 200 mM NH4Ac (pH 7.0/25 DC), 1:1 with 0.1 M HEPES (pH 7.9), 30% Jeffamine M-600 (pH 7.0), 18 DC
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.181 |
| 7ULG recombinant alpha cobra toxin 提交 2022-04-04 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
1–71(71 aa)
|
未记录 | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.9;291.15 K;110 mg/ml in 200 mM NH4Ac (pH 7.0/25 DC), 1:1 with 0.1 M HEPES (pH 7.9), 30% Jeffamine M-600 (pH 7.0), 18 DC
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.181 |
| 7ULG recombinant alpha cobra toxin 提交 2022-04-04 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 C
1–71(71 aa)
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.9;291.15 K;110 mg/ml in 200 mM NH4Ac (pH 7.0/25 DC), 1:1 with 0.1 M HEPES (pH 7.9), 30% Jeffamine M-600 (pH 7.0), 18 DC
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.181 |
| 7ULG recombinant alpha cobra toxin 提交 2022-04-04 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 D
1–71(71 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.9;291.15 K;110 mg/ml in 200 mM NH4Ac (pH 7.0/25 DC), 1:1 with 0.1 M HEPES (pH 7.9), 30% Jeffamine M-600 (pH 7.0), 18 DC
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.181 |
| 9BK5 Structure of LNG binder complex 提交 2024-04-26 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 B
1–71(71 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1.5 M Ammonium Sulfate and 25% (v/v) glycerol
|
分辨率 2.68 Å R-free 0.268 |
| 9FYT mAbs in complex with cobratoxin at pH 4.5 提交 2024-07-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 A
1–71(71 aa)
链 B
1–71(71 aa)
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 5 SO4 SULFATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.5;293 K;0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M Ammonium Sulfate, 25% PEG 3350
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.237 |
| 9GCN Co-crystal VHH (TPL1158_01_C09) - alpha-cobratoxin (Naja kaouthia) 提交 2024-08-02 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 Z
1–71(71 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298.15 K;1.5 mM Tris and 6.5 mM NaCl, 17% (w/v) PEG1500.
20% (v/v) glycerol as cryopreservative.
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.292 |
| 9GCN Co-crystal VHH (TPL1158_01_C09) - alpha-cobratoxin (Naja kaouthia) 提交 2024-08-02 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 Y
1–71(71 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298.15 K;1.5 mM Tris and 6.5 mM NaCl, 17% (w/v) PEG1500.
20% (v/v) glycerol as cryopreservative.
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.292 |
| 9GCN Co-crystal VHH (TPL1158_01_C09) - alpha-cobratoxin (Naja kaouthia) 提交 2024-08-02 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 V
1–71(71 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298.15 K;1.5 mM Tris and 6.5 mM NaCl, 17% (w/v) PEG1500.
20% (v/v) glycerol as cryopreservative.
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.292 |
| 9GCN Co-crystal VHH (TPL1158_01_C09) - alpha-cobratoxin (Naja kaouthia) 提交 2024-08-02 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 X
1–71(71 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298.15 K;1.5 mM Tris and 6.5 mM NaCl, 17% (w/v) PEG1500.
20% (v/v) glycerol as cryopreservative.
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.292 |
| 9HUO A01 mAbs bound to cobratoxin at pH 5.5 提交 2024-12-23 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–71(71 aa)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 5.5;293 K;25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH5.5, 0.25 M AmS
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.225 |
| 9HUO A01 mAbs bound to cobratoxin at pH 5.5 提交 2024-12-23 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 B
1–71(71 aa)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 NA SODIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 5.5;293 K;25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH5.5, 0.25 M AmS
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.225 |
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查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | 3L21_NAJKA |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71 作者链 B; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71 |