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9i27

activated Form II Rubisco from Rhodospirillum rubrum with bound Magnesium and CABP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 98.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribulose bisphosphate carboxylase

Rhodospirillum rubrum ATCC 11170

UniProt Q2RRP5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–466 链 B； UniProt 1–466 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 2 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；289 K；Crystallization of activated CbbM in buffer containing 20 mM Tris (pH 8.5), 100 mM NaCl, 0.2 mM CABP, and 10 mM sodium bicarbonate was mixed with a condition containing 200 mM Bis-Tris propane (pH 7.3) and 20 % (w/v) PEG4000. Prior to plung freezing the crystals in liquid nitrogen the mother liquor was supplemented with 33 % (v/v) PEG200. 分辨率 2.30 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9I27 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7VWX CryoEM structure of football-shaped GroEL:ES2 with RuBisCO 提交 2021-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：29-meric
链 a 1–466（466 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
8BAA CryoEM structure of GroEL-GroES-ADP.AlF3-Rubisco, class II. 提交 2022-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric
链 Z 1–466（466 aa）
未记录 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 7 MG MAGNESIUM ION × 14 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 14 K POTASSIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；The grid was prepared using a chameleon (SPT Labtech).
分辨率 4.20 Å
9I26 inactive Form II Rubisco from Rhodospirillum rubrum 提交 2025-01-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–466（466 aa）
链 B 1–466（466 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；Inactive CbbM in 20 mM Tris buffer (pH 8.5), containing 100 mM NaCl was mixed with condition comprised of 1.2 M ammonium chloride, 100 mM MES (pH 6), 20 %(w/v) PEG6000 in a 1:1 ratio with a final drop volume of 1 micro liter. The mother liquor was supplemented with 30% (v/v) PEG200, before the crystals were plunge frozen in liquid nitrogen
分辨率 2.30 Å R-free 0.226
9I28 Form II Rubisco inside EPYC1-formed liquid-liquid phase separated condensates with bound Magnesium and CABP 提交 2025-01-20 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–466（466 aa）
链 B 1–466（466 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 2 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 s with blot force 20
分辨率 2.93 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RBL2_RHORT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 B； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9i27

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9i27
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9i27
沉积日期 deposition_date2025-01-20
最后修订 last_revision2026-02-04
结构标题 titleactivated Form II Rubisco from Rhodospirillum rubrum with bound Magnesium and CABP
关键词 keywordsribulose-1, 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase, Rubisco, LYASE; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.15 Å
零角强度 I(0) i0164825000.00
分子量 molecular_weight100070.0 kDa
排除体积 excluded_volume124120 ų
包络体积 envelope_volume142850 ų
水化壳体积 shell_volume41113 ų
包络直径 envelope_diameter104.0 Å
壳层 Rg shell_rg36.47 Å
包络 Rg envelope_rg28.68 Å
形状 Rg shape_rg28.19 Å
总 Rg total_rg28.72 Å
总原子数 total_atoms7044
残基数 n_residues914
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax98.5 Å
Rg (实空间) rg_real28.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal164800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8647
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.0 Å
偏度 Skewness skewness0.442
峰度 Kurtosis kurtosis-0.056
角度范围 angular_range— – 0.2750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha54450000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.766; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.954
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)