9i7z

LecA in complex with 2-fluoro non-carbohydrate glycomimetic

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 91.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9i7z
沉积日期 deposition_date	2025-02-03
结构标题 title	LecA in complex with 2-fluoro non-carbohydrate glycomimetic
关键词 keywords	drug repurposing, glycomimetics, catechols, lectins, inhibitors, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.77 Å
零角强度 I(0) i0	90681800.00
分子量 molecular_weight	49990.0 kDa
排除体积 excluded_volume	48157 Å³
包络体积 envelope_volume	78416 Å³
水化壳体积 shell_volume	24817 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.6 Å
壳层 Rg shell_rg	33.26 Å
包络 Rg envelope_rg	27.50 Å
形状 Rg shape_rg	27.69 Å
总 Rg total_rg	28.31 Å
总原子数 total_atoms	3766
残基数 n_residues	483
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.4 Å
Rg (实空间) rg_real	28.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.0680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4150e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	90680000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8764
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	27.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.398
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.587
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9507000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.817; Smooth: 0.909

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

描述 description	PA-I galactophilic lectin
分子量 formula_weight	12770.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	4161

AWKGEVLANNEAGQVTSIIYNPGDVITIVAAGWASYGPTQKWGPQGDREHPDQGLICHDAFCGALVMKIGNSGTIPVNTGLFRWVAPNNVQGAITLIYNDVPGTYGNNSGSFSVNIGKDQS

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa PAO1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	[2,6-bis(fluoranyl)phenyl]-[3-nitro-4,5-bis(oxidanyl)phenyl]methanone
分子量 formula_weight	295.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 7 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	2-[2-[2-[2-[2-[2-(2-methoxyethoxy)ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanol
分子量 formula_weight	340.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	389

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.576 Å
晶胞边长 b length_b	50.728 Å
晶胞边长 c length_c	71.689 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.01 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	41.230 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1581
R_free r_free	0.2042

fit	/app/data/saxs_computation/i7/9i7z/9i7z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i7/9i7z/9i7z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i7/9i7z/9i7z.dat