9ife

PANDDA analysis - Crystal structure of Trypanosoma brucei trypanothione reductase in complex with Z943693514

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 178.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ife
沉积日期 deposition_date	2025-02-18
最后修订 last_revision	2025-11-12
结构标题 title	PANDDA analysis - Crystal structure of Trypanosoma brucei trypanothione reductase in complex with Z943693514
关键词 keywords	trypanothione reductase, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.49 Å
零角强度 I(0) i0	666268000.00
分子量 molecular_weight	215750.0 kDa
排除体积 excluded_volume	270360 Å³
包络体积 envelope_volume	364040 Å³
水化壳体积 shell_volume	59496 Å³
包络直径 envelope_diameter	195.6 Å
壳层 Rg shell_rg	51.47 Å
包络 Rg envelope_rg	53.50 Å
形状 Rg shape_rg	54.49 Å
总 Rg total_rg	54.42 Å
总原子数 total_atoms	15136
残基数 n_residues	1950
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	178.2 Å
Rg (实空间) rg_real	54.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3080e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	665200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7481
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.533
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.553
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	56610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.642; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.743; Smooth: 0.052

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Trypanothione reductase
分子量 formula_weight	53498.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.8.1.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	16369

GSHMSKAFDLVVIGAGSGGLEAGWNAATLYGKRVAVVDVQTSHGPPFYAALGGTCVNVGCVPKKLMVTGAQYMDHLRESAGFGWEFDGSSVKANWKKLIAAKNEAVLDINKSYEGMFNDTEGLDFFLGWGSLESKNVVVVRETADPKSAVKERLQADHILLATGSWPQMPAIPGIEHCISSNEAFYLPEPPRRVLTVGGGFISVEFAGIFNAYKPPGGKVTLCYRNNLILRGFDETIREEVTKQLTANGIEIMTNENPAKVSLNTDGSKHVTFESGKTLDVDVVMMAIGRIPRTNDLQLGNVGVKLTPKGGVQVDEFSRTNVPNIYAIGDITDRLMLTPVAINEGAALVDTVFGNKPRKTDHTRVASAVFSIPPIGTCGLIEEVAAKEFEKVAVYMSSFTPLMHNISGSKYKKFVAKIVTNHSDGTVLGVHLLGDGAPEIIQAVGVCLRLNAKISDFYNTIGVHPTSAEELCSMRTPSYYYVKGEKMEKLPDSNL

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma brucei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5691
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 5 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	BROMIDE ION
分子量 formula_weight	79.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 7 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	~{N}-(4-hydroxyphenyl)-2-methoxy-ethanamide
分子量 formula_weight	181.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	972

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	101.262 Å
晶胞边长 b length_b	63.529 Å
晶胞边长 c length_c	169.441 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.680 Å
最低分辨率 resolution_low	49.960 Å
R 因子 r_factor	0.1980
R_work r_work	0.1964
R_free r_free	0.2288

fit	/app/data/saxs_computation/if/9ife/9ife.fit
pddf	/app/data/pr_computation/if/9ife/9ife.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/if/9ife/9ife.dat