9igo

PR3 S203A I221N W222N G223T mutant in complex with the extracellular domain of CD177

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myeloblastin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 2	CD177 antigen × 1 （Q8N6Q3） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CHLORIDE ION × 1 GLYCEROL × 2 ACETATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRTN3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–229； UniProt 28–256

CD177 antigen

Homo sapiens

UniProt Q8N6Q3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 2	Myeloblastin × 1 （P24158） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CHLORIDE ION × 1 GLYCEROL × 2 ACETATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD177_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–185； UniProt 22–206

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9igo
沉积日期 deposition_date	2025-02-19
结构标题 title	PR3 S203A I221N W222N G223T mutant in complex with the extracellular domain of CD177
关键词 keywords	Serine protease, ANCA-antigen, CD177 receptor, surface proteins, glycoproteins, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9igo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9igo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9igo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.80 Å
Rg（电子密度）	24.95 Å
总 Rg	25.81 Å
原子数	3193
残基数	404
排除体积	56613 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9igo__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Myeloblastin
分子量 formula_weight	26198.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.76
突变 mutation	S203A, I221N, W222G, G223T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3695

IVGGHEAQPHSRPYMASLQMRGNPGSHFCGGTLIHPSFVLTAAHCLRDIPQRLVNVVLGAHNVRTQEPTQQHFSVAQVFLNNYDAENKLNDILLIQLSSPANLSASVATVQLPQQDQPVPHGTQCLAMGWGRVGAHDPPAQVLQELNVTVVTFFCRPHNICTFVPRRKAGICFGDAGGPLICDGIIQGIDSFVNGTCATRLFPDFFTRVALYVDWIRSTLRRVEAKGRPGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CD177 antigen
分子量 formula_weight	21290.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

LLCQFGTVQHVWKVSDLPRQWTPKNTSCDSGLGCQDTLMLIESGPQVSLVLSKGCTEAKDQEPRVTEHRMGPGLSLISYTFVCRQEDFCNNLVNSLPLWAPQPPADPGSLRCPVCLSMEGCLEGTTEEICPKGTTHCYDGLLRLRGGGIFSNLRVQGCMPQPGCNLLNGTQEIGPVGMTENCNRKGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	429

▶

晶胞边长 a length_a	39.760 Å
晶胞边长 b length_b	120.735 Å
晶胞边长 c length_c	61.983 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.99 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	43.090 Å
R 因子 r_factor	0.1476
R_work r_work	0.1457
R_free r_free	0.1839

PR3 S203A I221N W222N G223T mutant in complex with the extracellular domain of CD177

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myeloblastin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CD177 antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9igo__assembly_1__model_1

9igo__assembly_1__model_1 | I(q)

9igo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

PR3 S203A I221N W222N G223T mutant in complex with the extracellular domain of CD177

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myeloblastin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CD177 antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9igo__assembly_1__model_1

9igo__assembly_1__model_1 | I(q)

9igo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)