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9iit

Full length structure of FKP in complex with GTP and GDP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 122.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-fucokinase/L-fucose-1-P guanylyltransferase

Bacteroides fragilis

UniProt Q58T34

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–949 链 B； UniProt 1–949 未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 FMT FORMIC ACID × 4 MLA MALONIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 8 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ACT ACETATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；8% Tascimate, 20% PEG 3350, 15mM GTP, 15mM MgCl2 分辨率 2.30 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9IIT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5YYS Cryo-EM structure of L-fucokinase, GDP-fucose pyrophosphorylase (FKP)in Bacteroides fragilis 提交 2017-12-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–949（949 aa）
链 B 1–949（949 aa）
链 C 1–949（949 aa）
链 D 1–949（949 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
9IIP Fucokinase part of FKP with beta-L-fucose 1-phosphate 提交 2024-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 531–949（419 aa） 片段：fucokinase part
未记录 ED6 6-deoxy-1-O-phosphono-beta-L-galactopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；PEG 3350, Trypton, HEPES, beta-L-fucose 1-phosphate, MnCl2
分辨率 2.45 Å R-free 0.217
9IIS GDP-fucose pyrophosphorylase part of FKP with a SUMO tag 提交 2024-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–496（496 aa）
未记录 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；PEG 3350, ammonium acetate, HEPES
分辨率 2.36 Å R-free 0.254

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q58T34_BACFG
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 21–969； UniProt 1–949 作者链 B； PDB构建体 21–969； UniProt 1–949

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9iit

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9iit
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9iit
沉积日期 deposition_date2024-06-21
结构标题 titleFull length structure of FKP in complex with GTP and GDP
关键词 keywordsfucose, ATP, GTP, kinase, pyrophosphorylase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.82 Å
零角强度 I(0) i0676396000.00
分子量 molecular_weight214250.0 kDa
排除体积 excluded_volume268620 ų
包络体积 envelope_volume342700 ų
水化壳体积 shell_volume70887 ų
包络直径 envelope_diameter124.9 Å
壳层 Rg shell_rg46.72 Å
包络 Rg envelope_rg38.27 Å
形状 Rg shape_rg38.81 Å
总 Rg total_rg39.25 Å
总原子数 total_atoms15083
残基数 n_residues1900
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax122.8 Å
Rg (实空间) rg_real39.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real6.7640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1160e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal676500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8939
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary52.2 Å
偏度 Skewness skewness0.078
峰度 Kurtosis kurtosis-0.500
角度范围 angular_range— – 0.2000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha93170000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.929
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)