9ijs

Cryo-EM structure of the orphan GPR52 bound to beta-arrestin 1 in ligand-free state

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 118.3 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

G-protein coupled receptor 52

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric（4）计数不一致，待复核	链 A； UniProt 1–340	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Beta-arrestin-1 × 1 （P49407） scFv30 antibody × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.64 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9IJS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6LI0 Crystal structure of GPR52 in complex with agonist c17 提交 2019-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–236（220 aa）链 A 261–340（80 aa）	突变：A130W,Y1098W,A264L,W278Q,C314P,S318A,N321D,V323T 突变：A130W,Y1098W,A264L,W278Q,C314P,S318A,N321D,V323T	EN6 N-(2-hydroxyethyl)-5-(hydroxymethyl)-3-methyl-1-[2-[[3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-1-benzothiophen-7-yl]pyrazole-4-carboxamide × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 17 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 8 FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5；293 K；0.13-0.18 M sodium acetate, 0.1 M sodium citrate PH5.0, 32-35% PEG400	分辨率 2.20 Å R-free 0.220
6LI1 Crystal structure of GPR52 ligand free form with flavodoxin fusion 提交 2019-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–236（220 aa）链 A 265–341（77 aa）	突变：A130W,Y1098W,W278Q,C314P,S318A,N321D,V323T 突变：A130W,Y1098W,W278Q,C314P,S318A,N321D,V323T	OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5；293 K；0.1 M potassium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, and 30% PEG400	分辨率 2.90 Å R-free 0.267
6LI2 Crystal structure of GPR52 ligand free form with rubredoxin fusion 提交 2019-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–235（219 aa）链 A 265–340（76 aa）	突变：W278Q, C314P, S318A, N321D, V323T 突变：W278Q, C314P, S318A, N321D, V323T	ZN ZINC ION × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 11 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；0.08-0.1 M magnesium sulphate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.2, and 28-31% PEG300	分辨率 2.80 Å R-free 0.263
6LI3 cryo-EM structure of GPR52-miniGs-NB35 提交 2019-12-10	突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–340（340 aa）	突变：A130W, C314P	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.32 Å
8HMP GPR52 with Gs and c17 提交 2022-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–324（324 aa）	未记录	EN6 N-(2-hydroxyethyl)-5-(hydroxymethyl)-3-methyl-1-[2-[[3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-1-benzothiophen-7-yl]pyrazole-4-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.77 Å
9IJR Cryo-EM structure of the orphan GPR52 beta-arrestin 1 complex bound to ligand c17 提交 2024-06-25	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–340（340 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EN6 N-(2-hydroxyethyl)-5-(hydroxymethyl)-3-methyl-1-[2-[[3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-1-benzothiophen-7-yl]pyrazole-4-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.86 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GPR52_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–340； UniProt 1–340

Beta-arrestin-1

Homo sapiens

UniProt P49407

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric（4）计数不一致，待复核	链 C； UniProt 2–393	未记录	G-protein coupled receptor 52 × 1 （Q9Y2T5） scFv30 antibody × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.64 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9IJS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2IV8 beta appendage in complex with b-arrestin peptide 提交 2006-06-08	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 383–402（20 aa）片段：RESIDUES 383-402 链 Q 383–402（20 aa）片段：RESIDUES 383-402	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；0.2M MG FORMATE 30% PEG 3350 OTHER REMARKS: THIS WAS THE ONLY CRYSTAL OBTAINED DESPITE HEROIC ATTEMPTS. THE CRYSTAL WAS HIGHLY MOSAIC, AND EPITAXIALLY SPLIT, LIMITING THE AMOUNT OF DATA WHICH COULD BE COLLECTED., pH 7.40	分辨率 2.80 Å R-free 0.369
6PWC A complex structure of arrestin-2 bound to neurotensin receptor 1 提交 2019-07-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å
6TKO Phosphorylated turkey beta1 adrenoceptor with bound agonist formoterol coupled to arrestin-2 in lipid nanodisc. 提交 2019-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–418（418 aa）	突变：M1G L68C R169E	H98 ~{N}-[5-[(1~{R})-2-[[(2~{R})-1-(4-methoxyphenyl)propan-2-yl]amino]-1-oxidanyl-ethyl]-2-oxidanyl-phenyl]methanamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blotted for 2-3 seconds before plunging. Liquid ethane maintained at 92.15 K.	分辨率 3.30 Å
6UP7 neurotensin receptor and arrestin2 complex 提交 2019-10-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 8–355（348 aa）	未记录	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
7R0C Structure of the AVP-V2R-arrestin2-ScFv30 complex 提交 2022-02-01	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–382（381 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.73 Å
7R0J Structure of the V2 receptor Cter-arrestin2-ScFv30 complex 提交 2022-02-02	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–382（381 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.23 Å
7SRS 5-HT2B receptor bound to LSD in complex with beta-arrestin1 obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM) 提交 2021-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 2–368（367 aa）	突变：R169E	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 7LD (8alpha)-N,N-diethyl-6-methyl-9,10-didehydroergoline-8-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8AS2 Structure of arrestin2 in complex with 4P CCR5 phosphopeptide and Fab30 提交 2022-08-18	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–359（359 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1% tryptone (w/v), 0.05M HEPES, 12 % PEG3,350	分辨率 3.20 Å R-free 0.316
8AS3 Structure of arrestin2 in complex with 6P CCR5 phosphopeptide and Fab30 提交 2022-08-18	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–359（359 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1% tryptone (w/v), 0.05M HEPES, 12 % PEG3,350	分辨率 3.50 Å R-free 0.333
8AS4 Crystal structure of human beta-arrestin-1 提交 2022-08-18	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–418（418 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.02 M Calcium chloride 0.02 M Cadmium chloride hydrate, 0.02 M Cobalt(II) chloride hexahydrate, 20%PEG3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.232
8AS4 Crystal structure of human beta-arrestin-1 提交 2022-08-18	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–418（418 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.02 M Calcium chloride 0.02 M Cadmium chloride hydrate, 0.02 M Cobalt(II) chloride hexahydrate, 20%PEG3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.232
8WRZ Cry-EM structure of cannabinoid receptor-beta-arrestin-1 complex 提交 2023-10-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–393（393 aa）	未记录	8D0 (6~{a}~{R},9~{R},10~{a}~{R})-9-(hydroxymethyl)-3-(8-isothiocyanato-2-methyl-octan-2-yl)-6,6-dimethyl-6~{a},7,8,9,10,10~{a}-hexahydrobenzo[c]chromen-1-ol × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8ZYT Cryo-EM structure of neurotensin receptor 1 in complex with beta-arrestin1 and SBI-553 (complex 3) 提交 2024-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 2–382（381 aa）	未记录	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1 SRW 2-[{2-(1-fluorocyclopropyl)-4-[4-(2-methoxyphenyl)piperidin-1-yl]quinazolin-6-yl}(methyl)amino]ethan-1-ol × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.65 Å
8ZYU Cryo-EM structure of neurotensin receptor 1 in complex with beta-arrestin1 and SBI-553 (complex 1) 提交 2024-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 2–382（381 aa）	未记录	SRW 2-[{2-(1-fluorocyclopropyl)-4-[4-(2-methoxyphenyl)piperidin-1-yl]quinazolin-6-yl}(methyl)amino]ethan-1-ol × 1 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.65 Å
8ZYY Cryo-EM structure of neurotensin receptor 1 in complex with beta-arrestin1 and SBI-553 (complex 2) 提交 2024-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 2–382（381 aa）	未记录	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1 SRW 2-[{2-(1-fluorocyclopropyl)-4-[4-(2-methoxyphenyl)piperidin-1-yl]quinazolin-6-yl}(methyl)amino]ethan-1-ol × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.83 Å
9II2 Cryo-EM Structure of the 2:2 Complex of mGlu3 and beta-arrestin1 提交 2024-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–418（418 aa）链 C 1–418（418 aa）	未记录	GLU GLUTAMIC ACID × 2 CLR CHOLESTEROL × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9II3 Cryo-EM Structure of the 2:1 Complex of mGlu3 and beta-arrestin1 提交 2024-06-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–418（418 aa）	未记录	GLU GLUTAMIC ACID × 2 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9IJR Cryo-EM structure of the orphan GPR52 beta-arrestin 1 complex bound to ligand c17 提交 2024-06-25	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–356（355 aa）	未记录	EN6 N-(2-hydroxyethyl)-5-(hydroxymethyl)-3-methyl-1-[2-[[3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-1-benzothiophen-7-yl]pyrazole-4-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.86 Å
9L8L Structure of GPCR megacomplex bound to agonists 提交 2024-12-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 2–393（392 aa）	未记录	DR7 (3S,8S,9S,12S)-3,12-BIS(1,1-DIMETHYLETHYL)-8-HYDROXY-4,11-DIOXO-9-(PHENYLMETHYL)-6-[[4-(2-PYRIDINYL)PHENYL]METHYL]-2,5, 6,10,13-PENTAAZATETRADECANEDIOIC ACID DIMETHYL ESTER × 1 P0G 8-[(1R)-2-{[1,1-dimethyl-2-(2-methylphenyl)ethyl]amino}-1-hydroxyethyl]-5-hydroxy-2H-1,4-benzoxazin-3(4H)-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.22 Å
9LXP A Cryo-EM structure of LA-PTH-PTH1R-Beta-arrestin1 complex (state 2 conformation) 提交 2025-02-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 4–376（373 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.04 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9LXR A Cryo-EM structure of LA-PTH-PTH1R-Beta-arrestin1 complex (state 1 conformation) 提交 2025-02-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 4–376（373 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.04 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
9LY2 A Cryo-EM structure of LA-PTH-PTH1R-V2RT-Beta-arrestin1 complex (state 1 conformation) 提交 2025-02-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 4–393（390 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.04 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9LY3 A Cryo-EM structure of LA-PTH-PTH1R-V2RT-Beta-arrestin1 complex (state 2 conformation) 提交 2025-02-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 4–393（390 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.04 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9M0D Cryo-EM structure of neurotensin receptor 1 in complex with beta-arrestin 1 提交 2025-02-24	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 2–382（381 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.41 Å
9MBA Cryo-EM structure of complex of transducer-bound GPCR 提交 2025-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–376（376 aa）链 C 1–376（376 aa）	未记录	GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
9UYH Cryo-EM structure of the G protein-coupled receptor 1 (GPR1) bound to chemerin and beta-arrestin 1 (Conformation 1) 提交 2025-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–376（376 aa）	突变：C59A, C125S, C140I, C150V, R169E, C242V, C251V and C269S	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9UYI Cryo-EM structure of the G protein-coupled receptor 1 (GPR1) bound to chemerin and beta-arrestin 1 (Conformation 2) 提交 2025-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–376（376 aa）	突变：C59A, C125S, C140I, C150V, R169E, C242V, C251V and C269S	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9UYJ Cryo-EM structure of the G protein-coupled receptor 1 (GPR1) bound to chemerin and beta-arrestin 1 (Conformation 3) 提交 2025-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–376（376 aa）	突变：C59A, C125S, C140I, C150V, R169E, C242V, C251V and C269S	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9UYL Cryo-EM structure of the G protein-coupled receptor 1 (GPR1) bound to chemerin and beta-arrestin 1 (Conformation 4) 提交 2025-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–376（376 aa）	突变：C59A, C125S, C140I, C150V, R169E, C242V, C251V and C269S	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9UYM Composite map of the G protein-coupled receptor 1 (GPR1) bound to chemerin and beta-arrestin 2 提交 2025-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 357–376（20 aa）	突变：C17G,C60V,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V and C270S	Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9UYN Cryo-EM structure of the G protein-coupled receptor 1 (GPR1) bound to beta-arrestin 1 in ligand-free state 提交 2025-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–376（376 aa）	突变：C59A/C125S/C140I/C150V/R169E/C242V/Y249C/C251V/C269S	PAM PALMITOLEIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 30 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARRB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 11–402； UniProt 2–393

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ijs
沉积日期 deposition_date	2024-06-25
结构标题 title	Cryo-EM structure of the orphan GPR52 bound to beta-arrestin 1 in ligand-free state
关键词 keywords	Complex, membrane protein, GPCR, arrestin, MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.48 Å
零角强度 I(0) i0	111602000.00
分子量 molecular_weight	85838.0 kDa
排除体积 excluded_volume	107970 Å³
包络体积 envelope_volume	147800 Å³
水化壳体积 shell_volume	37829 Å³
包络直径 envelope_diameter	125.2 Å
壳层 Rg shell_rg	38.60 Å
包络 Rg envelope_rg	34.13 Å
形状 Rg shape_rg	34.50 Å
总 Rg total_rg	34.73 Å
总原子数 total_atoms	6074
残基数 n_residues	850
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	118.3 Å
Rg (实空间) rg_real	34.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	111600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8741
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.422
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.322
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14560000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.868; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.931; Smooth: 0.825

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	G-protein coupled receptor 52
分子量 formula_weight	42400.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6074

MNESRWTEWRILNMSSGIVNVSERHSCPLGFGHYSVVDVCIFETVVIVLLTFLIIAGNLTVIFVFHCAPLLHHYTTSYFIQTMAYADLFVGVSCLVPTLSLLHYSTGVHESLTCQVFGYIISVLKSVSMWCLACISVDRYLAITKPLSYNQLVTPCRLRICIILIWIYSCLIFLPSFFGWGKPGYHGDIFEWCATSWLTSAYFTGFIVCLLYAPAAFVVCFTYFHIFKICRQHTKEINDRRARFPSHEVDSSRETGHSPDRRYAMVLFRITSVFYMLWLPYIIYFLLESSRVLDNPTLSFLTTWLAISNSFCNPVIYSLSNSVFRLGLRRLSETMCTSCMARGRPLPETGGGDESATTASSSLAKDTSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-arrestin-1
分子量 formula_weight	45148.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGSPEFPGRLGDKGTRVFKKASPNGKLTVYLGKRDFVDHIDLVDPVDGVVLVDPEYLKERRVYVTLTVAFRYGREDLDVLGLTFRKDLFVANVQSFPPAPEDKKPLTRLQERLIKKLGEHAYPFTFEIPPNLPSSVTLQPGPEDTGKALGVDYEVKAFVAENLEEKIHKRNSVRLVIRKVQYAPERPGPQPTAETTRQFLMSDKPLHLEASLDKEIYYHGEPISVNVHVTNNTNKTVKKIKISVRQYADIVLFNTAQYKVPVAMEEADDTVAPSSTFSKVYTLTPFLANNREKRGLALDGKLKHEDTNLASSTLLREGANREILGIIVSYKVKVKLVVSRGGLLGDLASSDVAVELPFTLMHPKPKEEPPHREVPESETPVDTNLIELDTNDDDIVFEDFAR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	scFv30 antibody
分子量 formula_weight	28010.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MVSAIVLYVLLAAAAHSAFADVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNVYSSSIHWVRQAPGKGLEWVASISSYYGYTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARSRQFWYSGLDYWGQGTLVTVSSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYKYVPVTFGQGTKVEIKAAA

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.64 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	136991

fit	/app/data/saxs_computation/ij/9ijs/9ijs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ij/9ijs/9ijs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ij/9ijs/9ijs.dat

Cryo-EM structure of the orphan GPR52 bound to beta-arrestin 1 in ligand-free state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

G-protein coupled receptor 52

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Beta-arrestin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)