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9ine

Cryo-EM structure of human XPR1 in closed state in the presence of KIDINS220-1-432

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 116.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Solute carrier family 53 member 1

Homo sapiens

UniProt Q9UBH6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–696 链 B； UniProt 1–696 未记录 CLR CHOLESTEROL × 14 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 6 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 PLM PALMITIC ACID × 2 ACD ARACHIDONIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9INE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5IJH Structure of the SPX domain of the human phosphate transporter XPR1 in complex with a sulfate ion 提交 2016-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–207（207 aa） 片段：SPX domain, UNP Residues 1-207
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；1.4M AmSO4, 0.1M Tris, 16% glycerol
分辨率 2.43 Å R-free 0.244
5IJH Structure of the SPX domain of the human phosphate transporter XPR1 in complex with a sulfate ion 提交 2016-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–207（207 aa） 片段：SPX domain, UNP Residues 1-207
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；1.4M AmSO4, 0.1M Tris, 16% glycerol
分辨率 2.43 Å R-free 0.244
8TYU High-resolution crystal structure of the SPX domain of XPR1 at 1.4 angstroms 提交 2023-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–94（94 aa） 片段：SPX domain
链 B 130–207（78 aa） 片段：SPX domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；6% PEG 3350, 30% Ethylene Glycol, 0.1 M Sodium Citrate, 0.1 M MgCl2, pH 6.0.
分辨率 1.40 Å R-free 0.191
8TYU High-resolution crystal structure of the SPX domain of XPR1 at 1.4 angstroms 提交 2023-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–94（94 aa） 片段：SPX domain
链 A 130–207（78 aa） 片段：SPX domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；6% PEG 3350, 30% Ethylene Glycol, 0.1 M Sodium Citrate, 0.1 M MgCl2, pH 6.0.
分辨率 1.40 Å R-free 0.191
8TYV Crystal structure of the SPX domain of XPR1 in complex with IP8 提交 2023-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–94（94 aa） 片段：SPX domain
链 B 130–207（78 aa） 片段：SPX domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；2mM IP8 soaked into crystals grown under 6% PEG 3350, 30% Ethylene Glycol, 0.1 M Sodium Citrate, 0.1 M MgCl2, pH 6.0 for 3 Days
分辨率 1.85 Å R-free 0.271
8TYV Crystal structure of the SPX domain of XPR1 in complex with IP8 提交 2023-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–94（94 aa） 片段：SPX domain
链 A 130–207（78 aa） 片段：SPX domain
未记录 I8P (1R,3S,4R,5S,6R)-2,4,5,6-tetrakis(phosphonooxy)cyclohexane-1,3-diyl bis[trihydrogen (diphosphate)] × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；2mM IP8 soaked into crystals grown under 6% PEG 3350, 30% Ethylene Glycol, 0.1 M Sodium Citrate, 0.1 M MgCl2, pH 6.0 for 3 Days
分辨率 1.85 Å R-free 0.271
8X5B Cryo-EM structures of human XPR1 in closed states 提交 2023-11-16 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 229–696（468 aa）
链 F 229–696（468 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 8 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 18 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.84 Å
8X5E Cryo-EM structure of human XPR1 in open state 提交 2023-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–696（468 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.61 Å
8X5F human XPR1 in complex with InsP6 提交 2023-11-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 8 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 30 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
分辨率 2.96 Å
8YET Cryo EM structure of human phosphate channel XPR1 in complex with IP6 提交 2024-02-23 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–620（620 aa）
链 B 1–620（620 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.16 Å
8YEX Cryo EM structure of human phosphate channel XPR1 at apo state 提交 2024-02-23 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 228–619（392 aa）
链 B 228–619（392 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.68 Å
8YF4 Cryo EM structure of human phosphate channel XPR1 at open and inward-facing state 提交 2024-02-24 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 227–619（393 aa）
链 B 227–619（393 aa）
未记录 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.41 Å
8YFD Cryo EM structure of human phosphate channel XPR1 at open state 提交 2024-02-24 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 227–622（396 aa）
链 B 227–622（396 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.57 Å
8YFU Cryo EM structure of human phosphate channel XPR1 at intermediate state 提交 2024-02-25 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 21–620（600 aa）
链 B 21–620（600 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.59 Å
8YFW Cryo EM structure of human phosphate channel XPR1 at intermediate state 提交 2024-02-25 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 21–620（600 aa）
链 B 21–620（600 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.65 Å
8YFX Cryo EM structure of human phosphate channel XPR1 at inward-facing state 提交 2024-02-25 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 227–622（396 aa）
链 B 227–622（396 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.56 Å
8ZTO Cryo-EM structure of the human XPR1 提交 2024-06-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
未记录 K9G [(2~{R})-1-hexadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxy-propan-2-yl] octadec-9-enoate × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
9CKZ Cryo-EM structure of human XPR1 in apo state 提交 2024-07-10 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.45 Å
9CL0 Cryo-EM structure of human XPR1 in presence of inorganic phosphate and phytic acid 提交 2024-07-10 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
9DVJ "Structure of the phosphate exporter XPR1/SLC53A1 提交 2024-10-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CLR CHOLESTEROL × 2 CPL 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.52 Å
9DVK Structure of the phosphate exporter XPR1/SLC53A1, rotated dimer 提交 2024-10-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CLR CHOLESTEROL × 1 CPL 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.06 Å
9DVL Structure of the phosphate exporter XPR1/SLC53A1, InsP6-supplemented 提交 2024-10-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 6 CLR CHOLESTEROL × 2 CPL 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.97 Å
9DVM Structure of the phosphate exporter XPR1/SLC53A1, InsP8-bound, intracellular gate open/intracellular gate closed state 提交 2024-10-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 6 I8P (1R,3S,4R,5S,6R)-2,4,5,6-tetrakis(phosphonooxy)cyclohexane-1,3-diyl bis[trihydrogen (diphosphate)] × 4 CLR CHOLESTEROL × 2 CPL 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.92 Å
9DVN Structure of the phosphate exporter XPR1/SLC53A1, InsP8-bound, intracellular gate closed state 提交 2024-10-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 6 I8P (1R,3S,4R,5S,6R)-2,4,5,6-tetrakis(phosphonooxy)cyclohexane-1,3-diyl bis[trihydrogen (diphosphate)] × 4 CLR CHOLESTEROL × 2 CPL 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.75 Å
9DVO Structure of the phosphate exporter XPR1/SLC53A1, Pi and InsP8-bound, intracellular gate open/intracellular gate closed state 提交 2024-10-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 4 I8P (1R,3S,4R,5S,6R)-2,4,5,6-tetrakis(phosphonooxy)cyclohexane-1,3-diyl bis[trihydrogen (diphosphate)] × 4 CLR CHOLESTEROL × 2 CPL 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9DVP Structure of the phosphate exporter XPR1/SLC53A1, Pi and InsP8-bound, intracellular gate closed state 提交 2024-10-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 5 I8P (1R,3S,4R,5S,6R)-2,4,5,6-tetrakis(phosphonooxy)cyclohexane-1,3-diyl bis[trihydrogen (diphosphate)] × 4 CLR CHOLESTEROL × 2 CPL 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.81 Å
9IJY Homo sapiens Xenotropic and Polytropic Retrovirus Receptor 1 (XPR1) with Y22A/E23A/K26A mutations 提交 2024-06-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
突变：Y22A,E23A,K26A 突变：Y22A,E23A,K26A PO4 PHOSPHATE ION × 2 6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.64 Å
9IJZ Wild type Homo sapiens Xenotropic and Polytropic Retrovirus Receptor 1 (XPR1) 提交 2024-06-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.91 Å
9INF Cryo-EM structure of human XPR1 in closed state in the presence of KIDINS220-1-432 and 10 mM KH2PO4 提交 2024-07-06 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 8 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 6 PLM PALMITIC ACID × 2 ACD ARACHIDONIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
9INH Cryo-EM structure of human XPR1 in complex with InsP6 in outward-facing state (SPX visible)-in the presence of KIDINS220-1-432 and 10 mM KH2PO4 提交 2024-07-06 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 D 1–696（696 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 CLR CHOLESTEROL × 12 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 6 PLM PALMITIC ACID × 2 ACD ARACHIDONIC ACID × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.68 Å
9ITG Cryo-EM structure of human XPR1-E622A/F623A mutant in complex with InsP6 in inward-facing state in the presence of 10 mM KH2PO4 提交 2024-07-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
突变：E622A, F623A 突变：E622A, F623A PO4 PHOSPHATE ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 CLR CHOLESTEROL × 2 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 2 PLM PALMITIC ACID × 2 1T9 (2S,3R,4E)-3-hydroxy-2-(octanoylamino)octadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
9IUC Cryo-EM structure of human XPR1 in complex with InsP6 in closed state - in the presence of KIDINS220-1-432 without substrate KH2PO4 提交 2024-07-20 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 12 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 6 PLM PALMITIC ACID × 4 ACD ARACHIDONIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9IWS Cryo EM structure of human phosphate channel XPR1 in complex with IP7 提交 2024-07-25 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–631（631 aa）
链 B 1–631（631 aa）
未记录 I7P (1r,2R,3S,4s,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentakis(phosphonooxy)cyclohexyl trihydrogen diphosphate × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.86 Å
9J4X CryoEM structure of human XPR1 in apo state 提交 2024-08-10 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
未记录 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9J51 CryoEM structure of human XPR1 in complex with phosphate in state A 提交 2024-08-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
未记录 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9J52 CryoEM structure of human XPR1 in complex with phosphate in state B 提交 2024-08-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
未记录 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9J53 CryoEM structure of human XPR1 in complex with phosphate in state C 提交 2024-08-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
未记录 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9J97 Closed structure of human XPR1 提交 2024-08-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
未记录 8PE (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate × 2 CLR CHOLESTEROL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9J98 Open structure of human XPR1 提交 2024-08-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
未记录 8PE (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate × 2 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
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分辨率 3.33 Å
9JXD Cryo-EM structure of human XPR1 in apo state 提交 2024-10-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 230–625（396 aa）
链 B 230–625（396 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
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分辨率 3.29 Å
9JXE Cryo-EM structure of apo human XPR1, class 1, with one visible SPX domain 提交 2024-10-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–625（625 aa）
链 B 1–625（625 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.85 Å
9JXF Cryo-EM structure of apo human XPR1, class 2, with asymmetrically dimerized SPX domains 提交 2024-10-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
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分辨率 4.31 Å
9JXG Cryo-EM structure of apo human XPR1, class 3, with symmetrically dimerized SPX domains 提交 2024-10-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–696（696 aa）
链 B 1–696（696 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
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分辨率 3.75 Å
9JXH Cryo-EM structure of human XPR1 in complex with InsP8 提交 2024-10-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–632（631 aa）
链 B 2–632（631 aa）
未记录 I8P (1R,3S,4R,5S,6R)-2,4,5,6-tetrakis(phosphonooxy)cyclohexane-1,3-diyl bis[trihydrogen (diphosphate)] × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
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分辨率 3.15 Å
9JXI Cryo-EM structure of human XPR1 with InsP8 in an 'arch-like' intermediate state of the SPX domain 提交 2024-10-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–624（623 aa）
链 B 2–624（623 aa）
未记录 I8P (1R,3S,4R,5S,6R)-2,4,5,6-tetrakis(phosphonooxy)cyclohexane-1,3-diyl bis[trihydrogen (diphosphate)] × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.31 Å
9JXJ Cryo-EM structure of human XPR1 in a closed state at both the extracellular and intracellular gates, obtained through local refinement 提交 2024-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–624（624 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.22 Å
9JXK Cryo-EM structure of human XPR1 in a closed state at the intracellular gate and an open state at the extracellular gate, obtained through local refinement 提交 2024-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–625（625 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å
9JXL Cryo-EM structure of human XPR1 in an open state at the intracellular gate and a closed state at the extracellular gate, obtained through local refinement 提交 2024-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–632（632 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
9JXM Cryo-EM structure of one subunit of the human XPR1 homodimer with both the intracellular and extracellular gates in an open state, obtained through local refinement 提交 2024-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–632（632 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.48 Å
9JXN Cryo-EM structure of human XPR1-R459C 提交 2024-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–634（633 aa）
链 B 2–634（633 aa）
突变：R459C 突变：R459C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å
9JXO Cryo-EM structure of human XPR1-G621A 提交 2024-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–632（631 aa）
链 B 2–632（631 aa）
突变：G621A 突变：G621A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.48 Å
9JXP Cryo-EM structure of human XPR1-R570L 提交 2024-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 230–625（396 aa）
链 B 230–625（396 aa）
突变：R570L 突变：R570L 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
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分辨率 3.53 Å
9JXQ Complex of XPR1-KIDINS220 提交 2024-10-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–655（655 aa）
链 B 1–655（655 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.44 Å

共 50 个其他 PDB 条目、53 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 S53A1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–696； UniProt 1–696 作者链 B； PDB构建体 1–696； UniProt 1–696

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ine

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ine
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ine
沉积日期 deposition_date2024-07-06
结构标题 titleCryo-EM structure of human XPR1 in closed state in the presence of KIDINS220-1-432
关键词 keywordsSLC53A1, transporter, phosphate, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.19 Å
零角强度 I(0) i0112594000.00
分子量 molecular_weight105960.0 kDa
排除体积 excluded_volume141240 ų
包络体积 envelope_volume166310 ų
水化壳体积 shell_volume41313 ų
包络直径 envelope_diameter118.6 Å
壳层 Rg shell_rg39.93 Å
包络 Rg envelope_rg34.17 Å
形状 Rg shape_rg34.22 Å
总 Rg total_rg34.57 Å
总原子数 total_atoms7512
残基数 n_residues802
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax116.4 Å
Rg (实空间) rg_real35.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1260e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0150e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal112600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8896
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.2 Å
偏度 Skewness skewness0.289
峰度 Kurtosis kurtosis-0.663
角度范围 angular_range— – 0.2250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8215000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.920; Smooth: 0.906
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)