9isd

;Crystal structure of human secretory glutaminyl cyclase in complex with the inhibitor N-(1H-benzo[d]imidazol-5-yl)-1-phenylmethanesulfonamide (compound 5) ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 173.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9isd
沉积日期 deposition_date	2024-07-17
结构标题 title	;Crystal structure of human secretory glutaminyl cyclase in complex with the inhibitor N-(1H-benzo[d]imidazol-5-yl)-1-phenylmethanesulfonamide (compound 5) ;
关键词 keywords	glutaminyl cyclase, inhibitor, complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.12 Å
零角强度 I(0) i0	2771740000.00
分子量 molecular_weight	447710.0 kDa
排除体积 excluded_volume	561370 Å³
包络体积 envelope_volume	781010 Å³
水化壳体积 shell_volume	118870 Å³
包络直径 envelope_diameter	172.9 Å
壳层 Rg shell_rg	59.20 Å
包络 Rg envelope_rg	52.10 Å
形状 Rg shape_rg	53.11 Å
总 Rg total_rg	53.31 Å
总原子数 total_atoms	62195
残基数 n_residues	3876
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	173.1 Å
Rg (实空间) rg_real	53.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7720e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3330e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2773000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6568
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	65.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.163
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.510
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	179400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.017; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.830

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Glutaminyl-peptide cyclotransferase
分子量 formula_weight	40924.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	63602

MAGGRHRRVVGTLHLLLLVAALPWASRGVSPSASAWPEEKNYHQPAILNSSALRQIAEGTSISEMWQNDLQPLLIERYPGSPGSYAARQHIMQRIQRLQADWVLEIDTFLSQTPYGYRSFSNIISTLNPTAKRHLVLACHYDSKYFSHWNNRVFVGATDSAVPCAMMLELARALDKKLLSLKTVSDSKPDLSLQLIFFDGEEAFLHWSPQDSLYGSRHLAAKMASTPHPPGARGTSQLHGMDLLVLLDLIGAPNPTFPNFFPNSARWFERLQAIEHELHELGLLKDHSLEGRYFQNYSYGGVIQDDHIPFLRRGVPVLHLIPSPFPEVWHTMDDNEENLDESTIDNLNKILQVFVLEYLHL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 3 non-polymer

描述 description	N-(1H-benzo[d]imidazol-5-yl)-1-phenylmethanesulfonamide
分子量 formula_weight	287.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	DIMETHYLFORMAMIDE
分子量 formula_weight	73.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1407

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	114.540 Å
晶胞边长 b length_b	116.476 Å
晶胞边长 c length_c	122.750 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	96.21 °
晶胞夹角 β angle_beta	114.92 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	109.69 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.367 Å
最低分辨率 resolution_low	39.212 Å
R 因子 r_factor	0.1897
R_work r_work	0.1891
R_free r_free	0.2621

fit	/app/data/saxs_computation/is/9isd/9isd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/is/9isd/9isd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/is/9isd/9isd.dat