9it8

Crystal structure of the ternary complex of lactoperoxidase with nitric oxide and nitrite ion at 1.95 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 83.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9it8
沉积日期 deposition_date	2024-07-19
结构标题 title	Crystal structure of the ternary complex of lactoperoxidase with nitric oxide and nitrite ion at 1.95 A resolution
关键词 keywords	Bovine lactoperoxidase, Peroxide family, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.64 Å
零角强度 I(0) i0	97959900.00
分子量 molecular_weight	72668.0 kDa
排除体积 excluded_volume	88074 Å³
包络体积 envelope_volume	101760 Å³
水化壳体积 shell_volume	33992 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.2 Å
壳层 Rg shell_rg	32.43 Å
包络 Rg envelope_rg	24.02 Å
形状 Rg shape_rg	23.64 Å
总 Rg total_rg	24.46 Å
总原子数 total_atoms	4970
残基数 n_residues	595
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.9 Å
Rg (实空间) rg_real	24.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.7960e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1960e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	97960000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6522
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.165
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.344
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17070000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.738; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.087; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.999

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

描述 description	Lactoperoxidase
分子量 formula_weight	67773.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.7
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5322

SWEVGCGAPVPLVKCDENSPYRTITGDCNNRRSPALGAANRALARWLPAEYEDGLALPFGWTQRKTRNGFRVPLAREVSNKIVGYLDEEGVLDQNRSLLFMQWGQIVDHDLDFAPETELGSNEHSKTQCEEYCIQGDNCFPIMFPKNDPKLKTQGKCMPFFRAGFVCPTPPYQSLAREQINAVTSFLDASLVYGSEPSLASRLRNLSSPLGLMAVNQEAWDHGLAYLPFNNKKPSPCEFINTTARVPCFLAGDFRASEQILLATAHTLLLREHNRLARELKKLNPHWNGEKLYQEARKILGAFIQIITFRDYLPIVLGSEMQKWIPPYQGYNNSVDPRISNVFTFAFRFGHMEVPSTVSRLDENYQPWGPEAELPLHTLFFNTWRIIKDGGIDPLVRGLLAKKSKLMNQDKMVTSELRNKLFQPTHKIHGFDLAAINLQRCRDHGMPGYNSWRGFCGLSQPKTLKGLQTVLKNKILAKKLMDLYKTPDNIDIWIGGNAEPMVERGRVGPLLACLLGRQFQQIRDGDRFWWENPGVFTEKQRDSLQKVSFSRLICDNTHITKVPLHAFQANNYPHDFVDCSTVDKLDLSPWASREN

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	NITRIC OXIDE
分子量 formula_weight	30.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	NITRITE ION
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	NITRATE ION
分子量 formula_weight	62.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 7 non-polymer

描述 description	THIOCYANATE ION
分子量 formula_weight	58.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 8 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

Entity 9 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 12 non-polymer

描述 description	1-(OXIDOSULFANYL)METHANAMINE
分子量 formula_weight	79.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 13 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	338

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.048 Å
晶胞边长 b length_b	80.503 Å
晶胞边长 c length_c	75.951 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.85 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.954 Å
最低分辨率 resolution_low	74.049 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1884
R_free r_free	0.2474

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