9jfh

Crystal Structure of human Pin1 catalytic domain in complex with a covalent inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 66.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

Homo sapiens

UniProt Q13526

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 45–163 片段:catalytic domain A1EBS methyl (~{Z})-4-[[4,4-bis(fluoranyl)cyclohexyl]amino]-4-oxidanylidene-but-2-enoate × 1 CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;291 K;(NH4)2SO4 0.2 M, Sodium citrate 1.2 M,HEPES 100 mM 分辨率 2.56 Å R-free 0.232
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 45–163 片段:catalytic domain A1EBS methyl (~{Z})-4-[[4,4-bis(fluoranyl)cyclohexyl]amino]-4-oxidanylidene-but-2-enoate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;291 K;(NH4)2SO4 0.2 M, Sodium citrate 1.2 M,HEPES 100 mM 分辨率 2.56 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 189 个其他 PDB 条目、217 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PIN1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–121; UniProt 45–163 作者链 B; PDB构建体 3–121; UniProt 45–163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9jfh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9jfh
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9jfh
沉积日期 deposition_date2024-09-04
最后修订 last_revision2026-03-11
结构标题 titleCrystal Structure of human Pin1 catalytic domain in complex with a covalent inhibitor
关键词 keywords;human Pin1 catalytic domain; structure complex; covalent inhibitor; Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1, ISOMERASE ;; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.11
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.41
零角强度 I(0) i024051600.00
分子量 molecular_weight24195.0 kDa
排除体积 excluded_volume22857 ų
包络体积 envelope_volume37474 ų
水化壳体积 shell_volume16775 ų
包络直径 envelope_diameter64.9
壳层 Rg shell_rg24.78
包络 Rg envelope_rg19.45
形状 Rg shape_rg19.39
总 Rg total_rg20.00
总原子数 total_atoms1823
残基数 n_residues226
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.4
Rg (实空间) rg_real20.11
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.52
I(0) (实空间) i0_real2.4050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.11
I(0) (倒空间) i0_reciprocal24050000.0000
解质量估计 total_estimate0.8959
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary65.5
偏度 Skewness skewness0.317
峰度 Kurtosis kurtosis-0.469
角度范围 angular_range— – 0.3950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4166000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.997

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)