9jnn

Structure of native di-heteromeric GluN1-GluN2B NMDA receptor in rat cortex and hippocampus

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 216.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jnn
沉积日期 deposition_date	2024-09-23
结构标题 title	Structure of native di-heteromeric GluN1-GluN2B NMDA receptor in rat cortex and hippocampus
关键词 keywords	MEMBRANE PROTEIN, native NMDA receptor, adult rat cartex & hippocampus, GluN2A, GluN2B, MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	63.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	63.42 Å
零角强度 I(0) i0	2961440000.00
分子量 molecular_weight	462830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	580980 Å³
包络体积 envelope_volume	883040 Å³
水化壳体积 shell_volume	120680 Å³
包络直径 envelope_diameter	208.2 Å
壳层 Rg shell_rg	60.24 Å
包络 Rg envelope_rg	62.45 Å
形状 Rg shape_rg	63.44 Å
总 Rg total_rg	63.28 Å
总原子数 total_atoms	32558
残基数 n_residues	4084
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	216.8 Å
Rg (实空间) rg_real	62.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9610e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9480e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	63.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2962000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8180
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	69.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.210
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.605
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0005
最高正则化参数 α highest_alpha	173000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
分子量 formula_weight	91996.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	32558

KIVNIGAVLSTRKHEQMFREAVNQANKRHGSWKIQLNATSVTHKPNAIQMALSVCEDLISSQVYAILVSHPPTPNDHFTPTPVSYTAGFYRIPVLGLTTRMSIYSDKSIHLSFLRTVPPYSHQSSVWFEMMRVYNWNHIILLVSDDHEGRAAQKRLETLLEERESKAEKVLQFDPGTKNVTALLMEARELEARVIILSASEDDAATVYRAAAMLNMTGSGYVWLVGEREISGNALRYAPDGIIGLQLINGKNESAHISDAVGVVAQAVHELLEKENITDPPRGCVGNTNIWKTGPLFKRVLMSSKYADGVTGRVEFNEDGDRKFANYSIMNLQNRKLVQVGIYNGTHVIPNDRKIIWPGGETEKPRGYQMSTRLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNDTSPGSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKEIPRSTLDSFMQPFQSTLWLLVGLSVHVVAVMLYLLDRFSPFGRFKVNSEEEEEDALTLSSAMWFSWGVLLNSGIGEGAPRSFSARILGMVWAGFAMIIVASYTANLAAFLVLDRPEERITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDSRSNAPATLTFENMAGVFMLVAGGIVAGIFLIFIEIAYKRHK

Entity 2 polymer

描述 description	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
分子量 formula_weight	91182.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

IGIAVILVGTSDEVAIKDAHEKDDFHHLSVVPRVELVAMNETDPKSIITRICDLMSDRKIQGVVFADDTDQEAIAQILDFISAQTLTPILGIHGGSSMIMADKDESSMFFQFGPSIEQQASVMLNIMEEYDWYIFSIVTTYFPGYQDFVNKIRSTIENSFVGWELEEVLLLDMSLDDGDSKIQNQLKKLQSPIILLYCTKEEATYIFEVANSVGLTGYGYTWIVPSLVAGDTDTVPSEFPTGLISVSYDEWDYGLPARVRDGIAIITTAASDMLSEHSFIPEPKSSCYNTHEKRIYQSNMLNRYLINVTFEGRNLSFSEDGYQMHPKLVIILLNKERKWERVGKWKDKSLQMKYYVWPRMCPETEEQEDDHLSIVTLEEAPFVIVESVDPLSGTCMRNTVPCQKRIISENKTDEEPGYIKKCCKGFCIDILKKISKSVKFTYDLYLVTNGKHGKKINGTWNGMIGEVVMKRAYMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFIETGISVMVSRSNGTVSPSAFLEPFSADVWVMMFVMLLIVSAVAVFVFEYFSPVGYNRCLADGREPGGPSFTIGKAIWLLWGLVFNNSVPVQNPKGTTSKIMVSVWAFFAVIFLASYTANLAAFMIQEEYVDQVSGLSDKKFQRPNDFSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYAEMHAYMGKFNQRGVDDALLSLKTGKLDAFIYDAAVLNYMAGRDEGCKLVTIGSGKVFASTGYGIAIQKDSGWKRQVDLAILQLFGDGEMEELEALWLTGICHNEKNEVMSSQLDIDNMAGVFYMLGAAMALSLITFICEHLFYWQ

Entity 3 polymer

描述 description	Heavy Chain of GluN1 Fab, 4F11
分子量 formula_weight	13306.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,I

DVQLQESGPGLVKPSQSLSLTCTVTGYSITSDYAWNWIRQFPGNKLEWMGYISYSGSTGYNPSLKSRISITRDTSKNQFFLQLNSVTTEDTATYYCARLYYGFYGMDYWGQGTSVTVS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 polymer

描述 description	Light Chain of GluN1 Fab, 4F11
分子量 formula_weight	11784.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,J

IVLTQSPASLAVSLGQRATISCKASQSVDYDGNSYMNWYQQKPGQPPKLLIYAASNLESGIPARFSGSGSGTDFTLNIHPVEEEDAATYYCQQGNEDPPTFGGGTKLEIK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 5 polymer

描述 description	Heavy Chain of GluN2B Fab2
分子量 formula_weight	12994.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,K

VKLQESGGGLVQPGGSLKLSCAASGFTFSSYTMSWVRQTPEKRLEWVAYISNGGGGTYYPDTVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLKEDTAMYYCARPSRGGSSYWYFDVWGAGTTVTV

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 6 polymer

描述 description	Light Chain of GluN2B Fab2
分子量 formula_weight	11659.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,L

DIQMTQSPSSLSASLGGKVTITCKASQDINKYIAWYQHKPGKGPRLLIHYTSSLQPGIPSRFSGSGSGRDYSFSISNLEPEDIATYYCLQYDNLYTFGGGTKLEIK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 7 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

Entity 8 branched

描述 description	alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 10 non-polymer

描述 description	(2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid
分子量 formula_weight	252.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	5.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	36786

fit	/app/data/saxs_computation/jn/9jnn/9jnn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jn/9jnn/9jnn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jn/9jnn/9jnn.dat

Structure of native di-heteromeric GluN1-GluN2B NMDA receptor in rat cortex and hippocampus

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 branched

Entity 8 branched

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)