9jqn

CryoEM structure of mouse RAG SEC-2DNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 135.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jqn
沉积日期 deposition_date	2024-09-27
结构标题 title	CryoEM structure of mouse RAG SEC-2DNA
关键词 keywords	V(D)J recombination, RAG, PHD, Transposition, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.08 Å
零角强度 I(0) i0	1001520000.00
分子量 molecular_weight	236270.0 kDa
排除体积 excluded_volume	285400 Å³
包络体积 envelope_volume	383170 Å³
水化壳体积 shell_volume	76694 Å³
包络直径 envelope_diameter	149.1 Å
壳层 Rg shell_rg	47.99 Å
包络 Rg envelope_rg	39.77 Å
形状 Rg shape_rg	40.11 Å
总 Rg total_rg	40.36 Å
总原子数 total_atoms	16448
残基数 n_residues	1896
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	135.5 Å
Rg (实空间) rg_real	40.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0020e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7160e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1002000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8712
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	52.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.228
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.274
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	159100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.787; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.963

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	V(D)J recombination-activating protein 1
分子量 formula_weight	119389.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-,2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	16485

MAASLPSTLSFSSAPDEIQHPQIKFSEWKFKLFRVRSFEKAPEEAQKEKDSSEGKPYLEQSPVVPEKPGGQNSILTQRALKLHPKFSKKFHADGKSSDKAVHQARLRHFCRICGNRFKSDGHSRRYPVHGPVDAKTQSLFRKKEKRVTSWPDLIARIFRIDVKADVDSIHPTEFCHDCWSIMHRKFSSSHSQVYFPRKVTVEWHPHTPSCDICFTAHRGLKRKRHQPNVQLSKKLKTVLNHARRDRRKRTQARVSSKEVLKKISNCSKIHLSTKLLAVDFPAHFVKSISCQICEHILADPVETSCKHLFCRICILRCLKVMGSYCPSCRYPCFPTDLESPVKSFLNILNSLMVKCPAQDCNEEVSLEKYNHHVSSHKESKETLVHINKGGRPRQHLLSLTRRAQKHRLRELKIQVKEFADKEEGGDVKAVCLTLFLLALRARNEHRQADELEAIMQGRGSGLQPAVCLAIRVNTFLSCSQYHKMYRTVKAITGRQIFQPLHALRNAEKVLLPGYHPFEWQPPLKNVSSRTDVGIIDGLSGLASSVDEYPVDTIAKRFRYDSALVSALMDMEEDILEGMRSQDLDDYLNGPFTVVVKESCDGMGDVSEKHGSGPAVPEKAVRFSFTVMRITIEHGSQNVKVFEEPKPNSELCCKPLCLMLADESDHETLTAILSPLIAEREAMKSSELTLEMGGIPRTFKFIFRGTGYDEKLVREVEGLEASGSVYICTLCDTTRLEASQNLVFHSITRSHAENLQRYEVWRSNPYHESVEELRDRVKGVSAKPFIETVPSIDALHCDIGNAAEFYKIFQLEIGEVYKHPNASKEERKRWQATLDKHLRKRMNLKPIMRMNGNFARKLMTQETVDAVCELIPSEERHEALRELMDLYLKMKPVWRSSCPAKECPESLCQYSFNSQRFAELLSTKFKYRYEGKITNYFHKTLAHVPEIIERDGSIGAWASEGNESGNKLFRRFRKMNARQSKCYEMEDVLKHHWLYTSKYLQKFMNAHNALKSSGFTMNSKETLGDPLGIEDSLESQDSMEF

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	V(D)J recombination-activating protein 2
分子量 formula_weight	59138.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MSLQMVTVGHNIALIQPGFSLMNFDGQVFFFGQKGWPKRSCPTGVFHFDIKQNHLKLKPAIFSKDSCYLPPLRYPATCSYKGSIDSDKHQYIIHGGKTPNNELSDKIYIMSVACKNNKKVTFRCTEKDLVGDVPEPRYGHSIDVVYSRGKSMGVLFGGRSYMPSTQRTTEKWNSVADCLPHVFLIDFEFGCATSYILPELQDGLSFHVSIARNDTVYILGGHSLASNIRPANLYRIRVDLPLGTPAVNCTVLPGGISVSSAILTQTNNDEFVIVGGYQLENQKRMVCSLVSLGDNTIEISEMETPDWTSDIKHSKIWFGSNMGNGTIFLGIPGDNKQAMSEAFYFYTLRCSEEDLSEDQKIVSNSQTSTEDPGDSTPFEDSEEFCFSAEATSFDGDDEFDTYNEDDEDDESVTGYWITCCPTCDVDINTWVPFYSTELNKPAMIYCSHGDGHWVHAQCMDLEERTLIHLSEGSNKYYCNEHVQIARALQTPKRNPPLQKPPMKSLHKKGSGKVLTPAKKSFLRRLFD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPTPTPTPGPCPAPTPCPAPCPTPGPTP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	4575.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

ATTTGCATCACTGTG

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPAPCPAPGPTPGPAPTPAPCPAPGPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	4563.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L

CACAGTGATACAGCC

Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPAPCPAPGPTPGPAPTPGPCPAPAPAP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	4602.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M

CACAGTGATGCAAAT

Entity 6 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPGPCPTPGPTPAPTPCPAPCPTPGPTP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	4616.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GGCTGTATCACTGTG

Entity 7 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPAPGPGPCPCPAPGPAPTPCPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	3945.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H,E

CAGGCCAGATCCA

Entity 8 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPGPGPAPTPCPTPGPGPCPCPTP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	3998.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,J

TGGATCTGGCCTG

Entity 9 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.03 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	144322

fit	/app/data/saxs_computation/jq/9jqn/9jqn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jq/9jqn/9jqn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jq/9jqn/9jqn.dat

CryoEM structure of mouse RAG SEC-2DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)